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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6dhh | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | RT XFEL structure of Photosystem II 400 microseconds after the second illumination at 2.2 Angstrom resolution | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | PHOTOSYNTHESIS (光合成) / PHOTOSYSTEMS / TRANSMEMBRANE (膜貫通型タンパク質) / ROOM TEMPERATURE (室温) / ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photosystem II assembly / photosystem II stabilization / oxygen evolving activity / photosystem II oxygen evolving complex / 光化学系II / photosystem II reaction center / photosynthetic electron transport chain / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / response to herbicide / 光化学系II ...photosystem II assembly / photosystem II stabilization / oxygen evolving activity / photosystem II oxygen evolving complex / 光化学系II / photosystem II reaction center / photosynthetic electron transport chain / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / response to herbicide / 光化学系II / extrinsic component of membrane / photosynthetic electron transport in photosystem II / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / 光合成 / respiratory electron transport chain / manganese ion binding / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / 自由電子レーザー / 解像度: 2.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Kern, J. / Chatterjee, R. / Young, I.D. / Fuller, F.D. / Lassalle, L. / Ibrahim, M. / Gul, S. / Fransson, T. / Brewster, A.S. / Alonso-Mori, R. ...Kern, J. / Chatterjee, R. / Young, I.D. / Fuller, F.D. / Lassalle, L. / Ibrahim, M. / Gul, S. / Fransson, T. / Brewster, A.S. / Alonso-Mori, R. / Hussein, R. / Zhang, M. / Douthit, L. / de Lichtenberg, C. / Cheah, M.H. / Shevela, D. / Wersig, J. / Seufert, I. / Sokaras, D. / Pastor, E. / Weninger, C. / Kroll, T. / Sierra, R.G. / Aller, P. / Butryn, A. / Orville, A.M. / Liang, M. / Batyuk, A. / Koglin, J.E. / Carbajo, S. / Boutet, S. / Moriarty, N.W. / Holton, J.M. / Dobbek, H. / Adams, P.D. / Bergmann, U. / Sauter, N.K. / Zouni, A. / Messinger, J. / Yano, J. / Yachandra, V.K. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, ドイツ, スウェーデン, 英国, 21件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2018 タイトル: Structures of the intermediates of Kok's photosynthetic water oxidation clock. 著者: Kern, J. / Chatterjee, R. / Young, I.D. / Fuller, F.D. / Lassalle, L. / Ibrahim, M. / Gul, S. / Fransson, T. / Brewster, A.S. / Alonso-Mori, R. / Hussein, R. / Zhang, M. / Douthit, L. / de ...著者: Kern, J. / Chatterjee, R. / Young, I.D. / Fuller, F.D. / Lassalle, L. / Ibrahim, M. / Gul, S. / Fransson, T. / Brewster, A.S. / Alonso-Mori, R. / Hussein, R. / Zhang, M. / Douthit, L. / de Lichtenberg, C. / Cheah, M.H. / Shevela, D. / Wersig, J. / Seuffert, I. / Sokaras, D. / Pastor, E. / Weninger, C. / Kroll, T. / Sierra, R.G. / Aller, P. / Butryn, A. / Orville, A.M. / Liang, M. / Batyuk, A. / Koglin, J.E. / Carbajo, S. / Boutet, S. / Moriarty, N.W. / Holton, J.M. / Dobbek, H. / Adams, P.D. / Bergmann, U. / Sauter, N.K. / Zouni, A. / Messinger, J. / Yano, J. / Yachandra, V.K. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2012 タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine. 著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2010 タイトル: PHENIX: a comprehensive Python-based system for macromolecular structure solution. 著者: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy ...著者: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert Oeffner / Randy J Read / David C Richardson / Jane S Richardson / Thomas C Terwilliger / Peter H Zwart / 要旨: Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many ...Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many of these structures because of the need for manual interpretation of complex numerical data using many software packages and the repeated use of interactive three-dimensional graphics. PHENIX has been developed to provide a comprehensive system for macromolecular crystallographic structure solution with an emphasis on the automation of all procedures. This has relied on the development of algorithms that minimize or eliminate subjective input, the development of algorithms that automate procedures that are traditionally performed by hand and, finally, the development of a framework that allows a tight integration between the algorithms. #3: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018 タイトル: DIALS: implementation and evaluation of a new integration package. 著者: Winter, G. / Waterman, D.G. / Parkhurst, J.M. / Brewster, A.S. / Gildea, R.J. / Gerstel, M. / Fuentes-Montero, L. / Vollmar, M. / Michels-Clark, T. / Young, I.D. / Sauter, N.K. / Evans, G. #4: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2010 タイトル: Features and development of Coot. 著者: P Emsley / B Lohkamp / W G Scott / K Cowtan / 要旨: Coot is a molecular-graphics application for model building and validation of biological macromolecules. The program displays electron-density maps and atomic models and allows model manipulations ...Coot is a molecular-graphics application for model building and validation of biological macromolecules. The program displays electron-density maps and atomic models and allows model manipulations such as idealization, real-space refinement, manual rotation/translation, rigid-body fitting, ligand search, solvation, mutations, rotamers and Ramachandran idealization. Furthermore, tools are provided for model validation as well as interfaces to external programs for refinement, validation and graphics. The software is designed to be easy to learn for novice users, which is achieved by ensuring that tools for common tasks are 'discoverable' through familiar user-interface elements (menus and toolbars) or by intuitive behaviour (mouse controls). Recent developments have focused on providing tools for expert users, with customisable key bindings, extensions and an extensive scripting interface. The software is under rapid development, but has already achieved very widespread use within the crystallographic community. The current state of the software is presented, with a description of the facilities available and of some of the underlying methods employed. #5: ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2014 タイトル: Protein structural ensembles are revealed by redefining X-ray electron density noise. 著者: Lang, P.T. / Holton, J.M. / Fraser, J.S. / Alber, T. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6dhh.cif.gz | 2.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6dhh.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6dhh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/6dhh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/6dhh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-Photosystem II ... , 17種, 34分子 AaBbCcDdHhIiJjKkLlMmOoTtUuYyXx...
#1: タンパク質 | 分子量: 37059.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A444, 光化学系II #2: タンパク質 | 分子量: 56096.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIQ1 #3: タンパク質 | 分子量: 49207.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIF8 #4: タンパク質 | 分子量: 38275.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8CM25, 光化学系II #7: タンパク質 | 分子量: 7227.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DJ43 #8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4195.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DJZ6 #9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3627.325 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: P59087 #10: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4101.911 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q9F1K9 #11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4299.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIN8 #12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3706.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DHA7 #13: タンパク質 | 分子量: 26651.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A431 #14: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3648.379 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIQ0 #15: タンパク質 | 分子量: 10966.317 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q9F1L5 #17: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3228.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DJI1 #18: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3990.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q9F1R6 #19: タンパク質 | 分子量: 6766.187 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DHJ2 #20: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3859.732 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DKM3 |
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-Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf
#5: タンパク質 | 分子量: 9378.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIP0 #6: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3868.611 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIN9 |
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-タンパク質 / 糖 , 2種, 12分子 Vv
#16: タンパク質 | 分子量: 15148.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A386 #29: 糖 | ChemComp-DGD / |
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-非ポリマー , 15種, 2192分子
#21: 化合物 | #22: 化合物 | ChemComp-CL / #23: 化合物 | ChemComp-CLA / #24: 化合物 | ChemComp-PHO / #25: 化合物 | ChemComp-BCR / #26: 化合物 | ChemComp-PL9 / #27: 化合物 | ChemComp-LMG / #28: 化合物 | ChemComp-SQD / #30: 化合物 | #31: 化合物 | #32: 化合物 | ChemComp-UNL / 分子量: 722.970 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 合成 #33: 化合物 | ChemComp-LHG / #34: 化合物 | #35: 化合物 | #36: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.19 % / 解説: Cube-like crystals |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 0.1 M NH4Cl, 35% (w/v) PEG 5000 |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.2→30.85 Å / Num. obs: 407641 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 133.39 % / CC1/2: 0.96 / Net I/σ(I): 10.602 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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Serial crystallography measurement | Focal spot size: 3 µm2 / Pulse duration: 40 fsec. / Pulse energy: 4.34 µJ / Pulse photon energy: 95.3 keV / XFEL pulse repetition rate: 10 Hz | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Serial crystallography sample delivery | 手法: fixed target |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→30.851 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.97 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 175.97 Å2 / Biso mean: 49.0838 Å2 / Biso min: 12.29 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.2→30.851 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 26
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