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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6dnc | ||||||
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タイトル | E.coli RF1 bound to E.coli 70S ribosome in response to UAU sense A-site codon | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME (リボソーム) / RF1 / sense codon / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 translation release factor activity, codon specific / maintenance of translational fidelity / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit ...translation release factor activity, codon specific / maintenance of translational fidelity / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / regulation of translation / cytoplasmic translation / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / mRNA binding / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||
データ登録者 | Svidritskiy, E. / Demo, G. / Korostelev, A.A. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2018 タイトル: Mechanism of premature translation termination on a sense codon. 著者: Egor Svidritskiy / Gabriel Demo / Andrei A Korostelev / 要旨: Accurate translation termination by release factors (RFs) is critical for the integrity of cellular proteomes. Premature termination on sense codons, for example, results in truncated proteins, whose ...Accurate translation termination by release factors (RFs) is critical for the integrity of cellular proteomes. Premature termination on sense codons, for example, results in truncated proteins, whose accumulation could be detrimental to the cell. Nevertheless, some sense codons are prone to triggering premature termination, but the structural basis for this is unclear. To investigate premature termination, we determined a cryo-EM structure of the 70S ribosome bound with RF1 in response to a UAU (Tyr) sense codon. The structure reveals that RF1 recognizes a UAU codon similarly to a UAG stop codon, suggesting that sense codons induce premature termination because they structurally mimic a stop codon. Hydrophobic interaction between the nucleobase of U3 (the third position of the UAU codon) and conserved Ile-196 in RF1 is important for misreading the UAU codon. Analyses of RNA binding in ribonucleoprotein complexes or by amino acids reveal that Ile-U packing is a frequent protein-RNA-binding motif with key functional implications. We discuss parallels with eukaryotic translation termination by the release factor eRF1. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6dnc.cif.gz | 3.8 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6dnc.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6dnc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/6dnc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/6dnc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 5種, 6分子 ABCDLAKA
#1: RNA鎖 | 分子量: 498725.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: GenBank: 1338015391 | ||
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#2: RNA鎖 | 分子量: 941321.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: GenBank: 1036415628 | ||
#3: RNA鎖 | 分子量: 38813.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: GenBank: 1370526515 | ||
#4: RNA鎖 | 分子量: 24802.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: GenBank: 1384458579 #37: RNA鎖 | | 分子量: 8839.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
+50S ribosomal protein ... , 32種, 32分子 EFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZAABACADAEAFAGAHAIAJA
-タンパク質 , 1種, 1分子 MA
#38: タンパク質 | 分子量: 40815.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: prfA, ECS88_1279 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR / 参照: UniProt: B7MKB3 |
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-30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 OAPAQARASATAUAVAWAXAYAZAABBBCBDBEBFBGBHB
#39: タンパク質 | 分子量: 26781.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: B7MBF0 |
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#40: タンパク質 | 分子量: 26031.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: B7MCS9 |
#41: タンパク質 | 分子量: 23514.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: B7MCR2 |
#42: タンパク質 | 分子量: 17629.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: P0A7W1 |
#43: タンパク質 | 分子量: 15211.058 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: P02358 |
#44: タンパク質 | 分子量: 17637.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: B7MCV6 |
#45: タンパク質 | 分子量: 14146.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: B7MCS1 |
#46: タンパク質 | 分子量: 14886.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: B7MBZ1 |
#47: タンパク質 | 分子量: 11755.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: B7MCT6 |
#48: タンパク質 | 分子量: 13870.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: B7MCR3 |
#49: タンパク質 | 分子量: 13768.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: B7MCV7 |
#50: タンパク質 | 分子量: 13128.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: P0A7S9 |
#51: タンパク質 | 分子量: 11677.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: B7MCS2 |
#52: タンパク質 | 分子量: 10290.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: B7MB86 |
#53: タンパク質 | 分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: B7MIU7 |
#54: タンパク質 | 分子量: 9724.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: B7MCS6 |
#55: タンパク質 | 分子量: 9005.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: B7MLK7 |
#56: タンパク質 | 分子量: 10455.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: B7MCT1 |
#57: タンパク質 | 分子量: 9708.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: B7MAE3 |
#58: タンパク質 | 分子量: 8524.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: P68679 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 2.5 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7 詳細: 20 mM Tris-HCl, 100 mM NH4Cl, 20.5 mM MgCl2, 0.5 mM EDTA, 6 mM beta-mercaptoethanol | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: PELCO easiGlow glow discharge unit, negative 20 mA. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 22000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 0.5 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3963 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 80 / 利用したフレーム数/画像: 3-42 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1065147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 639088 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 200 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient |