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- PDB-6f2s: CryoEM structure of Ageratum Yellow Vein virus (AYVV) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f2s
タイトルCryoEM structure of Ageratum Yellow Vein virus (AYVV)
要素
  • Capsid proteinカプシド
  • coat protein subunit H
  • coat protein subunit I
  • ssDNA loop
  • ssDNA loop associated with subunit H
キーワードVIRUS (ウイルス) / AYVV / geminivirus / ssDNA (デオキシリボ核酸) / gemini
機能・相同性
機能・相同性情報


T=1 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Geminivirus AR1 coat protein / Geminivirus AR1/BR1 coat protein / Geminivirus coat protein/nuclear export factor BR1 family / Viral coat protein subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / カプシド
類似検索 - 構成要素
生物種Ageratum yellow vein virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Hesketh, E.L. / Saunders, K. / Fisher, C. / Potze, J. / Stanley, J. / Lomonossoff, G.P. / Ranson, N.A.
資金援助 英国, 5件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/L021250/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/L020955/1 英国
Wellcome Trust108466/Z/15/Z 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/J004596/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/P012523/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: The 3.3 Å structure of a plant geminivirus using cryo-EM.
著者: Emma L Hesketh / Keith Saunders / Chloe Fisher / Joran Potze / John Stanley / George P Lomonossoff / Neil A Ranson /
要旨: Geminiviruses are major plant pathogens that threaten food security globally. They have a unique architecture built from two incomplete icosahedral particles, fused to form a geminate capsid. ...Geminiviruses are major plant pathogens that threaten food security globally. They have a unique architecture built from two incomplete icosahedral particles, fused to form a geminate capsid. However, despite their importance to agricultural economies and fundamental biological interest, the details of how this is realized in 3D remain unknown. Here we report the structure of Ageratum yellow vein virus at 3.3 Å resolution, using single-particle cryo-electron microscopy, together with an atomic model that shows that the N-terminus of the single capsid protein (CP) adopts three different conformations essential for building the interface between geminate halves. Our map also contains density for ~7 bases of single-stranded DNA bound to each CP, and we show that the interactions between the genome and CPs are different at the interface than in the rest of the capsid. With additional mutagenesis data, this suggests a central role for DNA binding-induced conformational change in directing the assembly of geminate capsids.
履歴
登録2017年11月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年10月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine
改定 1.32019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete point assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-4174
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4174
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein
L: ssDNA loop
B: Capsid protein
M: ssDNA loop
F: Capsid protein
Q: ssDNA loop
E: Capsid protein
P: ssDNA loop
D: Capsid protein
O: ssDNA loop
C: Capsid protein
N: ssDNA loop
K: Capsid protein
V: ssDNA loop
J: Capsid protein
U: ssDNA loop
I: coat protein subunit I
T: ssDNA loop
H: coat protein subunit H
S: ssDNA loop associated with subunit H
G: Capsid protein
R: ssDNA loop


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)274,09122
ポリマ－274,09122
非ポリマー00
水0
1
A: Capsid protein
L: ssDNA loop
B: Capsid protein
M: ssDNA loop
F: Capsid protein
Q: ssDNA loop
E: Capsid protein
P: ssDNA loop
D: Capsid protein
O: ssDNA loop
C: Capsid protein
N: ssDNA loop
K: Capsid protein
V: ssDNA loop
J: Capsid protein
U: ssDNA loop
I: coat protein subunit I
T: ssDNA loop
H: coat protein subunit H
S: ssDNA loop associated with subunit H
G: Capsid protein
R: ssDNA loop
x 10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,740,910220
ポリマ－2,740,910220
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation10
2


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • point asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation1
3


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • point asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: D5 (2回x5回 2面回転対称))

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要素

#1: タンパク質
Capsid protein / カプシド / Coat protein


分子量: 22500.703 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ageratum yellow vein virus (ウイルス)
遺伝子: V1
発現宿主: Nicotiana benthamiana (ベンサミアナタバコ)
参照: UniProt: W5RUR4
#2: DNA鎖
ssDNA loop


分子量: 2051.390 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ageratum yellow vein virus (ウイルス)
発現宿主: Nicotiana benthamiana (ベンサミアナタバコ)
#3: タンパク質 coat protein subunit I / Coat protein


分子量: 23644.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ageratum yellow vein virus (ウイルス)
遺伝子: V1
発現宿主: Nicotiana benthamiana (ベンサミアナタバコ)
参照: UniProt: W5RUR4
#4: タンパク質 coat protein subunit H / Coat protein


分子量: 25664.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ageratum yellow vein virus (ウイルス)
遺伝子: V1
発現宿主: Nicotiana benthamiana (ベンサミアナタバコ)
参照: UniProt: W5RUR4
#5: DNA鎖 ssDNA loop associated with subunit H


分子量: 1762.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ageratum yellow vein virus (ウイルス)
発現宿主: Nicotiana benthamiana (ベンサミアナタバコ)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ageratum yellow vein virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 0.251 MDa
由来(天然)生物種: Ageratum yellow vein virus (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Nicotiana benthamiana (ベンサミアナタバコ)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Ageratum
緩衝液pH: 7
緩衝液成分濃度: 100 mM / 名称: Sodium phosphate / 式: NaPo4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: PELCO easiglow / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in.
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 75000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Calibrated defocus min: 300 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 5000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 78 K / 最低温度: 78 K
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 110 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12028

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0107 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU1.7画像取得
4Gctf0.5CTF補正
7Coot0.8.8モデルフィッティング
9RELION2初期オイラー角割当
10RELION2.1最終オイラー角割当
11RELION2.1分類
12RELION2.1３次元再構成
13PHENIX1.11モデル精密化
14REFMAC5モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 116240
対称性点対称性: D5 (2回x5回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 64932 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
精密化解像度: 3.3→477.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8 / SU B: 20.039 / SU ML: 0.273 / ESU R: 0.061
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.33242 --
obs0.33242 6333908 100 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 97.466 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.21 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.95 Å2-0.01 Å2
3---2.16 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 19170
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0060.01919738
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0030.0217927
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.0881.86326929
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg1.399341127
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg6.75252165
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg32.32123.448899
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg13.385153175
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg13.38315132
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0840.22861
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0030.0221414
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0010.024990
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it1.7399.6548693
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other1.7389.6548692
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it3.05814.48210847
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other3.05814.48210848
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it2.0289.98411045
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other2.0289.98411044
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other3.68214.85616082
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined6.38688.1922402
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other6.38688.19222403
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.386 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rwork0.476 469490 -
Rfree-0 -
obs--100 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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