+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ew0 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of GDP-microtubule co-polymerised with doublecortin and supplemented with Taxol | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / microtubule (微小管) / GTPase (GTPアーゼ) / tubulin (チューブリン) / Taxol (パクリタキセル) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / PKR-mediated signaling ...Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / PKR-mediated signaling / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Separation of Sister Chromatids / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Aggrephagy / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate Formins / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / MHC class II antigen presentation / COPI-mediated anterograde transport / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / mitotic cell cycle / 微小管 / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||
データ登録者 | Manka, S.W. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2018 タイトル: The role of tubulin-tubulin lattice contacts in the mechanism of microtubule dynamic instability. 著者: Szymon W Manka / Carolyn A Moores / 要旨: Microtubules form from longitudinally and laterally assembling tubulin α-β dimers. The assembly induces strain in tubulin, resulting in cycles of microtubule catastrophe and regrowth. This 'dynamic ...Microtubules form from longitudinally and laterally assembling tubulin α-β dimers. The assembly induces strain in tubulin, resulting in cycles of microtubule catastrophe and regrowth. This 'dynamic instability' is governed by GTP hydrolysis that renders the microtubule lattice unstable, but it is unclear how. We used a human microtubule nucleating and stabilizing neuronal protein, doublecortin, and high-resolution cryo-EM to capture tubulin's elusive hydrolysis intermediate GDP•Pi state, alongside the prehydrolysis analog GMPCPP state and the posthydrolysis GDP state with and without an anticancer drug, Taxol. GTP hydrolysis to GDP•Pi followed by Pi release constitutes two distinct structural transitions, causing unevenly distributed compressions of tubulin dimers, thereby tightening longitudinal and loosening lateral interdimer contacts. We conclude that microtubule catastrophe is triggered because the lateral contacts can no longer counteract the strain energy stored in the lattice, while reinforcement of the longitudinal contacts may support generation of force. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ew0.cif.gz | 874.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6ew0.ent.gz | 755.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ew0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/6ew0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/6ew0 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 3965MC 3961C 3962C 3963C 3964C 6evwC 6evxC 6evyC 6evzC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-タンパク質 , 2種, 12分子 EJCLAKFGDIBH
#1: タンパク質 | 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q2XVP4 #2: タンパク質 | 分子量: 49907.770 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P02554 |
---|
-非ポリマー , 4種, 24分子
#3: 化合物 | ChemComp-GTP / #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | ChemComp-GDP / #6: 化合物 | ChemComp-TA1 / |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: 13-PF GDP-microtubule co-polymerised with doublecortin (DCX) and supplemented with Taxol(R) タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL |
---|---|
分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Sus scrofa (ブタ) |
緩衝液 | pH: 6.8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI POLARA 300 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: OTHER |
撮影 | 電子線照射量: 25 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
---|---|
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 211512 / 対称性のタイプ: POINT |