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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6d6u | ||||||||||||
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タイトル | Human GABA-A receptor alpha1-beta2-gamma2 subtype in complex with GABA and flumazenil, conformation A | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Ligand-gated ion channel (リガンド依存性イオンチャネル) / GABA-A receptor (GABAA受容体) / Cys-loop receptor | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 benzodiazepine receptor activity / GABA receptor complex / inhibitory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / GABA receptor activation / inner ear receptor cell development / GABA-gated chloride ion channel activity / cellular response to histamine / inhibitory synapse assembly / GABA-A receptor activity / GABA-A receptor complex ...benzodiazepine receptor activity / GABA receptor complex / inhibitory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / GABA receptor activation / inner ear receptor cell development / GABA-gated chloride ion channel activity / cellular response to histamine / inhibitory synapse assembly / GABA-A receptor activity / GABA-A receptor complex / 神経 / neurotransmitter receptor activity / postsynaptic specialization membrane / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / synaptic transmission, GABAergic / adult behavior / chloride channel activity / cochlea development / Signaling by ERBB4 / chloride channel complex / GABA-ergic synapse / regulation of postsynaptic membrane potential / chloride transmembrane transport / dendrite membrane / post-embryonic development / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / cytoplasmic vesicle membrane / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / postsynapse / neuron projection / 神経繊維 / シナプス / extracellular exosome / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.92 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Zhu, S. / Noviello, C.M. / Teng, J. / Walsh Jr, R.M. / Kim, J.J. / Hibbs, R.E. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2018 タイトル: Structure of a human synaptic GABA receptor. 著者: Shaotong Zhu / Colleen M Noviello / Jinfeng Teng / Richard M Walsh / Jeong Joo Kim / Ryan E Hibbs / 要旨: Fast inhibitory neurotransmission in the brain is principally mediated by the neurotransmitter GABA (γ-aminobutyric acid) and its synaptic target, the type A GABA receptor (GABA receptor). ...Fast inhibitory neurotransmission in the brain is principally mediated by the neurotransmitter GABA (γ-aminobutyric acid) and its synaptic target, the type A GABA receptor (GABA receptor). Dysfunction of this receptor results in neurological disorders and mental illnesses including epilepsy, anxiety and insomnia. The GABA receptor is also a prolific target for therapeutic, illicit and recreational drugs, including benzodiazepines, barbiturates, anaesthetics and ethanol. Here we present high-resolution cryo-electron microscopy structures of the human α1β2γ2 GABA receptor, the predominant isoform in the adult brain, in complex with GABA and the benzodiazepine site antagonist flumazenil, the first-line clinical treatment for benzodiazepine overdose. The receptor architecture reveals unique heteromeric interactions for this important class of inhibitory neurotransmitter receptor. This work provides a template for understanding receptor modulation by GABA and benzodiazepines, and will assist rational approaches to therapeutic targeting of this receptor for neurological disorders and mental illness. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6d6u.cif.gz | 413.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6d6u.ent.gz | 327.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6d6u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/6d6u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/6d6u | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Gamma-aminobutyric acid receptor subunit ... , 3種, 5分子 ACBDE
#1: タンパク質 | 分子量: 39521.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABRB2 / プラスミド: pEZT-BM / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / Variant (発現宿主): GnTI- / 参照: UniProt: P47870 #2: タンパク質 | 分子量: 41061.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABRA1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / Variant (発現宿主): GnTI- / 参照: UniProt: P14867 #3: タンパク質 | | 分子量: 45354.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABRG2 / プラスミド: pEZT-BM / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / Variant (発現宿主): GnTI- / 参照: UniProt: P18507 |
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-抗体 , 2種, 4分子 ILJK
#4: 抗体 | 分子量: 23505.943 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Plasmid details: From generated Hybrido / 株: BALB/c #5: 抗体 | 分子量: 49811.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/c |
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-糖 , 4種, 6分子
#6: 多糖 | #7: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #8: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #9: 糖 | |
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-非ポリマー , 3種, 15分子
#10: 化合物 | #11: 化合物 | ChemComp-Y01 / #12: 化合物 | ChemComp-FYP / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human GABA-A receptor alpha1-beta2-gamma2 subtype in complex with GABA and flumazenil, conformation A タイプ: COMPLEX 詳細: Fab fragments generated by proteolytic cleavage of IgG antibody Entity ID: #1-#5 / 由来: MULTIPLE SOURCES | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.348 MDa | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: Sample was glow discharged at 30 mA for 80 seconds using a PELCO easiGLow グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: 3 seconds blot time |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(補正後): 46730 X / 最大 デフォーカス(公称値): 4500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 90 K / 最低温度: 80 K |
撮影 | 平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 47 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 5594 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター 上限: 10 eV / エネルギーフィルター 下限: -10 eV |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1050737 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 292662 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 5 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 3.92 Å |