[日本語] English
万見
- PDB-6e9d: Sub-2 Angstrom Ewald Curvature-Corrected Single-Particle Cryo-EM ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e9d
タイトルSub-2 Angstrom Ewald Curvature-Corrected Single-Particle Cryo-EM Reconstruction of AAV-2 L336C
要素Capsid protein VP1カプシド
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE (ウイルス様粒子) / AAV-2 L336C / Gene therapy (遺伝子治療) / Ewald sphere curvature correction / Per particle CTF
機能・相同性
機能・相同性情報


permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / host cell nucleolus / T=1 icosahedral viral capsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / structural molecule activity / virion attachment to host cell
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Adeno-associated virus 2 Srivastava/1982 (アデノ随伴ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Tan, Y.Z. / Aiyer, S. / Mietzsch, M. / Hull, J.A. / McKenna, R. / Baker, T.S. / Agbandje-McKenna, M. / Lyumkis, D.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI136680-01 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM109524 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM033050 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Sub-2 Å Ewald curvature corrected structure of an AAV2 capsid variant.
著者: Yong Zi Tan / Sriram Aiyer / Mario Mietzsch / Joshua A Hull / Robert McKenna / Joshua Grieger / R Jude Samulski / Timothy S Baker / Mavis Agbandje-McKenna / Dmitry Lyumkis /
要旨: Single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) provides a powerful methodology for structural biologists, but the resolutions typically attained with experimentally determined structures ...Single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) provides a powerful methodology for structural biologists, but the resolutions typically attained with experimentally determined structures have lagged behind microscope capabilities. Here, we exploit several technical advances to improve resolution, including per-particle contrast transfer function (CTF) refinement and correction for Ewald sphere curvature. The latter is demonstrated with several experimental samples and should become more standard as resolutions increase or at lower microscope accelerating voltages. The combined application of the described methods to micrographs recorded on a Titan Krios enables structure determination at ~1.86-Å resolution of an adeno-associated virus serotype 2 variant (AAV2), an important gene-delivery vehicle. The resulting structural details provide an improved model for understanding the biology of AAV that will guide future vector development for gene therapy.
履歴
登録2018年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年2月26日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-9012
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9012
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP1
C: Capsid protein VP1
D: Capsid protein VP1
E: Capsid protein VP1
F: Capsid protein VP1
G: Capsid protein VP1
H: Capsid protein VP1
I: Capsid protein VP1
J: Capsid protein VP1
K: Capsid protein VP1
L: Capsid protein VP1
M: Capsid protein VP1
N: Capsid protein VP1
O: Capsid protein VP1
P: Capsid protein VP1
Q: Capsid protein VP1
R: Capsid protein VP1
S: Capsid protein VP1
T: Capsid protein VP1
U: Capsid protein VP1
V: Capsid protein VP1
W: Capsid protein VP1
X: Capsid protein VP1
Y: Capsid protein VP1
Z: Capsid protein VP1
1: Capsid protein VP1
2: Capsid protein VP1
3: Capsid protein VP1
4: Capsid protein VP1
5: Capsid protein VP1
6: Capsid protein VP1
a: Capsid protein VP1
b: Capsid protein VP1
c: Capsid protein VP1
d: Capsid protein VP1
e: Capsid protein VP1
f: Capsid protein VP1
g: Capsid protein VP1
h: Capsid protein VP1
i: Capsid protein VP1
j: Capsid protein VP1
k: Capsid protein VP1
l: Capsid protein VP1
m: Capsid protein VP1
n: Capsid protein VP1
o: Capsid protein VP1
p: Capsid protein VP1
q: Capsid protein VP1
r: Capsid protein VP1
s: Capsid protein VP1
t: Capsid protein VP1
u: Capsid protein VP1
v: Capsid protein VP1
w: Capsid protein VP1
x: Capsid protein VP1
y: Capsid protein VP1
z: Capsid protein VP1
7: Capsid protein VP1
8: Capsid protein VP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,921,28060
ポリマ－4,921,28060
非ポリマー00
水212,93711820
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area935590 Å2
ΔGint-3762 kcal/mol
Surface area792190 Å2

-
要素

#1: タンパク質 ...
Capsid protein VP1 / カプシド


分子量: 82021.336 Da / 分子数: 60 / 変異: L336C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Adeno-associated virus 2 Srivastava/1982 (アデノ随伴ウイルス)
遺伝子: VP1 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P03135
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11820 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Adeno-associated virus - 2 / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 3.9 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Adeno-associated virus - 2 (アデノ随伴ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株: Sf9 / プラスミド: pFastBac1-HM
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
天然宿主生物種: Homo sapiens
ウイルス殻名称: Icosahedral capsidカプシド / 直径: 250 nm / 三角数 (T数): 1
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
22 mMmagnesium chlorideMgCl21
350 mMHEPESC8H18N2O4S1
試料濃度: 1.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: Double blotting was used to increase particle concentration. Sample was added to a plasma-cleaned (Gatan Solarus) grid and blotted away using Whatman grade 4 filter paper after 20 second wait time.

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 詳細: Beam tilt in 8 directions +/- 5 mrad
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 37000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 3.5 sec. / 電子線照射量: 22.5 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1317 / 詳細: Stage shift mode for data collection
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 70 / 利用したフレーム数/画像: 5-19

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Gautomatch0.56粒子像選択
2Leginon画像取得
4RELION2.1CTF補正
7Coot0.8.9.1モデルフィッティング
9PHENIX1.13モデル精密化
10cryoSPARC0.65初期オイラー角割当
11FREALIGN9.11最終オイラー角割当
12FREALIGN9.11分類
13FREALIGN9.11３次元再構成
画像処理詳細: super-resolution mode
CTF補正詳細: CTF estimation per particle - Gctf, CTF estimation per micrograph - CTFFIND4
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 78194
詳細: Template-based picking by generating template from a 2-D classification of an initial subset of data.
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 1.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 30515 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 詳細: Frequency limited refinement / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 61.9 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient, EM ringer score
原子モデル構築PDB-ID: 1LP3

1lp3


Accession code: 1LP3 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る