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万見
- PDB-6c9r: Mycobacterium tuberculosis adenosine kinase bound to (2R,3S,4R,5R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c9r
タイトルMycobacterium tuberculosis adenosine kinase bound to (2R,3S,4R,5R)-2-(hydroxymethyl)-5-(6-(thiophen-3-yl)-9H-purin-9-yl)tetrahydrofuran-3,4-diol
要素Adenosine kinase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Nucleoside analog / Complex / Inhibitor / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


adenosine kinase / adenosine kinase activity / dGTP binding / AMP salvage / purine ribonucleoside salvage / リン酸化 / GTP binding / magnesium ion binding / ATP binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
pfkB family of carbohydrate kinases signature 1. / Carbohydrate/purine kinase, PfkB, conserved site / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / リボキナーゼ / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ERJ / Adenosine kinase / Adenosine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Crespo, R.A. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1024055 米国
Welch FoundationA-0015 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01A1095208 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structure-Guided Drug Design of 6-Substituted Adenosine Analogues as Potent Inhibitors of Mycobacterium tuberculosis Adenosine Kinase.
著者: Crespo, R.A. / Dang, Q. / Zhou, N.E. / Guthrie, L.M. / Snavely, T.C. / Dong, W. / Loesch, K.A. / Suzuki, T. / You, L. / Wang, W. / O'Malley, T. / Parish, T. / Olsen, D.B. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2018年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosine kinase
B: Adenosine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,4379
ポリマ－71,9612
非ポリマー1,4757
水4,972276
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Sedimentation coefficient
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3290 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area27160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.236, 81.984, 158.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Adenosine kinase / / AK


分子量: 35980.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: adoK, cbhK, MRA_2218 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A5U4N0, UniProt: P9WID5*PLUS, adenosine kinase
#2: 化合物
ChemComp-ERJ / 9-beta-D-ribofuranosyl-6-(thiophen-3-yl)-9H-purine


分子量: 334.350 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H14N4O4S
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.64 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 5.0 M sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月25日
放射モノクロメーター: double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.102→44.38 Å / Num. obs: 57583 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.05875 / Net I/σ(I): 11.89
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.3148 / Mean I/σ(I) obs: 3.43 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2PKM

2pkm


解像度: 2.1→44.38 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.62
Rfactor反射数%反射
Rfree0.204 2942 5.11 %
Rwork0.181 --
obs0.182 57558 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→44.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5058 0 82 276 5416
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085245
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7817135
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2773022
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051814
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005924
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1024-2.13690.23791290.21682443X-RAY DIFFRACTION96
2.1369-2.17370.2511360.19642560X-RAY DIFFRACTION100
2.1737-2.21330.23361180.19562602X-RAY DIFFRACTION100
2.2133-2.25580.25641330.19712580X-RAY DIFFRACTION100
2.2558-2.30190.2491370.20182555X-RAY DIFFRACTION100
2.3019-2.35190.27651460.1952588X-RAY DIFFRACTION100
2.3519-2.40660.20271340.1912564X-RAY DIFFRACTION100
2.4066-2.46680.22831510.18792572X-RAY DIFFRACTION100
2.4668-2.53350.21771460.18572574X-RAY DIFFRACTION100
2.5335-2.60810.20721430.18742573X-RAY DIFFRACTION100
2.6081-2.69220.23061450.19522584X-RAY DIFFRACTION100
2.6922-2.78840.21771440.19532600X-RAY DIFFRACTION100
2.7884-2.90010.21561540.20162563X-RAY DIFFRACTION100
2.9001-3.0320.23031510.20012605X-RAY DIFFRACTION100
3.032-3.19180.23551390.19442595X-RAY DIFFRACTION100
3.1918-3.39180.20611460.1862620X-RAY DIFFRACTION100
3.3918-3.65350.20481420.16762610X-RAY DIFFRACTION100
3.6535-4.0210.17451110.15272668X-RAY DIFFRACTION100
4.021-4.60240.1611420.14042658X-RAY DIFFRACTION100
4.6024-5.79660.15541390.15952703X-RAY DIFFRACTION100
5.7966-45.41790.21081560.21082799X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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