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- PDB-6e1h: Structure of 2:1 human Ptch1-Shh-N complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e1h
タイトルStructure of 2:1 human Ptch1-Shh-N complex
要素
  • Protein patched homolog 1
  • Sonic hedgehog proteinソニック・ヘッジホッグ
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / tumor suppressor (がん抑制遺伝子)
機能・相同性
機能・相同性情報


Formation of lateral plate mesoderm / positive regulation of skeletal muscle cell proliferation / neural plate axis specification / right lung development / left lung development / primary prostatic bud elongation / regulation of mesenchymal cell proliferation involved in prostate gland development / mesenchymal smoothened signaling pathway involved in prostate gland development / positive regulation of sclerotome development / tracheoesophageal septum formation ...Formation of lateral plate mesoderm / positive regulation of skeletal muscle cell proliferation / neural plate axis specification / right lung development / left lung development / primary prostatic bud elongation / regulation of mesenchymal cell proliferation involved in prostate gland development / mesenchymal smoothened signaling pathway involved in prostate gland development / positive regulation of sclerotome development / tracheoesophageal septum formation / negative regulation of ureter smooth muscle cell differentiation / positive regulation of ureter smooth muscle cell differentiation / negative regulation of kidney smooth muscle cell differentiation / positive regulation of kidney smooth muscle cell differentiation / morphogen activity / regulation of odontogenesis / cell differentiation involved in kidney development / positive regulation of mesenchymal cell proliferation involved in ureter development / polarity specification of anterior/posterior axis / trunk neural crest cell migration / hedgehog receptor activity / response to chlorate / cell proliferation involved in metanephros development / hindgut morphogenesis / striated muscle tissue development / negative regulation of alpha-beta T cell differentiation / regulation of glial cell proliferation / regulation of prostatic bud formation / metanephric mesenchymal cell proliferation involved in metanephros development / smoothened binding / neural tube patterning / formation of anatomical boundary / lung epithelium development / positive regulation of striated muscle cell differentiation / ventral midline development / hedgehog family protein binding / trachea morphogenesis / cholesterol-protein transferase activity / bud outgrowth involved in lung branching / HHAT G278V doesn't palmitoylate Hh-Np / telencephalon regionalization / epithelial-mesenchymal cell signaling / : / laminin-1 binding / Ligand-receptor interactions / hindlimb morphogenesis / salivary gland cavitation / negative regulation of cholesterol efflux / determination of left/right asymmetry in lateral mesoderm / spinal cord dorsal/ventral patterning / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process / positive regulation of cerebellar granule cell precursor proliferation / 細胞生物学 / negative regulation of T cell differentiation in thymus / epidermal cell fate specification / spinal cord motor neuron differentiation / positive regulation of T cell differentiation in thymus / intermediate filament organization / cerebellar granule cell precursor proliferation / mesenchymal cell apoptotic process / embryonic skeletal system development / prostate gland development / establishment of epithelial cell polarity / limb bud formation / lung lobe morphogenesis / Activation of SMO / thalamus development / negative regulation of cell division / skeletal muscle fiber differentiation / embryonic foregut morphogenesis / patched binding / limb morphogenesis / embryonic digestive tract morphogenesis / somite development / hindbrain development / negative thymic T cell selection / positive regulation of skeletal muscle tissue development / ectoderm development / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / animal organ formation / dorsal/ventral neural tube patterning / neuron fate commitment / stem cell development / mesenchymal cell proliferation involved in lung development / cellular response to cholesterol / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation / skeletal muscle cell proliferation / positive regulation of immature T cell proliferation in thymus / oligodendrocyte development / lymphoid progenitor cell differentiation / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / smooth muscle tissue development / male genitalia development / positive regulation of astrocyte differentiation / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / regulation of stem cell proliferation / pattern specification process / artery development / self proteolysis / pharyngeal system development
類似検索 - 分子機能
Transmembrane receptor, patched / Hedgehog, N-terminal signalling domain / ヘッジホッグシグナル伝達経路 / Hedgehog protein, Hint domain / Hint module / Hedgehog amino-terminal signalling domain / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 - #10 / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / Sterol-sensing domain of SREBP cleavage-activation ...Transmembrane receptor, patched / Hedgehog, N-terminal signalling domain / ヘッジホッグシグナル伝達経路 / Hedgehog protein, Hint domain / Hint module / Hedgehog amino-terminal signalling domain / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 - #10 / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / Sterol-sensing domain of SREBP cleavage-activation / Protein patched/dispatched / Patched family / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
パルミチン酸 / Protein patched homolog 1 / ソニック・ヘッジホッグ
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Qi, X. / Li, X.
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Two Patched molecules engage distinct sites on Hedgehog yielding a signaling-competent complex.
著者: Xiaofeng Qi / Philip Schmiege / Elias Coutavas / Xiaochun Li /
要旨: Aberrant Hedgehog (HH) signaling leads to various types of cancer and birth defects. N-terminally palmitoylated HH initiates signaling by binding its receptor Patched-1 (PTCH1). A recent 1:1 PTCH1-HH ...Aberrant Hedgehog (HH) signaling leads to various types of cancer and birth defects. N-terminally palmitoylated HH initiates signaling by binding its receptor Patched-1 (PTCH1). A recent 1:1 PTCH1-HH complex structure visualized a palmitate-mediated binding site on HH, which was inconsistent with previous studies that implied a distinct, calcium-mediated binding site for PTCH1 and HH co-receptors. Our 3.5-angstrom resolution cryo-electron microscopy structure of native Sonic Hedgehog (SHH-N) in complex with PTCH1 at a physiological calcium concentration reconciles these disparate findings and demonstrates that one SHH-N molecule engages both epitopes to bind two PTCH1 receptors in an asymmetric manner. Functional assays using PTCH1 or SHH-N mutants that disrupt the individual interfaces illustrate that simultaneous engagement of both interfaces is required for efficient signaling in cells.
履歴
登録2018年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年10月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 2.02023年2月22日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / em_entity_assembly / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_entity_assembly.entity_id_list / _entity_name_com.name / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id / _struct_site_gen.label_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8955
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein patched homolog 1
C: Sonic hedgehog protein
B: Protein patched homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)341,4257
ポリマ－341,0233
非ポリマー4024
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Protein patched homolog 1 / PTC1


分子量: 160714.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTCH1, PTCH / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13635
#2: タンパク質 Sonic hedgehog protein / ソニック・ヘッジホッグ / SHH / HHG-1 / Shh unprocessed N-terminal signaling and C-terminal autoprocessing domains / ShhNC


分子量: 19594.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SHH / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15465
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸 / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ptc / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.265 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: NO

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DARK FIELD
撮影電子線照射量: 1.6 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0222 / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 77712 / 対称性のタイプ: POINT
精密化Cor.coef. Fo:Fc: 0.791 / 最高解像度: 3.5 Å / SU B: 73.029 / SU ML: 0.917 / ESU R: 1.045
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS /
反射数%反射
obs104753 99.99 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 80.671 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.08 Å2-0.14 Å2-0.9 Å2
2--1.59 Å20.02 Å2
3----0.51 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 16669
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0050.01417076
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0020.01715768
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.1591.64123208
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg0.9331.62936685
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg8.1752115
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg26.42722.166808
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg13.091152815
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg9.6061587
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0680.22197
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0040.0219044
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0020.023352
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it1.8488.3628473
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other1.8488.3628472
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it2.86412.53810581
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other2.86412.53910582
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it0.0728.2688603
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other0.0728.2688603
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other0.30112.39812628
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined3.25520539
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other3.25520536
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.591 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0.727 7606 -
obs--99.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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