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- PDB-6em3: State A architectural model (Nsa1-TAP Flag-Ytm1) - Visualizing th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6em3
タイトルState A architectural model (Nsa1-TAP Flag-Ytm1) - Visualizing the assembly pathway of nucleolar pre-60S ribosomes
要素
  • (5.8S ribosomal ...) x 2
  • (60S ribosomal protein ...) x 17
  • (Ribosome biogenesis protein ...リボソーム生合成) x 5
  • 25S ribosomal RNAリボソームRNA
  • ATP-dependent RNA helicase HAS1
  • Nucleolar protein 16核小体
  • Pescadillo homolog
  • Proteasome-interacting protein CIC1
  • Protein MAK16
  • Ribosomal RNA-processing protein 1
  • Ribosome production factor 1
  • rRNA-processing protein EBP2
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / Large Subunit Biogenesis Nucleolus
機能・相同性
機能・相同性情報


snoRNA release from pre-rRNA / 有糸分裂 / exonucleolytic trimming to generate mature 5'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 upstream of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / PeBoW complex / rRNA primary transcript binding / ATP-dependent activity, acting on RNA / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / preribosome, small subunit precursor ...snoRNA release from pre-rRNA / 有糸分裂 / exonucleolytic trimming to generate mature 5'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 upstream of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / PeBoW complex / rRNA primary transcript binding / ATP-dependent activity, acting on RNA / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / preribosome, small subunit precursor / maturation of 5.8S rRNA / proteasome binding / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / 90S preribosome / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / preribosome, large subunit precursor / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / ribosomal large subunit export from nucleus / ribonucleoprotein complex binding / maturation of SSU-rRNA / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / nuclear periphery / small-subunit processome / proteasome complex / オートファジー / protein catabolic process / ribosomal small subunit biogenesis / rRNA processing / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / protein-macromolecule adaptor activity / 核膜 / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / RNA helicase activity / rRNA binding / ヘリカーゼ / リボソーム / structural constituent of ribosome / 細胞周期 / mRNA binding / 核小体 / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / 核質 / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L36 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #4280 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3450 / translation elongation factor selb, chain A, domain 4 / WDR74/Nsa1 / Ribosomal RNA processing protein 1-like / Nucleolar protein,Nop52 / Mak16 protein / Mak16 protein C-terminal region / Ribosome biogenesis protein 15, RNA recognition motif ...Ribosomal protein L36 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #4280 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3450 / translation elongation factor selb, chain A, domain 4 / WDR74/Nsa1 / Ribosomal RNA processing protein 1-like / Nucleolar protein,Nop52 / Mak16 protein / Mak16 protein C-terminal region / Ribosome biogenesis protein 15, RNA recognition motif / Ribosomal protein L15e / Ribosomal protein L15 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 - #10 / Eukaryotic rRNA processing / Eukaryotic rRNA processing protein EBP2 / Ribosomal Protein L13p; Chain: A; / Ribosomal protein L13 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / Ribosome biogenesis protein BRX1 / DDX18/Has1, DEAD-box helicase domain / Ribosome biogenesis protein Nop16 / Ribosome biogenesis protein Nop16 / Domain of unknown function DUF4217 / Domain of unknown function (DUF4217) / DUF4217 / BOP1, N-terminal domain / WD repeat BOP1/Erb1 / BOP1NT (NUC169) domain / BOP1NT (NUC169) domain / U3 snoRNP protein/Ribosome production factor 1 / Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / Pescadillo / Pescadillo N-terminus / SH3 type barrels. - #30 / BRCT domain, a BRCA1 C-terminus domain / Ribosomal protein L30/S12 / Brix domain / Brix domain / Brix domain profile. / Brix / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / Ribosomal L28e/Mak16 / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / Ribosomal L28e protein family / : / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / breast cancer carboxy-terminal domain / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / 60S ribosomal protein L6E / Ribosomal protein L35A / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L35A superfamily / Ribosomal protein L7A/L8 / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L6e / Ribosomal protein L30, N-terminal / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal protein L35Ae / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein L15e, conserved site / Ribosomal protein L14e domain / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein L32e, conserved site / Ribosomal protein L4/L1e, eukaryotic/archaeal, conserved site / Ribosomal protein L37e, conserved site / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein L37e / Ribosomal protein L14 / Ribosomal_L15e / Ribosomal protein L15e / Ribosomal protein L15e core domain superfamily / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L37ae/L37e / Ribosomal protein L14, KOW motif / Ribosomal protein L22/L17, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L35Ae signature. / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal protein L26/L24, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L4, eukaryotic and archaeal type / Ribosomal protein L18e
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein eL36B / Large ribosomal subunit protein uL30A / Large ribosomal subunit protein uL22A ...: / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein eL36B / Large ribosomal subunit protein uL30A / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein uL24A / Large ribosomal subunit protein eL33A / Large ribosomal subunit protein eL15A / Large ribosomal subunit protein eL20A / Large ribosomal subunit protein eL18A / Large ribosomal subunit protein uL29A / Large ribosomal subunit protein uL4A / Protein MAK16 / Large ribosomal subunit protein eL8A / Large ribosomal subunit protein uL13A / Ribosomal RNA-processing protein 1 / rRNA-processing protein EBP2 / Large ribosomal subunit protein eL14A / Large ribosomal subunit protein eL32 / Proteasome-interacting protein CIC1 / Ribosome production factor 1 / Nucleolar protein 16 / Ribosome biogenesis protein RLP7 / Large ribosomal subunit protein eL37A / Ribosome biogenesis protein NSA1 / Pescadillo homolog / Ribosome biogenesis protein 15 / Large ribosomal subunit protein eL6A / ATP-dependent RNA helicase HAS1 / Ribosome biogenesis protein ERB1 / Ribosome biogenesis protein BRX1 / Large ribosomal subunit protein eL13A
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Kater, L. / Cheng, J. / Barrio-Garcia, C. / Hurt, E. / Beckmann, R.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Visualizing the Assembly Pathway of Nucleolar Pre-60S Ribosomes.
著者: Lukas Kater / Matthias Thoms / Clara Barrio-Garcia / Jingdong Cheng / Sherif Ismail / Yasar Luqman Ahmed / Gert Bange / Dieter Kressler / Otto Berninghausen / Irmgard Sinning / Ed Hurt / Roland Beckmann /
要旨: Eukaryotic 60S ribosomal subunits are comprised of three rRNAs and ∼50 ribosomal proteins. The initial steps of their formation take place in the nucleolus, but, owing to a lack of structural ...Eukaryotic 60S ribosomal subunits are comprised of three rRNAs and ∼50 ribosomal proteins. The initial steps of their formation take place in the nucleolus, but, owing to a lack of structural information, this process is poorly understood. Using cryo-EM, we solved structures of early 60S biogenesis intermediates at 3.3 Å to 4.5 Å resolution, thereby providing insights into their sequential folding and assembly pathway. Besides revealing distinct immature rRNA conformations, we map 25 assembly factors in six different assembly states. Notably, the Nsa1-Rrp1-Rpf1-Mak16 module stabilizes the solvent side of the 60S subunit, and the Erb1-Ytm1-Nop7 complex organizes and connects through Erb1's meandering N-terminal extension, eight assembly factors, three ribosomal proteins, and three 25S rRNA domains. Our structural snapshots reveal the order of integration and compaction of the six major 60S domains within early nucleolar 60S particles developing stepwise from the solvent side around the exit tunnel to the central protuberance.
履歴
登録2017年10月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-3888
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3888
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
x: Ribosome production factor 1
F: 60S ribosomal protein L7-A
3: Protein MAK16
4: Ribosomal RNA-processing protein 1
5: Ribosome biogenesis protein NSA1
A: Ribosome biogenesis protein BRX1
J: rRNA-processing protein EBP2
v: Nucleolar protein 16
C: 60S ribosomal protein L4-A
e: 60S ribosomal protein L32
E: 60S ribosomal protein L6-A
f: 60S ribosomal protein L33-A
G: 60S ribosomal protein L8-A
h: 60S ribosomal protein L35-A
i: 60S ribosomal protein L36-B
j: 60S ribosomal protein L37-A
L: 60S ribosomal protein L13-A
M: 60S ribosomal protein L14-A
N: 60S ribosomal protein L15-A
O: 60S ribosomal protein L16-A
P: 60S ribosomal protein L17-A
Q: 60S ribosomal protein L18-A
S: 60S ribosomal protein L20-A
Y: 60S ribosomal protein L26-A
1: 25S ribosomal RNA
2: 5.8S ribosomal RNA
D: ATP-dependent RNA helicase HAS1
K: Proteasome-interacting protein CIC1
n: Pescadillo homolog
o: Ribosome biogenesis protein 15
t: Ribosome biogenesis protein RLP7
6: 5.8S ribosomal RNA
B: Ribosome biogenesis protein ERB1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,149,83333
ポリマ－2,149,83333
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 8種, 8分子 x34JvDKn

#1: タンパク質 Ribosome production factor 1 / Ribosome biogenesis protein RPF1


分子量: 35184.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Backbone model
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P38805
#3: タンパク質 Protein MAK16 / Maintenance of killer protein 16


分子量: 35754.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Backbone model
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P10962
#4: タンパク質 Ribosomal RNA-processing protein 1


分子量: 33250.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Backbone model
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P35178
#7: タンパク質 rRNA-processing protein EBP2 / EBNA1-binding protein homolog


分子量: 49842.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Backbone model
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P36049
#8: タンパク質 Nucleolar protein 16 / 核小体


分子量: 26954.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Backbone model
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P40007
#27: タンパク質 ATP-dependent RNA helicase HAS1 / Helicase associated with SET1 protein 1


分子量: 56798.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Backbone model
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: Q03532, ヘリカーゼ
#28: タンパク質 Proteasome-interacting protein CIC1 / Core interacting component 1


分子量: 42596.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Backbone model
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P38779
#29: タンパク質 Pescadillo homolog / Nucleolar protein 7 / Ribosomal RNA-processing protein 13


分子量: 69984.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Backbone model
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P53261

-
60S ribosomal protein ... , 17種, 17分子 FCeEfGhijLMNOPQSY

#2: タンパク質 60S ribosomal protein L7-A / リボソーム / L6 / Large ribosomal subunit protein uL30-A / RP11 / YL8


分子量: 27686.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Backbone model
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P05737
#9: タンパク質 60S ribosomal protein L4-A / リボソーム / L2 / Large ribosomal subunit protein uL4-A / RP2 / YL2


分子量: 39159.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Backbone model
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P10664
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L32 / / Large ribosomal subunit protein eL32


分子量: 14809.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Backbone model
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P38061
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L6-A / リボソーム / L17 / Large ribosomal subunit protein eL6-A / RP18 / YL16


分子量: 20000.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Backbone model
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: Q02326
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L33-A / リボソーム / L37 / Large ribosomal subunit protein eL33-A / RP47 / YL37


分子量: 12177.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Backbone model
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P05744
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L8-A / リボソーム / L4 / L4-2 / L7a-1 / Large ribosomal subunit protein eL8-A / Maintenance of killer protein 7 / RP6 / YL5


分子量: 28175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Backbone model
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P17076
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L35-A / リボソーム / Large ribosomal subunit protein uL29-A


分子量: 13942.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Backbone model
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX84
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L36-B / リボソーム / L39 / Large ribosomal subunit protein eL36-B / YL39


分子量: 11162.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Backbone model
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: O14455
#16: タンパク質 60S ribosomal protein L37-A / リボソーム / L43 / Large ribosomal subunit protein eL37-A / YL35 / YP55


分子量: 9877.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Backbone model
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P49166
#17: タンパク質 60S ribosomal protein L13-A / リボソーム / Large ribosomal subunit protein eL13-A


分子量: 22604.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Backbone model
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: Q12690
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L14-A / リボソーム / Large ribosomal subunit protein eL14-A


分子量: 15195.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Backbone model
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P36105
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L15-A / リボソーム / L13 / Large ribosomal subunit protein eL15-A / RP15R / YL10 / YP18


分子量: 24482.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Backbone model
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P05748
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L16-A / リボソーム / L13a / L21 / Large ribosomal subunit protein uL13-A / RP22 / YL15


分子量: 22247.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Backbone model
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P26784
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L17-A / リボソーム / L20A / Large ribosomal subunit protein uL22-A / YL17


分子量: 20589.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Backbone model
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P05740
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L18-A / リボソーム / Large ribosomal subunit protein eL18-A / RP28


分子量: 20609.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Backbone model
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX49
#23: タンパク質 60S ribosomal protein L20-A / リボソーム / L18a / Large ribosomal subunit protein eL20-A


分子量: 20478.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Backbone model
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX23
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L26-A / リボソーム / L33 / Large ribosomal subunit protein uL24-A / YL33


分子量: 14265.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Backbone model
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P05743

-
Ribosome biogenesis protein ... , 5種, 5分子 5AotB

#5: タンパク質 Ribosome biogenesis protein NSA1 / リボソーム生合成 / NOP7-associated protein 1


分子量: 51982.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Backbone model
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P53136
#6: タンパク質 Ribosome biogenesis protein BRX1 / リボソーム生合成


分子量: 33585.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Backbone model
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: Q08235
#30: タンパク質 Ribosome biogenesis protein 15 / リボソーム生合成 / Nucleolar protein 15


分子量: 25499.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Backbone model
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P53927
#31: タンパク質 Ribosome biogenesis protein RLP7 / リボソーム生合成 / Ribosomal protein L7-like


分子量: 36621.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Backbone model
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P40693
#33: タンパク質 Ribosome biogenesis protein ERB1 / リボソーム生合成 / Eukaryotic ribosome biogenesis protein 1


分子量: 91830.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Backbone model
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: Q04660

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 1

#25: RNA鎖 25S ribosomal RNA / リボソームRNA


分子量: 1097493.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Backbone model
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: GenBank: 834774822

-
5.8S ribosomal ... , 2種, 2分子 26

#26: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA / 5.8SリボソームRNA


分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Backbone model
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: GenBank: 1214879358
#32: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA / 5.8SリボソームRNA


分子量: 74308.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Backbone model
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: GenBank: 1102641490

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Nsa1-TAP Flag-Ytm1 / タイプ: RIBOSOME
詳細: Pre-60S assembly intermediates purified via Nsa1-TAP Flag-Ytm1
Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 27 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
画像スキャンサンプリングサイズ: 14 µm / 横: 4096 / 縦: 4096 / 動画フレーム数/画像: 10 / 利用したフレーム数/画像: 1-6

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Gautomatch粒子像選択
4GctfCTF補正
9RELION2初期オイラー角割当
10RELION2最終オイラー角割当
11RELION2分類
12RELION2３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 34453 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / 詳細: Backbone model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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