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万見
- PDB-6cju: Structure of the SthK cyclic nucleotide-gated potassium channel i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cju
タイトルStructure of the SthK cyclic nucleotide-gated potassium channel in complex with cAMP
要素SthK cyclic nucleotide-gated potassium channel
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / ion channel (イオンチャネル) / lipid (脂質) / tetramer (四量体) / cAMP (CAMP)
機能・相同性
機能・相同性情報


Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Potassium channel domain / イオンチャネル / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / Chem-PGW / Transcriptional regulator, Crp/Fnr family
類似検索 - 構成要素
生物種Spirochaeta thermophila (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Nimigean, C.M. / Rheinberger, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM124451-01 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Ligand discrimination and gating in cyclic nucleotide-gated ion channels from apo and partial agonist-bound cryo-EM structures.
著者: Jan Rheinberger / Xiaolong Gao / Philipp Am Schmidpeter / Crina M Nimigean /
要旨: Cyclic nucleotide-modulated channels have important roles in visual signal transduction and pacemaking. Binding of cyclic nucleotides (cAMP/cGMP) elicits diverse functional responses in different ...Cyclic nucleotide-modulated channels have important roles in visual signal transduction and pacemaking. Binding of cyclic nucleotides (cAMP/cGMP) elicits diverse functional responses in different channels within the family despite their high sequence and structure homology. The molecular mechanisms responsible for ligand discrimination and gating are unknown due to lack of correspondence between structural information and functional states. Using single particle cryo-electron microscopy and single-channel recording, we assigned functional states to high-resolution structures of SthK, a prokaryotic cyclic nucleotide-gated channel. The structures for apo, cAMP-bound, and cGMP-bound SthK in lipid nanodiscs, correspond to no, moderate, and low single-channel activity, respectively, consistent with the observation that all structures are in resting, closed states. The similarity between apo and ligand-bound structures indicates that ligand-binding domains are strongly coupled to pore and SthK gates in an allosteric, concerted fashion. The different orientations of cAMP and cGMP in the 'resting' and 'activated' structures suggest a mechanism for ligand discrimination.
履歴
登録2018年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / Other / カテゴリ: atom_sites / cell / pdbx_audit_support
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-7484
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SthK cyclic nucleotide-gated potassium channel
B: SthK cyclic nucleotide-gated potassium channel
C: SthK cyclic nucleotide-gated potassium channel
D: SthK cyclic nucleotide-gated potassium channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,75940
ポリマ－204,4744
非ポリマー25,28536
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: cross-linking, gel filtration microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area41380 Å2
ΔGint-208 kcal/mol
Surface area72160 Å2

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要素

#1: タンパク質
SthK cyclic nucleotide-gated potassium channel


分子量: 51118.574 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Spirochaeta thermophila (バクテリア)
株: ATCC 700085 / DSM 6578 / Z-1203 / 遺伝子: Spith_0644 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0GA88
#2: 化合物
ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP / cAMP / 環状アデノシン一リン酸


分子量: 329.206 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O6P
#3: 化合物...
ChemComp-PGW / (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Palmitoyl-2-Oleoyl-sn-Glycero-3-[Phospho-(1-glycerol)] / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / POPG / Phosphatidylglycerol


分子量: 749.007 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77O10P / コメント: リン脂質*YM

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Structure of the SthK cyclic nucleotide-gated potassium channel in complex with cAMP
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Spirochaeta thermophila DSM 6578 (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 72 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C4 (4回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 81501 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.35 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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