+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ccv | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of a Mycobacterium smegmatis RNA polymerase transcription initiation complex with inhibitor Rifampicin | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / DNA-directed RNA polymerase tuberculosis inhibitor antibiotic transcription initiation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / protein dimerization activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription ...bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / protein dimerization activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium smegmatis (バクテリア) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å | ||||||
データ登録者 | Lilic, M. / Darst, S.A. / Campbell, E.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: Rifamycin congeners kanglemycins are active against rifampicin-resistant bacteria via a distinct mechanism. 著者: Peek, J. / Lilic, M. / Montiel, D. / Milshteyn, A. / Woodworth, I. / Biggins, J.B. / Ternei, M.A. / Calle, P.Y. / Danziger, M. / Warrier, T. / Saito, K. / Braffman, N. / Fay, A. / Glickman, M. ...著者: Peek, J. / Lilic, M. / Montiel, D. / Milshteyn, A. / Woodworth, I. / Biggins, J.B. / Ternei, M.A. / Calle, P.Y. / Danziger, M. / Warrier, T. / Saito, K. / Braffman, N. / Fay, A. / Glickman, M.S. / Darst, S.A. / Campbell, E.A. / Brady, S.F. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ccv.cif.gz | 708.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6ccv.ent.gz | 548.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ccv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/6ccv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/6ccv | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 6分子 ABTCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 37959.441 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSL8, ポリメラーゼ #2: タンパク質 | | 分子量: 128680.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: P60281, ポリメラーゼ #3: タンパク質 | | 分子量: 146712.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QS66, ポリメラーゼ #4: タンパク質 | | 分子量: 11544.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QWT1, ポリメラーゼ |
---|
-タンパク質 , 2種, 2分子 FJ
#5: タンパク質 | 分子量: 51573.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: sigA, MSMEG_2758 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QW02 |
---|---|
#7: タンパク質 | 分子量: 13078.731 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: rbpA, MSMEG_3858, MSMEI_3768 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QZ11 |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 G
#6: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1464.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
---|
-DNA鎖 , 2種, 2分子 OP
#8: DNA鎖 | 分子量: 9565.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
---|---|
#9: DNA鎖 | 分子量: 7930.155 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 6種, 39分子
#10: 化合物 | ChemComp-SO4 / #11: 化合物 | ChemComp-EDO / #12: 化合物 | ChemComp-RFP / | #13: 化合物 | #14: 化合物 | ChemComp-GLU / | #15: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.31 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 6.0, 0.2 M LiSO4, 16% (w/v) polyetheylene glycol 3350, 2.5% (v/v) ethylene glycol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97992 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97992 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.05→55 Å / Num. obs: 106159 / % possible obs: 97.95 % / 冗長度: 7.4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1518 / Rpim(I) all: 0.05852 / Net I/σ(I): 13.86 |
反射 シェル | 解像度: 3.05→3.16 Å / Rmerge(I) obs: 2.285 / Num. unique obs: 55184 / CC1/2: 0.503 / Rpim(I) all: 1.026 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5TW1 解像度: 3.05→57.119 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.66 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.05→57.119 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|