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- PDB-6dhf: RT XFEL structure of the one-flash state of Photosystem II (1F, S... -

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基本情報

エントリ情報
データベース: PDB / ID: 6dhf
タイトルRT XFEL structure of the one-flash state of Photosystem II (1F, S2-rich) at 2.08 Angstrom resolution
構成要素
  • (Cytochrome b559 subunit ...) x 2
  • (Photosystem II ...) x 17
  • Cytochrome c-550
キーワードPHOTOSYNTHESIS (光合成) / PHOTOSYSTEMS / TRANSMEMBRANE / ROOM TEMPERATURE (室温) / ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系)
機能・相同性Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbI / Photosystem II PsbK / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit ...Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbI / Photosystem II PsbK / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II PsbM / Cytochrome c-like domain / Photosystem II PsbY / Photosystem II PsbX / Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Cytochrome c-550 domain / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II PsbZ superfamily / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Cytochrome c-like domain superfamily / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Photosystem II PsbJ superfamily / Photosystem II PsbT / Cytochrome c family profile. / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem II protein Y (PsbY) / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / PsbL protein / PsbJ / YCF9 / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem antenna protein-like / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbK superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosystem II reaction centre T protein / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Photosystem II protein / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Photosystem II PsbL superfamily / oxygen evolving activity / photosystem II reaction center / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II assembly / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II / cytochrome c-heme linkage / chlorophyll binding / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / チラコイド / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / respiratory electron transport chain / phosphate ion binding / response to herbicide / 光合成 / extrinsic component of membrane / protein-chromophore linkage / protein stabilization / manganese ion binding / oxidation-reduction process / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / integral component of membrane / metal ion binding / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II protein Y / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II reaction center protein Ycf12 / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II CP47 reaction center protein
機能・相同性情報
試料の由来Thermosynechococcus elongatus (藍藻)
Thermosynechococcus elongatus BP-1 (藍藻)
実験手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 2.08 Å 分解能
データ登録者Kern, J. / Chatterjee, R. / Young, I.D. / Fuller, F.D. / Lassalle, L. / Ibrahim, M. / Gul, S. / Fransson, T. / Brewster, A.S. / Alonso-Mori, R. / Hussein, R. / Zhang, M. / Douthit, L. / de Lichtenberg, C. / Cheah, M.H. / Shevela, D. / Wersig, J. / Seufert, I. / Sokaras, D. / Pastor, E. / Weninger, C. / Kroll, T. / Sierra, R.G. / Aller, P. / Butryn, A. / Orville, A.M. / Liang, M. / Batyuk, A. / Koglin, J.E. / Carbajo, S. / Boutet, S. / Moriarty, N.W. / Holton, J.M. / Dobbek, H. / Adams, P.D. / Bergmann, U. / Sauter, N.K. / Zouni, A. / Messinger, J. / Yano, J. / Yachandra, V.K.
引用ジャーナル: Nature / : 2018
タイトル: Structures of the intermediates of Kok's photosynthetic water oxidation clock.
著者: Kern, J. / Chatterjee, R. / Young, I.D. / Fuller, F.D. / Lassalle, L. / Ibrahim, M. / Gul, S. / Fransson, T. / Brewster, A.S. / Alonso-Mori, R. / Hussein, R. / Zhang, M. / Douthit, L. / de Lichtenberg, C. / Cheah, M.H. / Shevela, D. / Wersig, J. / Seuffert, I. / Sokaras, D. / Pastor, E. / Weninger, C. / Kroll, T. / Sierra, R.G. / Aller, P. / Butryn, A. / Orville, A.M. / Liang, M. / Batyuk, A. / Koglin, J.E. / Carbajo, S. / Boutet, S. / Moriarty, N.W. / Holton, J.M. / Dobbek, H. / Adams, P.D. / Bergmann, U. / Sauter, N.K. / Zouni, A. / Messinger, J. / Yano, J. / Yachandra, V.K.
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2018年5月20日 / 公開: 2018年11月21日
改定日付Data content typeGroupCategoryItemProviderタイプ
1.02018年11月21日Structure modelrepositoryInitial release
1.12018年11月28日Structure modelData collection / Database referencescitation / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source_citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem II protein D1 1
B: Photosystem II CP47 reaction center protein
C: Photosystem II CP43 reaction center protein
D: Photosystem II D2 protein
E: Cytochrome b559 subunit alpha
F: Cytochrome b559 subunit beta
H: Photosystem II reaction center protein H
I: Photosystem II reaction center protein I
J: Photosystem II reaction center protein J
K: Photosystem II reaction center protein K
L: Photosystem II reaction center protein L
M: Photosystem II reaction center protein M
O: Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide
T: Photosystem II reaction center protein T
U: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein
V: Cytochrome c-550
Y: Photosystem II reaction center protein Ycf12
X: Photosystem II reaction center X protein
Z: Photosystem II reaction center protein Z
R: Photosystem II protein Y
a: Photosystem II protein D1 1
b: Photosystem II CP47 reaction center protein
c: Photosystem II CP43 reaction center protein
d: Photosystem II D2 protein
e: Cytochrome b559 subunit alpha
f: Cytochrome b559 subunit beta
h: Photosystem II reaction center protein H
i: Photosystem II reaction center protein I
j: Photosystem II reaction center protein J
k: Photosystem II reaction center protein K
l: Photosystem II reaction center protein L
m: Photosystem II reaction center protein M
o: Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide
t: Photosystem II reaction center protein T
u: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein
v: Cytochrome c-550
y: Photosystem II reaction center protein Ycf12
x: Photosystem II reaction center X protein
z: Photosystem II reaction center protein Z
r: Photosystem II protein Y
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)732,684226
ポリマ-590,60840
非ポリマ-142,077186
36,3362017
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
γ
α
β
Length a, b, c (Å)116.817, 220.888, 307.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP 21 21 21

-
構成要素

+
Photosystem II ... , 17種, 34分子 AaBbCcDdHhIiJjKkLlMmOoTtUuYyXx...

#1: タンパク質・ペプチド Photosystem II protein D1 1 / / PSII D1 protein 1 / Photosystem II Q(B) protein 1


分子量: 37059.258 Da / 分子数: 2
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (藍藻)
詳細: cell / : BP-1 / 参照: UniProt: P0A444, photosystem II
#2: タンパク質・ペプチド Photosystem II CP47 reaction center protein / / PSII 47 kDa protein / Protein CP-47


分子量: 56096.758 Da / 分子数: 2
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (藍藻)
詳細: cell / : BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIQ1
#3: タンパク質・ペプチド Photosystem II CP43 reaction center protein / / PSII 43 kDa protein / Protein CP-43


分子量: 49207.250 Da / 分子数: 2
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (藍藻)
詳細: cell / : BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIF8
#4: タンパク質・ペプチド Photosystem II D2 protein / / PSII D2 protein / Photosystem II Q(A) protein


分子量: 38275.836 Da / 分子数: 2
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (藍藻)
詳細: cell / : BP-1 / 参照: UniProt: Q8CM25, photosystem II
#7: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein H / / PSII-H


分子量: 7227.559 Da / 分子数: 2
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (藍藻)
詳細: cell / : BP-1 / 参照: UniProt: Q8DJ43
#8: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein I / / PSII-I / PSII 4.4 kDa protein


分子量: 4195.983 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (藍藻) / 詳細: cell / : BP-1 / 参照: UniProt: Q8DJZ6
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein J / / PSII-J


分子量: 3627.325 Da / 分子数: 2
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (藍藻)
詳細: cell / : BP-1 / 参照: UniProt: P59087
#10: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein K / / PSII-K


分子量: 4101.911 Da / 分子数: 2
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (藍藻)
詳細: cell / : BP-1 / 参照: UniProt: Q9F1K9
#11: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein L / / PSII-L


分子量: 4299.044 Da / 分子数: 2
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (藍藻)
詳細: cell / : BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIN8
#12: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein M / / PSII-M


分子量: 3706.348 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (藍藻) / 詳細: cell / : BP-1 / 参照: UniProt: Q8DHA7
#13: タンパク質・ペプチド Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide / / MSP


分子量: 26651.707 Da / 分子数: 2
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (藍藻)
詳細: cell / : BP-1 / 参照: UniProt: P0A431
#14: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein T / / PSII-Tc


分子量: 3648.379 Da / 分子数: 2 / 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (藍藻) / 詳細: cell / : BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIQ0
#15: タンパク質・ペプチド Photosystem II 12 kDa extrinsic protein / / PS II complex 12 kDa extrinsic protein / PSII-U


分子量: 10966.317 Da / 分子数: 2
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (藍藻)
詳細: cell / : BP-1 / 参照: UniProt: Q9F1L5
#17: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein Ycf12 /


分子量: 3228.035 Da / 分子数: 2
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (藍藻)
詳細: cell / : BP-1 / 参照: UniProt: Q8DJI1
#18: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center X protein /


分子量: 3990.795 Da / 分子数: 2
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (藍藻)
詳細: cell / : BP-1 / 参照: UniProt: Q9F1R6
#19: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein Z / / PSII-Z


分子量: 6766.187 Da / 分子数: 2
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (藍藻)
詳細: cell / : BP-1 / 参照: UniProt: Q8DHJ2
#20: タンパク質・ペプチド Photosystem II protein Y /


分子量: 3859.732 Da / 分子数: 2
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (藍藻)
詳細: cell / : BP-1 / 参照: UniProt: Q8DKM3

-
Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf

#5: タンパク質・ペプチド Cytochrome b559 subunit alpha / / PSII reaction center subunit V


分子量: 9378.566 Da / 分子数: 2
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (藍藻)
詳細: cell / : BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIP0
#6: タンパク質・ペプチド Cytochrome b559 subunit beta / / PSII reaction center subunit VI


分子量: 3868.611 Da / 分子数: 2
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (藍藻)
詳細: cell / : BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIN9

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 Vv

#16: タンパク質・ペプチド Cytochrome c-550 / Cytochrome c-549 / Cytochrome c550 / Low-potential cytochrome c


分子量: 15148.255 Da / 分子数: 2
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (藍藻)
詳細: cell / : BP-1 / 参照: UniProt: P0A386

-
非ポリマー , 15種, 2203分子

#21: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / : Fe
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (藍藻)
詳細: cell / : BP-1 /
#22: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / : Cl / 塩化物
#23: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION


分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / : CHO3 / 炭酸水素塩
#24: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A / PSII-Z


分子量: 893.489 Da / 分子数: 70 / : C55H72MgN4O5
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (藍藻)
詳細: cell / : BP-1 / Chlorophyll a
#25: 化合物
ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A


分子量: 871.200 Da / 分子数: 4 / : C55H74N4O5
#26: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE


分子量: 536.873 Da / 分子数: 22 / : C40H56 / Β-カロテン
#27: 化合物
ChemComp-PL9 / 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / PLASTOQUINONE 9


分子量: 749.201 Da / 分子数: 4 / : C53H80O2
#28: 化合物
ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL


分子量: 795.116 Da / 分子数: 8 / : C41H78O12S
#29: 化合物
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


分子量: 949.299 Da / 分子数: 10 / : C51H96O15
#30: 化合物 ChemComp-OEX / CA-MN4-O5 CLUSTER


分子量: 339.827 Da / 分子数: 2 / : CaMn4O5
#31: 化合物...
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子量: 787.158 Da / 分子数: 31
#32: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 13 / : C45H86O10
#33: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE


分子量: 722.970 Da / 分子数: 10 / : C38H75O10P
#34: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / : C34H32FeN4O4 / ヘム
#35: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2017 / : H2O /

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実験情報

-
実験

実験実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶Density Matthews: 3.37 / Density percent sol: 63.48 % / 説明: Cube-like crystals
結晶化温度: 298 K / 実験手法: batch mode / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 0.1 M NH4Cl, 35% (w/v) PEG 5000

-
データ収集

回折
ID平均測定温度Crystal IDSerial crystal experiment
12981Y
32981Y
22981Y
線源
由来タイプシンクロトロンのサイトビームラインId波長
自由電子レーザーSLAC LCLS BEAMLINE MFXSLAC LCLSMFX11.305
自由電子レーザーSLAC LCLS BEAMLINE MFXSLAC LCLSMFX31.305
自由電子レーザーSLAC LCLS BEAMLINE MFXSLAC LCLSMFX21.305
ディテクタ
タイプId詳細ディテクタCollection date
RAYONIX MX170-HS1Compound refractive lensesCCD2016-07-14
RAYONIX MX170-HS3Compound refractive lensesCCD2017-07-13
RAYONIX MX170-HS2Compound refractive lensesCCD2016-10-20
放射
IdMonochromatorDiffraction protocolMonochromatic or laue m lScattering typeWavelength ID
1noneSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3noneSINGLE WAVELENGTHMx-ray2
2noneSINGLE WAVELENGTHMx-ray3
放射波長
ID波長相対比
11.3051.0
21.3051.0
31.3051.0
反射D resolution high: 2.08 Å / D resolution low: 30.43 Å / Number obs: 472399 / CC half: .975 / NetI over sigmaI: 14.999 / Redundancy: 211.04 % / Percent possible obs: 99.96
反射シェル
最高分解能最低分解能MeanI over sigI obsCC halfDiffraction IDRedundancyPercent possible all
5.64630.43120.472.9751748.2599.21
4.4815.64660.978.978527.46100.00
3.9154.48141.333.972467.28100.00
3.5573.91522.446.954431.40100.00
3.3023.55714.396.929405.53100.00
3.1073.3028.494.879372.93100.00
2.9513.1075.249.794314.99100.00
2.8232.9513.865.698211.47100.00
2.7142.8232.959.574148.63100.00
2.6212.7142.389.436111.97100.00
2.5392.6212.001.33188.66100.00
2.4662.5391.823.24474.67100.00
2.4012.4661.470.15160.04100.00
2.3432.4011.384.09450.58100.00
2.2892.3431.218.06942.99100.00
2.2412.2891.112.02836.85100.00
2.1962.2410.987.02730.88100.00
2.1542.1960.847.02224.59100.00
2.1162.1540.661.01217.91100.00
2.0802.1160.533.01312.1199.95

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_svnrefinement
PDB_EXTRACT3.24data extraction
cctbx.xfeldata reduction
PHASERphasing
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5KAF
Overall SU ML: 0.36 / Cross valid method: THROUGHOUT / Sigma F: 1.33 / Overall phase error: 28.65
溶媒の処理Solvent shrinkage radii: 0.9 Å / Solvent vdw probe radii: 1.11 Å
原子変位パラメータB iso max: 168.34 Å2 / B iso mean: 46.9236 Å2 / B iso min: 12.81 Å2
最小二乗法精密化のプロセスR factor R free: 0.2475 / R factor R work: 0.1885 / R factor obs: 0.1891 / 最高分解能: 2.08 Å / 最低分解能: 30.427 Å / Number reflection R free: 4182 / Number reflection obs: 471189 / Percent reflection R free: 0.89 / Percent reflection obs: 99.74
精密化 #final最高分解能: 2.08 Å / 最低分解能: 30.427 Å / B iso mean ligand: 50.02 / B iso mean solvent: 42.96 / Number residues total: 5306
置いた原子数 #finalタンパク質: 41576 / 核酸: 0 / リガンド: 19173 / 溶媒: 1882 / 合計: 62631
Refine LS shell

Refine ID: X-RAY DIFFRACTION / R factor R free error: 0 / Total number of bins used: 30

最高分解能R factor R freeR factor R work最低分解能Number reflection R freeNumber reflection R workNumber reflection allPercent reflection obs
2.08000.38760.35792.1036135148021493796.0000
2.10360.36040.34792.1284132153211545399.0000
2.12840.38480.33962.1543140153961553699.0000
2.15430.36560.33872.18161361543515571100.0000
2.18160.40460.33722.21031421556515707100.0000
2.21030.33800.32062.24061421546315605100.0000
2.24060.34760.30912.27261331547015603100.0000
2.27260.36970.30392.30651361550715643100.0000
2.30650.31550.29192.34251401558315723100.0000
2.34250.35260.28112.38091421553815680100.0000
2.38090.34010.27832.42191391545415593100.0000
2.42190.32800.26392.46591361549215628100.0000
2.46590.32050.25172.51331471552115668100.0000
2.51330.31510.24262.56461331551315646100.0000
2.56460.26270.23322.62041411559115732100.0000
2.62040.31540.22252.68131411552915670100.0000
2.68130.28220.21652.74831391555915698100.0000
2.74830.27540.21122.82251391559115730100.0000
2.82250.29940.20572.90551391560615745100.0000
2.90550.29330.20162.99921391557715716100.0000
2.99920.24010.19013.10631421559115733100.0000
3.10630.23340.17453.23061381560515743100.0000
3.23060.25000.16503.37741441565515799100.0000
3.37740.23050.15893.55521391563015769100.0000
3.55520.21070.14803.77761391568915828100.0000
3.77760.19020.13754.06861411567015811100.0000
4.06860.17780.12734.47691421570115843100.0000
4.47690.18230.12595.12211391579615935100.0000
5.12210.21690.14696.44321421589616038100.0000
6.44320.19450.141730.4299145162611640699.0000

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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