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- PDB-6dqx: Actinobacillus ureae class Id ribonucleotide reductase alpha subunit -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dqx
タイトルActinobacillus ureae class Id ribonucleotide reductase alpha subunit
要素Ribonucleoside-diphosphate reductase, alpha chainリボヌクレオシド二リン酸レダクターゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Ribonucleotide reductase (リボヌクレオシド二リン酸レダクターゼ) / alpha subunit / class Id / nucleotide metabolism (ヌクレオチド)
機能・相同性Ribonucleotide reductase alpha chain / Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit / Ribonucleotide reductase large subunit, C-terminal / Ribonucleotide reductase, barrel domain / リボヌクレオシド二リン酸レダクターゼ / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / DNA複製 / Ribonucleoside-diphosphate reductase, alpha chain
機能・相同性情報
生物種Actinobacillus ureae ATCC 25976 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者McBride, M.J. / Palowitch, G.M. / Boal, A.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM119707 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Structures of Class Id Ribonucleotide Reductase Catalytic Subunits Reveal a Minimal Architecture for Deoxynucleotide Biosynthesis.
著者: Rose, H.R. / Maggiolo, A.O. / McBride, M.J. / Palowitch, G.M. / Pandelia, M.E. / Davis, K.M. / Yennawar, N.H. / Boal, A.K.
履歴
登録2018年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.d_res_low / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase, alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,70310
ポリマ－65,2441
非ポリマー4609
水4,666259
1
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase, alpha chain
ヘテロ分子

A: Ribonucleoside-diphosphate reductase, alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,40720
ポリマ－130,4872
非ポリマー92018
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_935-x+4,-y-2,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.984, 97.984, 132.005
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Ribonucleoside-diphosphate reductase, alpha chain / リボヌクレオシド二リン酸レダクターゼ


分子量: 65243.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Actinobacillus ureae ATCC 25976 (バクテリア)
遺伝子: HMPREF0027_1834 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: E8KJ17, リボヌクレオシド二リン酸レダクターゼ

-
非ポリマー , 5種, 268分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.03 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 16% PEG 4000, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M tris base pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→50 Å / Num. obs: 62864 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.058 / Χ2: 0.931 / Net I/σ(I): 11.9 / Num. measured all: 450739
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.76-1.794.80.5427220.890.2670.6050.87586
1.79-1.825.70.49731560.920.2240.5470.88799.8
1.82-1.866.70.43231540.9580.1780.4690.89899.9
1.86-1.97.70.37231650.9670.1430.40.93599.8
1.9-1.947.80.30431700.9820.1150.3260.944100
1.94-1.9880.24931560.9850.0930.2660.943100
1.98-2.038.10.20431720.9890.0760.2180.94299.9
2.03-2.097.90.16531850.9910.0610.1760.97899.9
2.09-2.157.80.13631650.9930.0510.1460.95599.8
2.15-2.227.50.11131660.9940.0430.1190.97999.8
2.22-2.37.80.09731720.9950.0370.1041.00499.7
2.3-2.397.50.08232020.9950.0320.0880.95399.3
2.39-2.580.06931560.9970.0260.0740.94899.3
2.5-2.637.70.05931720.9970.0230.0630.91599.2
2.63-2.797.30.04831810.9980.0190.0520.88698.6
2.79-3.016.80.03931820.9980.0170.0430.87698.1
3.01-3.316.60.03331400.9970.0150.0370.85296.9
3.31-3.796.60.0330770.9980.0140.0340.9194.1
3.79-4.786.10.0330000.9970.0150.0330.96890.5
4.78-506.60.0333710.9980.0130.0330.89995.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DQW

6dqw


解像度: 1.76→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 2.322 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2239 3122 5.1 %RANDOM
Rwork0.1915 ---
obs0.1932 57504 94.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 64.27 Å2 / Biso mean: 23.212 Å2 / Biso min: 9.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.02 Å2-0 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.76→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4177 0 26 259 4462
Biso mean--40.82 26.55 -
残基数----520
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0194291
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023880
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3771.9535780
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96839024
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6055515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.04324.354209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.03715745
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9531521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2615
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024739
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02902
LS精密化 シェル解像度: 1.764→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 183 -
Rwork0.261 3322 -
all-3505 -
obs--75.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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