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万見
- PDB-6c9i: Single-Particle reconstruction of DARP14 - A designed protein sca... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c9i
タイトルSingle-Particle reconstruction of DARP14 - A designed protein scaffold displaying ~17kDa DARPin proteins - Scaffold
要素
  • DARP14 - Subunit A with DARPin
  • DARP14 - Subunit B
キーワードDE NOVO PROTEIN (De novo) / Designed Complex (デザイン) / DARPin / Scaffold (足場) / Single-Particle Cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate delta-isomerase activity / : / transferase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase / 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase / Hypothetical Protein Ta1238; Chain: A; / Cobalamin adenosyltransferase-like / Cobalamin adenosyltransferase-like / Corrinoid adenosyltransferase, PduO-type / Cobalamin adenosyltransferase / Cobalamin adenosyltransferase-like superfamily / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor ...5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase / 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase / Hypothetical Protein Ta1238; Chain: A; / Cobalamin adenosyltransferase-like / Cobalamin adenosyltransferase-like / Corrinoid adenosyltransferase, PduO-type / Cobalamin adenosyltransferase / Cobalamin adenosyltransferase-like superfamily / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cobalamin adenosyltransferase-like domain-containing protein / 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.09 Å
データ登録者Gonen, S. / Liu, Y. / Yeates, T.O. / Gonen, T.
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018
タイトル: Near-atomic cryo-EM imaging of a small protein displayed on a designed scaffolding system.
著者: Yuxi Liu / Shane Gonen / Tamir Gonen / Todd O Yeates /
要旨: Current single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) techniques can produce images of large protein assemblies and macromolecular complexes at atomic level detail without the need for crystal ...Current single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) techniques can produce images of large protein assemblies and macromolecular complexes at atomic level detail without the need for crystal growth. However, proteins of smaller size, typical of those found throughout the cell, are not presently amenable to detailed structural elucidation by cryo-EM. Here we use protein design to create a modular, symmetrical scaffolding system to make protein molecules of typical size suitable for cryo-EM. Using a rigid continuous alpha helical linker, we connect a small 17-kDa protein (DARPin) to a protein subunit that was designed to self-assemble into a cage with cubic symmetry. We show that the resulting construct is amenable to structural analysis by single-particle cryo-EM, allowing us to identify and solve the structure of the attached small protein at near-atomic detail, ranging from 3.5- to 5-Å resolution. The result demonstrates that proteins considerably smaller than the theoretical limit of 50 kDa for cryo-EM can be visualized clearly when arrayed in a rigid fashion on a symmetric designed protein scaffold. Furthermore, because the amino acid sequence of a DARPin can be chosen to confer tight binding to various other protein or nucleic acid molecules, the system provides a future route for imaging diverse macromolecules, potentially broadening the application of cryo-EM to proteins of typical size in the cell.
履歴
登録2018年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-7436
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DARP14 - Subunit A with DARPin
B: DARP14 - Subunit A with DARPin
C: DARP14 - Subunit A with DARPin
D: DARP14 - Subunit A with DARPin
E: DARP14 - Subunit B
F: DARP14 - Subunit B
G: DARP14 - Subunit B
H: DARP14 - Subunit B
I: DARP14 - Subunit A with DARPin
J: DARP14 - Subunit A with DARPin
K: DARP14 - Subunit A with DARPin
L: DARP14 - Subunit A with DARPin
M: DARP14 - Subunit B
N: DARP14 - Subunit B
O: DARP14 - Subunit B
P: DARP14 - Subunit B
Q: DARP14 - Subunit A with DARPin
R: DARP14 - Subunit A with DARPin
S: DARP14 - Subunit A with DARPin
T: DARP14 - Subunit A with DARPin
U: DARP14 - Subunit B
V: DARP14 - Subunit B
W: DARP14 - Subunit B
X: DARP14 - Subunit B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)390,90624
ポリマ－390,90624
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area62730 Å2
ΔGint-342 kcal/mol
Surface area112370 Å2

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要素

#1: タンパク質
DARP14 - Subunit A with DARPin


分子量: 18229.264 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (strain ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3) (古細菌)
株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3
遺伝子: PH0671 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O58404
#2: タンパク質
DARP14 - Subunit B


分子量: 14346.274 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: PA1966 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I2D8

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1DARP14COMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2DARP14 - Subunit ACOMPLEX#11RECOMBINANT
3DARP14 - Subunit BCOMPLEX#21RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21synthetic construct (人工物)32630
32Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌)70601
43Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)208964
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
32Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
43Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 30 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: T (正4面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.09 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 34650 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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