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- PDB-6cx0: Structure of AtTPC1 D376A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cx0
タイトルStructure of AtTPC1 D376A
要素Two pore calcium channel protein 1
キーワードmembrane protein/inhibitor (生体膜) / Ion channel (イオンチャネル) / Two-pore channel / TPC1 / resting-state / closed / inactive / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / membrane protein-inhibitor complex (生体膜)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of jasmonic acid biosynthetic process / 発芽 / regulation of stomatal movement / plant-type vacuole / 液胞 / vacuolar membrane / monoatomic ion channel complex / voltage-gated calcium channel activity / calcium-mediated signaling / calcium ion transport ...regulation of jasmonic acid biosynthetic process / 発芽 / regulation of stomatal movement / plant-type vacuole / 液胞 / vacuolar membrane / monoatomic ion channel complex / voltage-gated calcium channel activity / calcium-mediated signaling / calcium ion transport / calcium ion binding / ゴルジ体 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Two pore calcium channel protein 1, plant / Voltage-dependent channel domain superfamily / EF-hand, calcium binding motif / EF-hand calcium-binding domain profile. / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FJ7 / Two pore calcium channel protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.501 Å
データ登録者Kintzer, A.F. / Stroud, R.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM24485 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018
タイトル: Structural basis for activation of voltage sensor domains in an ion channel TPC1.
著者: Alexander F Kintzer / Evan M Green / Pawel K Dominik / Michael Bridges / Jean-Paul Armache / Dawid Deneka / Sangwoo S Kim / Wayne Hubbell / Anthony A Kossiakoff / Yifan Cheng / Robert M Stroud /
要旨: Voltage-sensing domains (VSDs) couple changes in transmembrane electrical potential to conformational changes that regulate ion conductance through a central channel. Positively charged amino acids ...Voltage-sensing domains (VSDs) couple changes in transmembrane electrical potential to conformational changes that regulate ion conductance through a central channel. Positively charged amino acids inside each sensor cooperatively respond to changes in voltage. Our previous structure of a TPC1 channel captured an example of a resting-state VSD in an intact ion channel. To generate an activated-state VSD in the same channel we removed the luminal inhibitory Ca-binding site (Ca), which shifts voltage-dependent opening to more negative voltage and activation at 0 mV. Cryo-EM reveals two coexisting structures of the VSD, an intermediate state 1 that partially closes access to the cytoplasmic side but remains occluded on the luminal side and an intermediate activated state 2 in which the cytoplasmic solvent access to the gating charges closes, while luminal access partially opens. Activation can be thought of as moving a hydrophobic insulating region of the VSD from the external side to an alternate grouping on the internal side. This effectively moves the gating charges from the inside potential to that of the outside. Activation also requires binding of Ca to a cytoplasmic site (Ca). An X-ray structure with Ca removed and a near-atomic resolution cryo-EM structure with Ca removed define how dramatic conformational changes in the cytoplasmic domains may communicate with the VSD during activation. Together four structures provide a basis for understanding the voltage-dependent transition from resting to activated state, the tuning of VSD by thermodynamic stability, and this channel's requirement of cytoplasmic Ca ions for activation.
履歴
登録2018年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Two pore calcium channel protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,0257
ポリマ－84,3101
非ポリマー7156
水0
1
A: Two pore calcium channel protein 1
ヘテロ分子

A: Two pore calcium channel protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,05014
ポリマ－168,6202
非ポリマー1,43012
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area8700 Å2
ΔGint-191 kcal/mol
Surface area65630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.470, 154.420, 218.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Two pore calcium channel protein 1 / Calcium channel protein 1 / AtCCH1 / Fatty acid oxygenation up-regulated protein 2 / Voltage- ...Calcium channel protein 1 / AtCCH1 / Fatty acid oxygenation up-regulated protein 2 / Voltage-dependent calcium channel protein TPC1 / AtTPC1


分子量: 84310.234 Da / 分子数: 1 / 変異: D376A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: TPC1, CCH1, FOU2, At4g03560, F9H3.19, T5L23.5 / プラスミド: p423Gal1 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): DSY5 / Variant (発現宿主): -HIS / 参照: UniProt: Q94KI8
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-FJ7 / (1S,3R)-1-(3-{[4-(2-fluorophenyl)piperazin-1-yl]methyl}-4-methoxyphenyl)-2,3,4,9-tetrahydro-1H-beta-carboline-3-carboxylic acid


分子量: 514.591 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C30H31FN4O3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.2 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.3
詳細: Sitting drop 2microliter drops crystchem 0.1 M glycine, pH 9.3, 50 mM potassium chloride, 1 mM calcium chloride, 35% PEG300

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→30 Å / Num. obs: 19231 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.6 % / Rrim(I) all: 0.239 / Net I/σ(I): 8.08
反射 シェル解像度: 3.5→4 Å / Num. unique obs: 6273 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DQQ

5dqq


解像度: 3.501→41 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 51.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3519 444 4.96 %
Rwork0.3184 --
obs0.3199 8953 46.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.501→41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5049 0 43 0 5092
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035218
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6877098
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8733005
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04810
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005867
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5009-4.00710.4289230.3796460X-RAY DIFFRACTION8
4.0071-5.0470.36451120.32442270X-RAY DIFFRACTION38
5.047-41.0030.34723090.31525779X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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