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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6e5p | |||||||||
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タイトル | Backbone model based on cryo-EM map at 8.5 A of domain-swapped, glycan-reactive, neutralizing antibody 2G12 bound to HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP, which was also bound to CD4-binding site antibody VRC03 | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / HIV-1 Env / complex / neutralizing (中和抗体) / domain-swapped antibody | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / structural molecule activity / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Acharya, P. / Kwong, P.D. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2019 タイトル: Structural Survey of Broadly Neutralizing Antibodies Targeting the HIV-1 Env Trimer Delineates Epitope Categories and Characteristics of Recognition. 著者: Gwo-Yu Chuang / Jing Zhou / Priyamvada Acharya / Reda Rawi / Chen-Hsiang Shen / Zizhang Sheng / Baoshan Zhang / Tongqing Zhou / Robert T Bailer / Venkata P Dandey / Nicole A Doria-Rose / Mark ...著者: Gwo-Yu Chuang / Jing Zhou / Priyamvada Acharya / Reda Rawi / Chen-Hsiang Shen / Zizhang Sheng / Baoshan Zhang / Tongqing Zhou / Robert T Bailer / Venkata P Dandey / Nicole A Doria-Rose / Mark K Louder / Krisha McKee / John R Mascola / Lawrence Shapiro / Peter D Kwong / 要旨: Over the past decade, structures have been determined for broadly neutralizing antibodies that recognize all major exposed surfaces of the prefusion-closed HIV-1-envelope (Env) trimer. To understand ...Over the past decade, structures have been determined for broadly neutralizing antibodies that recognize all major exposed surfaces of the prefusion-closed HIV-1-envelope (Env) trimer. To understand this recognition and its implications, we analyzed 206 antibody-HIV-1 Env structures from the Protein Data Bank with resolution suitable to define interaction chemistries and measured antibody neutralization on a 208-strain panel. Those with >25% breadth segregated into almost two dozen classes based on ontogeny and recognition and into six epitope categories based on recognized Env residues. For paratope, the number of protruding loops and level of somatic hypermutation were significantly higher for broad HIV-1 neutralizing antibodies than for a comparison set of non-HIV-1 antibodies (p < 0.0001). For epitope, the number of independent sequence segments was higher (p < 0.0001), as well as the glycan component surface area (p = 0.0005). The unusual characteristics of epitope and paratope delineated here are likely to reflect respectively virus-immune evasion and antibody-recognition solutions that allow effective neutralization of HIV-1. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6e5p.cif.gz | 713 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6e5p.ent.gz | 465.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6e5p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/6e5p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/6e5p | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Envelope glycoprotein ... , 2種, 6分子 ACEBDF
#3: タンパク質 | 分子量: 53086.102 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: env / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q2N0S6 #4: タンパク質 | 分子量: 19102.811 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: env / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q2N0S9 |
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-タンパク質 , 1種, 3分子 IOV
#5: タンパク質 | 分子量: 24699.861 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-抗体 , 3種, 15分子 14KLQT23HMRSJPW
#1: 抗体 | 分子量: 23130.762 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #2: 抗体 | 分子量: 23932.869 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #6: 抗体 | 分子量: 23043.652 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-糖 , 4種, 21分子
#7: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose / 2alpha-alpha-mannobiose #8: 多糖 | #9: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #10: 多糖 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Ternary complex HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP with Fab fragments of antibodies 2G12 and VRC03. タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.01 |
緩衝液成分 | 濃度: 150 mM / 名称: HEPES |
試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: SPOTITON / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 298 K 詳細: 0.005% dodecyl maltoside was added to sample before vitification |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 63.84 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2206 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 463860 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 8.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 5245 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL |