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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6f6w | ||||||
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タイトル | Structure of Mycobacterium smegmatis RNA polymerase core | ||||||
要素 | (DNA-directed RNA polymerase subunit ...ポリメラーゼ) x 4 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / TRANSCRIPTION Sigma | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA-directed RNA polymerase complex / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / protein dimerization activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.81 Å | ||||||
データ登録者 | Kouba, T. / Barvik, I. / Krasny, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J Bacteriol / 年: 2019 タイトル: The Core and Holoenzyme Forms of RNA Polymerase from . 著者: Tomáš Kouba / Jiří Pospíšil / Jarmila Hnilicová / Hana Šanderová / Ivan Barvík / Libor Krásný / 要旨: Bacterial RNA polymerase (RNAP) is essential for gene expression and as such is a valid drug target. Hence, it is imperative to know its structure and dynamics. Here, we present two as-yet-unreported ...Bacterial RNA polymerase (RNAP) is essential for gene expression and as such is a valid drug target. Hence, it is imperative to know its structure and dynamics. Here, we present two as-yet-unreported forms of RNAP: core and holoenzyme containing σ but no other factors. Each form was detected by cryo-electron microscopy in two major conformations. Comparisons of these structures with known structures of other RNAPs reveal a high degree of conformational flexibility of the mycobacterial enzyme and confirm that region 1.1 of σ is directed into the primary channel of RNAP. Taken together, we describe the conformational changes of unrestrained mycobacterial RNAP. We describe here three-dimensional structures of core and holoenzyme forms of mycobacterial RNA polymerase (RNAP) solved by cryo-electron microscopy. These structures fill the thus-far-empty spots in the gallery of the pivotal forms of mycobacterial RNAP and illuminate the extent of conformational dynamics of this enzyme. The presented findings may facilitate future designs of antimycobacterial drugs targeting RNAP. | ||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6f6w.cif.gz | 554.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6f6w.ent.gz | 447.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6f6w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/6f6w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/6f6w | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 37959.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 遺伝子: rpoA, MSMEG_1524, MSMEI_1488 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QSL8, ポリメラーゼ #2: タンパク質 | | 分子量: 129456.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 遺伝子: rpoB, MSMEG_1367, MSMEI_1328 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60281, ポリメラーゼ #3: タンパク質 | | 分子量: 147785.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 遺伝子: rpoC, MSMEG_1368, MSMEI_1329 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QS66, ポリメラーゼ #4: タンパク質 | | 分子量: 11512.698 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 遺伝子: rpoZ, MSMEG_3053, MSMEI_2977 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QWT1, ポリメラーゼ |
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-非ポリマー , 2種, 3分子
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-MG / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Mycobacterium smegmatis RNA polymerase Sigma-A holoenzyme タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.364 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GRAPHENE OXIDE |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI POLARA 300 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 78000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 2 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
撮影 | 平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 52 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0238 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.81 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 163000 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: RECIPROCAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 3.8→278.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.899 / SU B: 32.343 / SU ML: 0.433 / ESU R: 0.259 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 103.679 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 合計: 21619 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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