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- PDB-6ek1: Crystal structure of Type IIP restriction endonuclease PfoI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ek1
タイトルCrystal structure of Type IIP restriction endonuclease PfoI
要素restriction endonuclease PfoI
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Restriction endonuclease (制限酵素) / PD-(D/E)xK nuclease
機能・相同性type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / Restriction endonuclease PfoI
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.601 Å
データ登録者Tamulaitiene, G. / Manakova, E. / Jovaisaite, V. / Grazulis, S. / Siksnys, V.
資金援助リトアニア, 1件
組織認可番号国
Research Council of LithuaniaMIP-41/2013リトアニア
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Unique mechanism of target recognition by PfoI restriction endonuclease of the CCGG-family.
著者: Tamulaitiene, G. / Manakova, E. / Jovaisaite, V. / Tamulaitis, G. / Grazulis, S. / Bochtler, M. / Siksnys, V.
履歴
登録2017年9月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月24日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.formula_weight

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: restriction endonuclease PfoI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2572
ポリマ－35,1951
非ポリマー621
水1086
1
A: restriction endonuclease PfoI
ヘテロ分子

A: restriction endonuclease PfoI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,5134
ポリマ－70,3892
非ポリマー1242
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_465y-1,x+1,-z1
Buried area4210 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area25610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.067, 48.067, 266.693
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 restriction endonuclease PfoI


分子量: 35194.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 株: biovar 126 / プラスミド: pBAD24 / 発現宿主: Escherichia coli BH10B (大腸菌)
参照: UniProt: A0A452CST7*PLUS, type II site-specific deoxyribonuclease
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.84 % / 解説: Bipyramidal crystals
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 6.8 mg/ml of PfoI in complex with DNA oligoduplex was mixed with reservoir solution 1:1, microseeding was used. NaHepes 0.1M, magnesium formate 0.2M, 18-20% PEG3350
PH範囲: 7-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年5月9日 / 詳細: OSMIC CONFOCAL MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→45.22 Å / Num. obs: 17795 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 49.262 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.074 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 1470 / Rsym value: 0.44 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.3_1479精密化
MOSFLM6.2.6データ削減
SCALA3.2.19データスケーリング
MOLREP9.2.10位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.601→45.219 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.2 / 位相誤差: 27.41
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 1710 9.61 %Random selection
Rwork0.2181 ---
obs0.2233 17795 96.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.601→45.219 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2395 0 4 6 2405
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022457
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5743318
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.425898
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.022374
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002426
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6011-2.67760.4141420.29311411X-RAY DIFFRACTION99
2.6776-2.7640.31831640.28131331X-RAY DIFFRACTION99
2.764-2.86280.33531650.26571356X-RAY DIFFRACTION99
2.8628-2.97740.33951380.24521406X-RAY DIFFRACTION100
2.9774-3.11290.27211240.24341351X-RAY DIFFRACTION99
3.1129-3.27690.28741440.25121379X-RAY DIFFRACTION99
3.2769-3.48220.29851430.23921351X-RAY DIFFRACTION97
3.4822-3.75090.28851470.22671308X-RAY DIFFRACTION95
3.7509-4.12810.2421460.21331258X-RAY DIFFRACTION92
4.1281-4.72490.21291490.1721292X-RAY DIFFRACTION94
4.7249-5.95080.25041200.18881310X-RAY DIFFRACTION93
5.9508-45.22570.24881280.17691332X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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