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- PDB-6d6q: Human nuclear exosome-MTR4 RNA complex - overall reconstruction -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d6q
タイトルHuman nuclear exosome-MTR4 RNA complex - overall reconstruction
要素
  • (Exosome complex component ...エキソソーム複合体) x 9
  • DNA/RNA (62-MER)
  • Exosome RNA helicase MTR4
  • Exosome complex exonuclease RRP44
  • Exosome component 10
  • M-phase phosphoprotein 6
  • RNA (5'-R(*AP*GP*CP*AP*CP*CP*GP*UP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*GP*C)-3')
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / RNA exosome / RNA degradation / ribonuclease (リボヌクレアーゼ) / helicase (ヘリカーゼ) / SF2 / RNA-protein complex / translocase / nuclear
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA deamination / nucleolar exosome (RNase complex) / snRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent antisense transcript catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snoRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snRNA catabolic process / TRAMP complex / U1 snRNA 3'-end processing / positive regulation of mRNA cis splicing, via spliceosome / nuclear polyadenylation-dependent CUT catabolic process ...DNA deamination / nucleolar exosome (RNase complex) / snRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent antisense transcript catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snoRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snRNA catabolic process / TRAMP complex / U1 snRNA 3'-end processing / positive regulation of mRNA cis splicing, via spliceosome / nuclear polyadenylation-dependent CUT catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / U5 snRNA 3'-end processing / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / cytoplasmic exosome (RNase complex) / TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway / CUT catabolic process / U4 snRNA 3'-end processing / regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process / RNA exonuclease activity / : / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / exosome (RNase complex) / nuclear exosome (RNase complex) / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / : / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / rRNA catabolic process / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / positive regulation of isotype switching / histone mRNA catabolic process / nuclear mRNA surveillance / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / 7S RNA binding / クラススイッチ / telomerase RNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / RNA catabolic process / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / maturation of 5.8S rRNA / nuclear chromosome / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / 転写後修飾 / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / small-subunit processome / guanyl-nucleotide exchange factor activity / ユークロマチン / ribosomal small subunit biogenesis / mRNA splicing, via spliceosome / 核小体 / rRNA processing / 染色体 / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / positive regulation of cell growth / defense response to virus / endonuclease activity / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / RNA helicase activity / single-stranded RNA binding / ヘリカーゼ / nuclear speck / 免疫応答 / nucleotide binding / DNA修復 / intracellular membrane-bounded organelle / DNA damage response / 核小体 / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / 核質 / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Exosome complex component Rrp43 / : / Mammalian exosome complex component RRP40, N-terminal / M-phase phosphoprotein 6 / M-phase phosphoprotein 6 / Exosome complex exonuclease RRP44, S1 domain / S1 domain / RRP4, S1 domain / Exosome complex component RRP45 / Rrp40, S1 domain ...Exosome complex component Rrp43 / : / Mammalian exosome complex component RRP40, N-terminal / M-phase phosphoprotein 6 / M-phase phosphoprotein 6 / Exosome complex exonuclease RRP44, S1 domain / S1 domain / RRP4, S1 domain / Exosome complex component RRP45 / Rrp40, S1 domain / : / : / Exosome complex component RRP40, S1 domain / Exosome-associated factor Rrp6, N-terminal / Exosome complex component CSL4, C-terminal / Exosome complex component, N-terminal domain / Exosome complex component Csl4 / Exosome complex exonuclease Rrp6-like / PMC2NT (NUC016) domain / Exosome component EXOSC1/CSL4 / Exosome complex exonuclease RRP4 N-terminal region / PIN domain / : / Exosome complex RNA-binding protein 1/RRP40/RRP4 / KHドメイン / Rrp44-like cold shock domain / Rrp44-like cold shock domain / Dis3-like cold-shock domain 2 / Dis3-like cold-shock domain 2 (CSD2) / rRNA-processing arch domain / Mtr4-like, beta-barrel domain / GHMP Kinase, N-terminal domain / Ribonuclease II/R, conserved site / Ribonuclease II family signature. / Ribonuclease II/R / RNB domain / RNB / : / Exosome RNA helicase MTR4-like, stalk / ATP-dependent RNA helicase Ski2, C-terminal / ATP-dependent RNA helicase Ski2-like / DSHCT (NUC185) domain / DSHCT / Helicase and RNase D C-terminal / HRDC domain / HRDC domain / HRDC domain profile. / K Homology domain, type 1 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / 3' exoribonuclease family, domain 2 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily / 3' exoribonuclease family, domain 1 / HRDC domain superfamily / 3'-5' exonuclease / Large family of predicted nucleotide-binding domains / PIN domain / K Homology domain, type 1 / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / K Homology domain, type 1 superfamily / PIN-like domain superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 / HRDC-like superfamily / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 domain / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Nucleic acid-binding proteins / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold / Βバレル / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10) / リボ核酸 / RNA (> 10) / Exosome RNA helicase MTR4 / Exosome complex component 10 / Exosome complex component RRP45 / Exosome complex component RRP4 / Exosome complex component RRP42 ...PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10) / リボ核酸 / RNA (> 10) / Exosome RNA helicase MTR4 / Exosome complex component 10 / Exosome complex component RRP45 / Exosome complex component RRP4 / Exosome complex component RRP42 / Exosome complex component MTR3 / Exosome complex component RRP43 / M-phase phosphoprotein 6 / Exosome complex component RRP41 / Exosome complex component RRP46 / Exosome complex component RRP40 / Exosome complex exonuclease RRP44 / Exosome complex component CSL4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Weick, E.-M. / Lima, C.D.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118080 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: Helicase-Dependent RNA Decay Illuminated by a Cryo-EM Structure of a Human Nuclear RNA Exosome-MTR4 Complex.
著者: Eva-Maria Weick / M Rhyan Puno / Kurt Januszyk / John C Zinder / Michael A DiMattia / Christopher D Lima /
要旨: The ribonucleolytic RNA exosome interacts with RNA helicases to degrade RNA. To understand how the 3' to 5' Mtr4 helicase engages RNA and the nuclear exosome, we reconstituted 14-subunit Mtr4- ...The ribonucleolytic RNA exosome interacts with RNA helicases to degrade RNA. To understand how the 3' to 5' Mtr4 helicase engages RNA and the nuclear exosome, we reconstituted 14-subunit Mtr4-containing RNA exosomes from Saccharomyces cerevisiae, Schizosaccharomyces pombe, and human and show that they unwind structured substrates to promote degradation. We loaded a human exosome with an optimized DNA-RNA chimera that stalls MTR4 during unwinding and determined its structure to an overall resolution of 3.45 Å by cryoelectron microscopy (cryo-EM). The structure reveals an RNA-engaged helicase atop the non-catalytic core, with RNA captured within the central channel and DIS3 exoribonuclease active site. MPP6 tethers MTR4 to the exosome through contacts to the RecA domains of MTR4. EXOSC10 remains bound to the core, but its catalytic module and cofactor C1D are displaced by RNA-engaged MTR4. Competition for the exosome core may ensure that RNA is committed to degradation by DIS3 when engaged by MTR4.
履歴
登録2018年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-7808
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exosome complex component RRP45
B: Exosome complex component RRP41
C: Exosome complex component RRP43
D: Exosome complex component RRP46
E: Exosome complex component RRP42
F: Exosome complex component MTR3
G: Exosome complex component RRP40
H: Exosome complex component RRP4
I: Exosome complex component CSL4
J: Exosome component 10
K: Exosome complex exonuclease RRP44
L: M-phase phosphoprotein 6
M: Exosome RNA helicase MTR4
N: RNA (5'-R(*AP*GP*CP*AP*CP*CP*GP*UP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*GP*C)-3')
O: DNA/RNA (62-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)639,17918
ポリマ－638,58315
非ポリマー5963
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, monodisperse peak included all fourteen subunits plus the unwound subtrate
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area58270 Å2
ΔGint-249 kcal/mol
Surface area171380 Å2

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要素

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Exosome complex component ... , 9種, 9分子 ABCDEFGHI

#1: タンパク質 Exosome complex component RRP45 / エキソソーム複合体 / EXOSC9 / Autoantigen PM/Scl 1 / Exosome component 9 / P75 polymyositis-scleroderma overlap syndrome- ...EXOSC9 / Autoantigen PM/Scl 1 / Exosome component 9 / P75 polymyositis-scleroderma overlap syndrome-associated autoantigen / Polymyositis/scleroderma autoantigen 1 / Polymyositis/scleroderma autoantigen 75 kDa / PM/Scl-75


分子量: 52828.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EXOSC9, PMSCL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06265
#2: タンパク質 Exosome complex component RRP41 / エキソソーム複合体 / EXOSC4 / Exosome component 4 / Ribosomal RNA-processing protein 41 / p12A


分子量: 26831.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EXOSC4, RRP41, SKI6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NPD3
#3: タンパク質 Exosome complex component RRP43 / エキソソーム複合体 / EXOSC8 / Exosome component 8 / Opa-interacting protein 2 / OIP-2 / Ribosomal RNA-processing protein 43 / p9


分子量: 30285.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EXOSC8, OIP2, RRP43 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96B26
#4: タンパク質 Exosome complex component RRP46 / エキソソーム複合体 / EXOSC5 / Chronic myelogenous leukemia tumor antigen 28 / Exosome component 5 / Ribosomal RNA- ...EXOSC5 / Chronic myelogenous leukemia tumor antigen 28 / Exosome component 5 / Ribosomal RNA-processing protein 46 / p12B


分子量: 25480.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EXOSC5, CML28, RRP46 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NQT4
#5: タンパク質 Exosome complex component RRP42 / エキソソーム複合体 / EXOSC7 / Exosome component 7 / Ribosomal RNA-processing protein 42 / p8


分子量: 32072.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EXOSC7, KIAA0116, RRP42 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15024
#6: タンパク質 Exosome complex component MTR3 / エキソソーム複合体 / EXOSC6 / Exosome component 6 / mRNA transport regulator 3 homolog / hMtr3 / p11


分子量: 28267.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EXOSC6, MTR3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5RKV6
#7: タンパク質 Exosome complex component RRP40 / エキソソーム複合体 / EXOSC3 / Exosome component 3 / Ribosomal RNA-processing protein 40 / p10


分子量: 29796.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EXOSC3, RRP40, CGI-102 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NQT5
#8: タンパク質 Exosome complex component RRP4 / エキソソーム複合体 / EXOSC2 / Exosome component 2 / Ribosomal RNA-processing protein 4


分子量: 33184.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EXOSC2, RRP4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13868
#9: タンパク質 Exosome complex component CSL4 / エキソソーム複合体 / EXOSC1 / Exosome component 1


分子量: 21690.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EXOSC1, CSL4, CGI-108 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y3B2

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タンパク質 , 4種, 4分子 JKLM

#10: タンパク質 Exosome component 10 / / EXOSC10 / Autoantigen PM/Scl 2 / P100 polymyositis-scleroderma overlap syndrome-associated ...EXOSC10 / Autoantigen PM/Scl 2 / P100 polymyositis-scleroderma overlap syndrome-associated autoantigen / Polymyositis/scleroderma autoantigen 100 kDa / PM/Scl-100 / Polymyositis/scleroderma autoantigen 2


分子量: 86754.859 Da / 分子数: 1 / Mutation: D313N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EXOSC10, PMSCL, PMSCL2, RRP6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q01780, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#11: タンパク質 Exosome complex exonuclease RRP44 / DIS3 / Protein DIS3 homolog / Ribosomal RNA-processing protein 44


分子量: 109267.930 Da / 分子数: 1 / Mutation: D146N, D487N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DIS3, KIAA1008, RRP44 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Y2L1, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; ...参照: UniProt: Q9Y2L1, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#12: タンパク質 M-phase phosphoprotein 6 / MPP6 / MPHOSPH6


分子量: 19267.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MPHOSPH6, MPP6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99547
#13: タンパク質 Exosome RNA helicase MTR4 / MTR4 / MTREX / ATP-dependent RNA helicase DOB1 / ATP-dependent RNA helicase SKIV2L2 / Superkiller ...MTR4 / MTREX / ATP-dependent RNA helicase DOB1 / ATP-dependent RNA helicase SKIV2L2 / Superkiller viralicidic activity 2-like 2 / TRAMP-like complex helicase


分子量: 118224.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MTREX, DOB1, KIAA0052, MTR4, SKIV2L2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42285, ヘリカーゼ

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RNA鎖 / DNA/RNAハイブリッド , 2種, 2分子 NO

#14: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*GP*CP*AP*CP*CP*GP*UP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*GP*C)-3')


分子量: 5143.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#15: DNA/RNAハイブリッド DNA/RNA (62-MER)


分子量: 19487.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 3種, 3分子

#16: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#17: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#18: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human nuclear exosome-MTR4 helicase captured after unwinding a DNA/RNA substrate
タイプ: COMPLEX
詳細: Human C1D/Rrp47 also in the sample, but was not observed in density
Entity ID: #1-#15 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.69 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタン1
2100 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
30.5 mMmagnesium chlorideMgCl21
42 mMAMPPNP1
51 mMBME1
60.05 %ChapsoCHAPS detergent1
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Sample was monodisperse upon elution from gel filtration prior to vitrification.
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 凍結前の試料温度: 298 K / 詳細: 30 sec wait time, 2.5 sec blot time

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 85.23 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 1439
画像スキャン動画フレーム数/画像: 50

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2Leginon3.2画像取得
4Gctf1.06CTF補正determine
5RELION2.1.b1CTF補正apply
8PHENIX1.13-2998モデルフィッティング
10PHENIX1.13-2998モデル精密化
11cryoSPARC0.6.1初期オイラー角割当from 0.6.1 to 0.6.5
12RELION2.1b1最終オイラー角割当
13RELION2.1b1分類
14RELION2.1b1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 278185
3次元再構成解像度: 3.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 122703
詳細: Focused refinements with five strategies required to achieve final model
クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 73.6 / プロトコル: BACKBONE TRACE / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
詳細: Models were rebuilt manually using Coot, with real space refinement with local scaling followed by Phenix real space refinement with suboptimal global scaling.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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