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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6dhe | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | RT XFEL structure of the dark-stable state of Photosystem II (0F, S1-rich) at 2.05 Angstrom resolution | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | PHOTOSYNTHESIS (光合成) / PHOTOSYSTEMS / TRANSMEMBRANE (膜貫通型タンパク質) / ROOM TEMPERATURE (室温) / ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photosystem II assembly / photosystem II stabilization / oxygen evolving activity / photosystem II oxygen evolving complex / 光化学系II / photosystem II reaction center / photosynthetic electron transport chain / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / response to herbicide / 光化学系II ...photosystem II assembly / photosystem II stabilization / oxygen evolving activity / photosystem II oxygen evolving complex / 光化学系II / photosystem II reaction center / photosynthetic electron transport chain / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / response to herbicide / 光化学系II / extrinsic component of membrane / photosynthetic electron transport in photosystem II / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / 光合成 / respiratory electron transport chain / manganese ion binding / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Kern, J. / Chatterjee, R. / Young, I.D. / Fuller, F.D. / Lassalle, L. / Ibrahim, M. / Gul, S. / Fransson, T. / Brewster, A.S. / Alonso-Mori, R. ...Kern, J. / Chatterjee, R. / Young, I.D. / Fuller, F.D. / Lassalle, L. / Ibrahim, M. / Gul, S. / Fransson, T. / Brewster, A.S. / Alonso-Mori, R. / Hussein, R. / Zhang, M. / Douthit, L. / de Lichtenberg, C. / Cheah, M.H. / Shevela, D. / Wersig, J. / Seufert, I. / Sokaras, D. / Pastor, E. / Weninger, C. / Kroll, T. / Sierra, R.G. / Aller, P. / Butryn, A. / Orville, A.M. / Liang, M. / Batyuk, A. / Koglin, J.E. / Carbajo, S. / Boutet, S. / Moriarty, N.W. / Holton, J.M. / Dobbek, H. / Adams, P.D. / Bergmann, U. / Sauter, N.K. / Zouni, A. / Messinger, J. / Yano, J. / Yachandra, V.K. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, ドイツ, スウェーデン, 英国, 21件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2018 タイトル: Structures of the intermediates of Kok's photosynthetic water oxidation clock. 著者: Kern, J. / Chatterjee, R. / Young, I.D. / Fuller, F.D. / Lassalle, L. / Ibrahim, M. / Gul, S. / Fransson, T. / Brewster, A.S. / Alonso-Mori, R. / Hussein, R. / Zhang, M. / Douthit, L. / de ...著者: Kern, J. / Chatterjee, R. / Young, I.D. / Fuller, F.D. / Lassalle, L. / Ibrahim, M. / Gul, S. / Fransson, T. / Brewster, A.S. / Alonso-Mori, R. / Hussein, R. / Zhang, M. / Douthit, L. / de Lichtenberg, C. / Cheah, M.H. / Shevela, D. / Wersig, J. / Seuffert, I. / Sokaras, D. / Pastor, E. / Weninger, C. / Kroll, T. / Sierra, R.G. / Aller, P. / Butryn, A. / Orville, A.M. / Liang, M. / Batyuk, A. / Koglin, J.E. / Carbajo, S. / Boutet, S. / Moriarty, N.W. / Holton, J.M. / Dobbek, H. / Adams, P.D. / Bergmann, U. / Sauter, N.K. / Zouni, A. / Messinger, J. / Yano, J. / Yachandra, V.K. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6dhe.cif.gz | 2.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6dhe.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6dhe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/6dhe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/6dhe | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-Photosystem II ... , 17種, 34分子 AaBbCcDdHhIiJjKkLlMmOoTtUuYyXx...
#1: タンパク質 | 分子量: 37059.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A444, 光化学系II #2: タンパク質 | 分子量: 56096.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIQ1 #3: タンパク質 | 分子量: 49207.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIF8 #4: タンパク質 | 分子量: 38275.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8CM25, 光化学系II #7: タンパク質 | 分子量: 7227.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DJ43 #8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4195.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DJZ6 #9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3627.325 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: P59087 #10: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4101.911 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q9F1K9 #11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4299.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIN8 #12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3706.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DHA7 #13: タンパク質 | 分子量: 26651.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A431 #14: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3648.379 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIQ0 #15: タンパク質 | 分子量: 10966.317 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q9F1L5 #17: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3228.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DJI1 #18: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3990.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q9F1R6 #19: タンパク質 | 分子量: 6766.187 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DHJ2 #20: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3859.732 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DKM3 |
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-Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf
#5: タンパク質 | 分子量: 9378.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIP0 #6: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3868.611 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIN9 |
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-タンパク質 / 糖 , 2種, 12分子 Vv
#16: タンパク質 | 分子量: 15148.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A386 #29: 糖 | ChemComp-DGD / |
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-非ポリマー , 16種, 2197分子
#21: 化合物 | #22: 化合物 | ChemComp-CL / #23: 化合物 | ChemComp-CLA / #24: 化合物 | ChemComp-PHO / #25: 化合物 | ChemComp-8CT / ( #26: 化合物 | ChemComp-PL9 / #27: 化合物 | ChemComp-LMG / #28: 化合物 | ChemComp-SQD / #30: 化合物 | #31: 化合物 | ChemComp-BCR / #32: 化合物 | ChemComp-UNL / 分子量: 722.970 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 合成 #33: 化合物 | ChemComp-LHG / #34: 化合物 | #35: 化合物 | #36: 化合物 | #37: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.79 % / 解説: Cube-like crystals |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 0.1 M NH4Cl, 35% (w/v) PEG 5000 |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.05→30.55 Å / Num. obs: 497372 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 245.79 % / Biso Wilson estimate: 33.09 Å2 / CC1/2: 0.987 / Net I/σ(I): 16.581 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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Serial crystallography measurement | Focal spot size: 3 µm2 / Pulse duration: 40 fsec. / Pulse energy: 3.6 µJ / Pulse photon energy: 9.515 keV / XFEL pulse repetition rate: 10 Hz | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Serial crystallography sample delivery | 手法: fixed target | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Serial crystallography data reduction | Frames total: 157800 / Lattices indexed: 13630 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5KAF 解像度: 2.05→30.552 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.54
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 170.66 Å2 / Biso mean: 45.0801 Å2 / Biso min: 13.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.05→30.552 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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