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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6dnf | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the mitochondrial calcium uniporter MCU from the fungus Cyphellophora europaea | ||||||
要素 | Mitochondrial calcium uniporter MCU | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / mitochondria (ミトコンドリア) / calcium (カルシウム) / ion channel (イオンチャネル) / eukaryotic (真核生物) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 uniporter activity / mitochondrial calcium ion homeostasis / calcium channel activity / ミトコンドリア内膜 / membrane => GO:0016020 / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Cyphellophora europaea CBS 101466 (菌類) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Long, S.B. / Baradaran, R. / Wang, C. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2018 タイトル: Cryo-EM structures of fungal and metazoan mitochondrial calcium uniporters. 著者: Rozbeh Baradaran / Chongyuan Wang / Andrew Francis Siliciano / Stephen Barstow Long / 要旨: The mitochondrial calcium uniporter (MCU) is a highly selective calcium channel and a major route of calcium entry into mitochondria. How the channel catalyses ion permeation and achieves ...The mitochondrial calcium uniporter (MCU) is a highly selective calcium channel and a major route of calcium entry into mitochondria. How the channel catalyses ion permeation and achieves ion selectivity are not well understood, partly because MCU is thought to have a distinct architecture in comparison to other cellular channels. Here we report cryo-electron microscopy reconstructions of MCU channels from zebrafish and Cyphellophora europaea at 8.5 Å and 3.2 Å resolutions, respectively. In contrast to a previous report of pentameric stoichiometry for MCU, both channels are tetramers. The atomic model of C. europaea MCU shows that a conserved WDXXEP signature sequence forms the selectivity filter, in which calcium ions are arranged in single file. Coiled-coil legs connect the pore to N-terminal domains in the mitochondrial matrix. In C. europaea MCU, the N-terminal domains assemble as a dimer of dimers; in zebrafish MCU, they form an asymmetric crescent. The structures define principles that underlie ion permeation and calcium selectivity in this unusual channel. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6dnf.cif.gz | 311.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6dnf.ent.gz | 253.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6dnf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/6dnf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/6dnf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39637.176 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Cyphellophora europaea CBS 101466 (菌類) 遺伝子: HMPREF1541_00236 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: W2SDE2 #2: 化合物 | ChemComp-DGG / #3: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Mitochondrial Calcium Uniporter (MCU) from the fungus Cyphellophora europaea. タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.158328 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Cyphellophora europaea (菌類) | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Komagataella pastoris (菌類) | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Monodisperse sample | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K / 詳細: 2 second blot, blot force of 0 |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 29000 X / アライメント法: BASIC |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 0.2 sec. / 電子線照射量: 2 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 6040 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 547637 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 376541 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 136.58 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient |