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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6bji | ||||||
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タイトル | Human ABO(H) blood group glycosyltransferase GTA D302C mutant | ||||||
要素 | Histo-blood group ABO system transferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Blood group transferases / glycosyltransferases (グリコシルトランスフェラーゼ) / enzymes (酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 フコシルガラクトシド 3-α-ガラクトシルトランスフェラーゼ / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase activity / fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase activity / ABO blood group biosynthesis / lipid glycosylation / Golgi cisterna membrane / protein glycosylation / antigen binding / manganese ion binding ...フコシルガラクトシド 3-α-ガラクトシルトランスフェラーゼ / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase activity / fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase activity / ABO blood group biosynthesis / lipid glycosylation / Golgi cisterna membrane / protein glycosylation / antigen binding / manganese ion binding / vesicle / carbohydrate metabolic process / ゴルジ体 / nucleotide binding / ゴルジ体 / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å | ||||||
データ登録者 | Gagnon, S.M.L. / Legg, M.S.G. / Evans, S.V. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Glycobiology / 年: 2018 タイトル: Conserved residues Arg188 and Asp302 are critical for active site organization and catalysis in human ABO(H) blood group A and B glycosyltransferases. 著者: Gagnon, S.M.L. / Legg, M.S.G. / Polakowski, R. / Letts, J.A. / Persson, M. / Lin, S. / Zheng, R.B. / Rempel, B. / Schuman, B. / Haji-Ghassemi, O. / Borisova, S.N. / Palcic, M.M. / Evans, S.V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6bji.cif.gz | 77.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6bji.ent.gz | 55.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6bji.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/6bji ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/6bji | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34311.664 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 64-354 / 変異: D302C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P16442, glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase, フコシルガラクトシド 3-α-ガラクトシルトランスフェラーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.04 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: small tubes 詳細: Spontaneous crystals were recovered from concentrated stocks of GTA/D302C (95-100 mg/mL) stored in 50 mM MOPS, pH 7.00, 0.1 M sodium chloride, 1 mM DTT, 5 mM manganese chloride, and kept at 277 K. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年11月25日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.54→19.79 Å / Num. obs: 46171 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.44 % / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rrim(I) all: 0.038 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 17.2 / Num. measured all: 206457 / Scaling rejects: 1549 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1LZ0 解像度: 1.54→19.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 1.332 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 61.86 Å2 / Biso mean: 21.503 Å2 / Biso min: 11.32 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.54→19.79 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.54→1.58 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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