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万見
- PDB-6ddd: Structure of the 50S ribosomal subunit from Methicillin Resistant... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ddd
タイトルStructure of the 50S ribosomal subunit from Methicillin Resistant Staphylococcus aureus in complex with the oxazolidinone antibiotic LZD-5
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 25
  • 23S rRNA23SリボソームRNA
  • 5S rRNA5SリボソームRNA
キーワードRibosome/Antibiotic / antibiotic complex (抗生物質) / linezolid (リネゾリド) / oxazolidinone / 50S / ribosome (リボソーム) / Ribosome-Antibiotic complex
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム ...large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / RNA binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L33 / Helix Hairpins - #3980 / Ribosomal protein L17 / 50s Ribosomal Protein L17; Chain: A, / Ribosomal Protein L25; Chain P / Ribosomal protein L2; domain 3 / Ribosomal protein L2, domain 3 / Ribosomal Protein L25; Chain P / Ribosomal protein L30/L7 / Ribosomal protein L16/L10 ...Ribosomal protein L33 / Helix Hairpins - #3980 / Ribosomal protein L17 / 50s Ribosomal Protein L17; Chain: A, / Ribosomal Protein L25; Chain P / Ribosomal protein L2; domain 3 / Ribosomal protein L2, domain 3 / Ribosomal Protein L25; Chain P / Ribosomal protein L30/L7 / Ribosomal protein L16/L10 / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal Protein L14 / Ribosomal protein L14/L23 / Ribosomal Protein L22; Chain A / Ribosomal Protein L30; Chain: A, / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 / Rubrerythrin, domain 2 / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / RRM (RNA recognition motif) domain / Single Sheet / Nucleic acid-binding proteins / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L33 superfamily / : / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / : / Few Secondary Structures / イレギュラー / Ribosomal protein L15, conserved site / Ribosomal protein L2, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-G6V / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 ...Chem-G6V / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL25 / 50S ribosomal protein L4 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL33B / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL30
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Belousoff, M.J. / Venugopal, H. / Bamert, R.S. / Lithgow, T.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)Program Grant 1092262 オーストラリア
引用ジャーナル: ChemMedChem / 年: 2019
タイトル: cryoEM-Guided Development of Antibiotics for Drug-Resistant Bacteria.
著者: Matthew J Belousoff / Hari Venugopal / Alexander Wright / Samuel Seoner / Isabella Stuart / Chris Stubenrauch / Rebecca S Bamert / David W Lupton / Trevor Lithgow /
要旨: While the ribosome is a common target for antibiotics, challenges with crystallography can impede the development of new bioactives using structure-based drug design approaches. In this study we ...While the ribosome is a common target for antibiotics, challenges with crystallography can impede the development of new bioactives using structure-based drug design approaches. In this study we exploit common structural features present in linezolid-resistant forms of both methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) and vancomycin-resistant Enterococcus (VRE) to redesign the antibiotic. Enabled by rapid and facile cryoEM structures, this process has identified (S)-2,2-dichloro-N-((3-(3-fluoro-4-morpholinophenyl)-2-oxooxazolidin-5-yl)methyl)acetamide (LZD-5) and (S)-2-chloro-N-((3-(3-fluoro-4-morpholinophenyl)-2-oxooxazolidin-5-yl)methyl) acetamide (LZD-6), which inhibit the ribosomal function and growth of linezolid-resistant MRSA and VRE. The strategy discussed highlights the potential for cryoEM to facilitate the development of novel bioactive materials.
履歴
登録2018年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / Other / カテゴリ: atom_sites / cell / pdbx_audit_support
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB / _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-7867
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 50S ribosomal protein L19
B: 50S ribosomal protein L2
C: 50S ribosomal protein L20
D: 50S ribosomal protein L21
E: 50S ribosomal protein L22
F: 50S ribosomal protein L23
G: 50S ribosomal protein L24
H: 50S ribosomal protein L25
I: 50S ribosomal protein L27
J: 50S ribosomal protein L28
K: 50S ribosomal protein L29
L: 50S ribosomal protein L3
M: 50S ribosomal protein L30
N: 50S ribosomal protein L32
O: 50S ribosomal protein L33
P: 50S ribosomal protein L34
Q: 50S ribosomal protein L35
R: 50S ribosomal protein L36
S: 50S ribosomal protein L4
V: 50S ribosomal protein L13
W: 50S ribosomal protein L14
X: 50S ribosomal protein L15
Y: 50S ribosomal protein L16
Z: 50S ribosomal protein L17
a: 50S ribosomal protein L18
1: 23S rRNA
2: 5S rRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,306,94428
ポリマ－1,306,53727
非ポリマー4061
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

+
50S ribosomal protein ... , 25種, 25分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSVWXYZa

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L19 /


分子量: 13392.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A077UVB6, UniProt: Q2FZ42*PLUS
#2: タンパク質 50S ribosomal protein L2 /


分子量: 30087.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: B3VKN3, UniProt: P60430*PLUS
#3: タンパク質 50S ribosomal protein L20 /


分子量: 13720.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A077VMP6, UniProt: Q2FXQ1*PLUS
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L21 /


分子量: 11354.081 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: D7URR3, UniProt: Q2FXS8*PLUS
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L22 /


分子量: 12786.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A077UKF9, UniProt: Q2FW11*PLUS
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L23 /


分子量: 10625.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: W8TUB4, UniProt: Q2FW08*PLUS
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L24 /


分子量: 11561.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: W8TRD5, UniProt: Q2FW17*PLUS
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / / General stress protein CTC


分子量: 23810.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A133Q8Z9, UniProt: P0A0F8*PLUS
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L27 /


分子量: 9198.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A077ULC5, UniProt: Q2FXT0*PLUS
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L28 /


分子量: 6995.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A077URJ8, UniProt: Q2FZ60*PLUS
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L29 /


分子量: 8105.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A077W1J5, UniProt: Q2FW14*PLUS
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L3 /


分子量: 23459.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: W8U3W0, UniProt: Q2FW06*PLUS
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L30 /


分子量: 6565.683 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: W8UVN7, UniProt: P0A0G2*PLUS
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L32 /


分子量: 6500.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A077UWR7, UniProt: Q2FZF1*PLUS
#15: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L33 /


分子量: 5885.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A077UXT4, UniProt: Q2FY22*PLUS
#16: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34 /


分子量: 6064.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: T1YD75
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L35 /


分子量: 7593.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A077UL47, UniProt: Q2FXQ0*PLUS
#18: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 /


分子量: 4318.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A077UGV8, UniProt: Q2FW29*PLUS
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L4 /


分子量: 22523.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A166DK89, UniProt: Q2FW07*PLUS
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L13 /


分子量: 16359.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: W8TUE6, UniProt: Q2FW38*PLUS
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L14 /


分子量: 13157.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A077UUA0, UniProt: Q2FW16*PLUS
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L15 /


分子量: 15628.890 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A077UGA7, UniProt: P0A0F8*PLUS
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L16 /


分子量: 16274.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A077V4G0, UniProt: Q2FW13*PLUS
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L17 /


分子量: 13771.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A077UG91, UniProt: Q2FW33*PLUS
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L18 /


分子量: 13124.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: W8TRE0, UniProt: Q2FW22*PLUS

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RNA鎖 , 2種, 2分子 12

#26: RNA鎖 23S rRNA / 23SリボソームRNA


分子量: 946696.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: GenBank: 1269117575
#27: RNA鎖 5S rRNA / 5SリボソームRNA


分子量: 36974.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: GenBank: 1333434557

-
非ポリマー , 1種, 1分子

#28: 化合物 ChemComp-G6V / 2,2-dichloro-N-({(5S)-3-[3-fluoro-4-(morpholin-4-yl)phenyl]-2-oxo-1,3-oxazolidin-5-yl}methyl)acetamide / oxazolidinone antibiotic LZD-5


分子量: 406.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H18Cl2FN3O4 / コメント: 抗生剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 50S Ribosomal subunit from MRSA in complex with oxazolidinone LZD-5リボソーム
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#27 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
120 mMHEPES1
240 mMPotassium Acetate1
310 mMAmmonium Acetate1
415 mMMagnesium Acetate1
51 mMDTT1
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 35 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998 / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 49223 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
精密化立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.008186641
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.8117130573
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.046116830
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00556250
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.200445770

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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