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- PDB-6esb: BK polyomavirus + 20 mM GT1b oligosaccharide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6esb
タイトルBK polyomavirus + 20 mM GT1b oligosaccharide
要素
  • Capsid protein VP1カプシド
  • Minor capsid protein VP2
キーワードVIRUS (ウイルス) / Polyomavirus (ポリオーマウイルス科) / Receptor / Complex / Glycan (糖鎖)
機能・相同性
機能・相同性情報


caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / : / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / T=7 icosahedral viral capsid / : / viral penetration into host nucleus / カプシド / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity ...caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / : / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / T=7 icosahedral viral capsid / : / viral penetration into host nucleus / カプシド / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / membrane => GO:0016020 / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell nucleus / structural molecule activity / virion attachment to host cell / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Polyomavirus coat protein VP2 / Polyomavirus coat protein / Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus Vp1; Chain A / Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus capsid protein VP1 superfamily / Polyomavirus coat protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Major capsid protein VP1 / Minor capsid protein VP2 / Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種BK polyomavirus (BKウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Hurdiss, D.L. / Ranson, N.A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust102572/B/13/Z 英国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: The Structure of an Infectious Human Polyomavirus and Its Interactions with Cellular Receptors.
著者: Daniel L Hurdiss / Martin Frank / Joseph S Snowden / Andrew Macdonald / Neil A Ranson /
要旨: BK polyomavirus (BKV) causes polyomavirus-associated nephropathy and hemorrhagic cystitis in immunosuppressed patients. These are diseases for which we currently have limited treatment options, but ...BK polyomavirus (BKV) causes polyomavirus-associated nephropathy and hemorrhagic cystitis in immunosuppressed patients. These are diseases for which we currently have limited treatment options, but potential therapies could include pre-transplant vaccination with a multivalent BKV vaccine or therapeutics which inhibit capsid assembly or block attachment and entry into target cells. A useful tool in such efforts would be a high-resolution structure of the infectious BKV virion and how this interacts with its full repertoire of cellular receptors. We present the 3.4-Å cryoelectron microscopy structure of native, infectious BKV in complex with the receptor fragment of GT1b ganglioside. We also present structural evidence that BKV can utilize glycosaminoglycans as attachment receptors. This work highlights features that underpin capsid stability and provides a platform for rational design and development of urgently needed pharmacological interventions for BKV-associated diseases.
履歴
登録2017年10月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年6月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-3944
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3944
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Capsid protein VP1
2: Capsid protein VP1
3: Capsid protein VP1
4: Capsid protein VP1
5: Capsid protein VP1
6: Capsid protein VP1
7: Minor capsid protein VP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)282,41719
ポリマ－278,5737
非ポリマー3,84412
水0
1
1: Capsid protein VP1
2: Capsid protein VP1
3: Capsid protein VP1
4: Capsid protein VP1
5: Capsid protein VP1
6: Capsid protein VP1
7: Minor capsid protein VP2
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,945,0231140
ポリマ－16,714,405420
非ポリマー230,617720
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation60
2


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation1
3
1: Capsid protein VP1
2: Capsid protein VP1
3: Capsid protein VP1
4: Capsid protein VP1
5: Capsid protein VP1
6: Capsid protein VP1
7: Minor capsid protein VP2
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 1.41 MDa, 35 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,412,08595
ポリマ－1,392,86735
非ポリマー19,21860
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation5
4
1: Capsid protein VP1
2: Capsid protein VP1
3: Capsid protein VP1
4: Capsid protein VP1
5: Capsid protein VP1
6: Capsid protein VP1
7: Minor capsid protein VP2
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 1.69 MDa, 42 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,694,502114
ポリマ－1,671,44142
非ポリマー23,06272
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation6
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

-
要素

#1: タンパク質
Capsid protein VP1 / カプシド


分子量: 40053.449 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BK polyomavirus (BKウイルス) / 細胞株: Vero / 参照: UniProt: Q65613, UniProt: P03088*PLUS
#2: タンパク質 Minor capsid protein VP2 / Minor structural protein VP2


分子量: 38252.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BK polyomavirus (BKウイルス) / 細胞株: Vero / 参照: UniProt: P03094
#3: 多糖
N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-8)-N-acetyl-alpha-neuraminic acid


分子量: 600.525 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-8DNeup5Aca2-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-1/a8-b2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][<C11N1O7>]{[(1+2)][a-D-Neup5Ac]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: BK polyomavirusBKウイルス / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Human polyomavirus 1 (BKウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Homo sapiens
ウイルス殻名称: Icosahedron二十面体 / 直径: 500 nm / 三角数 (T数): 7
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 0.25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 59 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 40334 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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