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万見
- PDB-6cge: Crystal structure of human 17beta-HSD type 1 in ternary complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cge
タイトルCrystal structure of human 17beta-HSD type 1 in ternary complex with PBRM and NADP+
要素Estradiol 17-beta-dehydrogenase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Inhibitor / Complex / Hydroxysteroid Dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


estradiol binding / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / estrogen biosynthetic process / testosterone dehydrogenase [NAD(P)] activity / cellular response to metal ion / Estrogen biosynthesis / dihydrotestosterone 17-beta-dehydrogenase activity / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / testosterone biosynthetic process ...estradiol binding / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / estrogen biosynthetic process / testosterone dehydrogenase [NAD(P)] activity / cellular response to metal ion / Estrogen biosynthesis / dihydrotestosterone 17-beta-dehydrogenase activity / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / testosterone biosynthetic process / testosterone 17-beta-dehydrogenase (NADP+) activity / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)] activity / steroid biosynthetic process / estrogen metabolic process / NADP+ binding / lysosome organization / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / small molecule binding / adipose tissue development / catalytic activity / skeletal muscle tissue development / steroid binding / 骨 / 遺伝子発現 / NADP binding / protein homodimerization activity / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
17beta-dehydrogenase / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-F0D / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Li, T. / Lin, S.X.
引用ジャーナル: J Phys Chem Lett / 年: 2018
タイトル: Combined Biophysical Chemistry Reveals a New Covalent Inhibitor with a Low-Reactivity Alkyl Halide.
著者: Li, T. / Maltais, R. / Poirier, D. / Lin, S.X.
履歴
登録2018年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estradiol 17-beta-dehydrogenase 1
B: Estradiol 17-beta-dehydrogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,4586
ポリマ－69,9782
非ポリマー2,4804
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7060 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area21290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.820, 108.940, 116.360
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Estradiol 17-beta-dehydrogenase 1 / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 1 / 17-beta-HSD 1 / 20 alpha-hydroxysteroid dehydrogenase ...17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 1 / 17-beta-HSD 1 / 20 alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / 20-alpha-HSD / E2DH / Placental 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase / Short chain dehydrogenase/reductase family 28C member 1


分子量: 34989.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: HSD17B1, E17KSR, EDH17B1, EDH17B2, EDHB17, SDR28C1
細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P14061, 17beta-estradiol 17-dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-F0D / 3-{[(14beta,16alpha,17alpha)-3-(2-bromoethyl)-17-hydroxyestra-1,3,5(10)-trien-16-yl]methyl}benzamide / 16β-[3-(アミノカルボニル)ベンジル]-3-(2-ブロモエチル)エストラン-1(10),2,4-トリエン-17β(以下略)


分子量: 496.479 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H34BrNO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.57 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: PEG 8000, potassium phosphate monobasic / PH範囲: 7.5-7.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月8日
放射モノクロメーター: Kohzu HLD-4 Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→24.67 Å / Num. obs: 28372 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.5 % / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.108 / Rsym value: 0.099 / Net I/av σ(I): 5.5 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
2.2-2.326.10.4771.640060.2080.5210.47798.1
2.32-2.466.20.3762.138260.1630.410.37699.3
2.46-2.636.30.2812.736560.120.3060.28199.9
2.63-2.846.60.1884.134350.0790.2040.188100
2.84-3.116.80.1365.431260.0560.1470.136100
3.11-3.486.90.1085.728670.0440.1170.108100
3.48-4.026.90.101625610.0410.1090.101100
4.02-4.926.80.0738.121690.030.0790.073100
4.92-6.966.70.04212.917440.0180.0460.042100
6.96-24.6666.10.02921.89820.0130.0310.02996.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.589
最高解像度最低解像度
Rotation24.67 Å2.37 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLM7.2.0データ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
MOLREP11.4.05位相決定
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JTV

1jtv


解像度: 2.2→24.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 9.442 / SU ML: 0.228 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.344 / ESU R Free: 0.275
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3026 1459 5.2 %RANDOM
Rwork0.2228 ---
obs0.2266 26858 99.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 113.27 Å2 / Biso mean: 47.099 Å2 / Biso min: 19.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.39 Å2-0 Å2-0 Å2
2---3.48 Å20 Å2
3---2.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→24.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4247 0 124 27 4398
Biso mean--58.01 30.49 -
残基数----556
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0194462
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024329
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6632.026076
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.00639918
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5635552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.75122.235179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.0115717
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4851544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2710
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214930
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021014
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 108 -
Rwork0.309 1907 -
all-2015 -
obs--96.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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