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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6bt3 | ||||||
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タイトル | High-Resolution Structure Analysis of Antibody V5 Conformational Epitope on Human Papillomavirus 16 | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS (ウイルス) / HPV16 / H16.V5 / Fab / VIRUS LIKE PARTICLE-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / virion attachment to host cell 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å | ||||||
データ登録者 | Guan, J. / Bywaters, S.M. / Brendle, S.A. / Ashley, R.E. / Makhov, A.M. / Conway, J.F. / Christensen, N.D. / Hafenstein, S. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Viruses / 年: 2017 タイトル: High-Resolution Structure Analysis of Antibody V5 and U4 Conformational Epitopes on Human Papillomavirus 16. 著者: Jian Guan / Stephanie M Bywaters / Sarah A Brendle / Robert E Ashley / Alexander M Makhov / James F Conway / Neil D Christensen / Susan Hafenstein / 要旨: Cancers attributable to human papillomavirus (HPV) place a huge burden on the health of both men and women. The current commercial vaccines are genotype specific and provide little therapeutic ...Cancers attributable to human papillomavirus (HPV) place a huge burden on the health of both men and women. The current commercial vaccines are genotype specific and provide little therapeutic benefit to patients with existing HPV infections. Identifying the conformational epitopes on the virus capsid supports the development of improved recombinant vaccines to maximize long-term protection against multiple types of HPV. Fragments of antibody (Fab) digested from the neutralizing monoclonal antibodies H16.V5 (V5) and H16.U4 (U4) were bound to HPV16 capsids and the structures of the two virus-Fab complexes were solved to near atomic resolution using cryo-electron microscopy. The structures reveal virus conformational changes, the Fab-binding mode to the capsid, the residues comprising the epitope and indicate a potential interaction of U4 with the minor structural protein, L2. Competition enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) showed V5 outcompetes U4 when added sequentially, demonstrating a steric interference even though the footprints do not overlap. Combined with our previously reported immunological and structural results, we propose that the virus may initiate host entry through an interaction between the icosahedral five-fold vertex of the capsid and receptors on the host cell. The highly detailed epitopes identified for the two antibodies provide a framework for continuing biochemical, genetic and biophysical studies. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6bt3.cif.gz | 802.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6bt3.ent.gz | 679 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6bt3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/6bt3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/6bt3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
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| x 5
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| x 6
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23832.492 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) #2: 抗体 | 分子量: 23739.500 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) #3: タンパク質 | 分子量: 56098.617 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス) 参照: UniProt: P03101 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: HPV16 complexed with V5 Fab / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI POLARA 300 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 7 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 17612 / 対称性のタイプ: POINT |