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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6bcr | ||||||
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タイトル | Complex of 14-3-3 theta with an IRSp53 peptide phosphorylated at T340 | ||||||
要素 |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN / phosphate binding protein / protein complex (タンパク質複合体) / cytoskeleton regulation / cell motility (運動性) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 neuron projection branch point / dendritic spine cytoplasm / negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / plasma membrane organization / actin crosslink formation / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / protein localization to synapse / cellular response to L-glutamate / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / regulation of modification of postsynaptic actin cytoskeleton ...neuron projection branch point / dendritic spine cytoplasm / negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / plasma membrane organization / actin crosslink formation / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / protein localization to synapse / cellular response to L-glutamate / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / regulation of modification of postsynaptic actin cytoskeleton / cytoskeletal anchor activity / neuron projection terminus / presynaptic cytosol / proline-rich region binding / postsynaptic cytosol / small GTPase-mediated signal transduction / positive regulation of actin filament polymerization / dendrite development / postsynaptic density, intracellular component / actin filament bundle assembly / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / CDC42 GTPase cycle / excitatory synapse / Regulation of localization of FOXO transcription factors / protein targeting / Activation of BAD and translocation to mitochondria / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / RAC3 GTPase cycle / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / cellular response to epidermal growth factor stimulus / ruffle / RAC1 GTPase cycle / substantia nigra development / 軸索誘導 / 14-3-3 protein binding / dendritic shaft / filopodium / synaptic membrane / 分泌 / PDZ domain binding / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / transcription coregulator binding / regulation of actin cytoskeleton organization / TP53 Regulates Metabolic Genes / FCGR3A-mediated phagocytosis / 接着結合 / regulation of synaptic plasticity / Schaffer collateral - CA1 synapse / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / VEGFA-VEGFR2 Pathway / lamellipodium / insulin receptor signaling pathway / regulation of cell shape / scaffold protein binding / 微小管 / transmembrane transporter binding / protein domain specific binding / focal adhesion / negative regulation of DNA-templated transcription / neuronal cell body / glutamatergic synapse / シナプス / シグナル伝達 / protein-containing complex / extracellular exosome / 核質 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.986 Å | ||||||
データ登録者 | Kast, D.J. / Dominguez, R. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Mechanism of IRSp53 inhibition by 14-3-3. 著者: Kast, D.J. / Dominguez, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6bcr.cif.gz | 391 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6bcr.ent.gz | 322.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6bcr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/6bcr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/6bcr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 8分子 ABEFCDGH
#1: タンパク質 | 分子量: 27795.234 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YWHAQ / プラスミド: pTYB11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P27348 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1648.709 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UQB8*PLUS |
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-非ポリマー , 6種, 533分子
#3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-PEG / #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.3 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.15 M Magnesium Formate, 18% PEG3350, 4% TFE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月17日 / 詳細: Oxford Danfysik toroidal focusing mirror |
放射 | モノクロメーター: channel cut monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.986→31.29 Å / Num. obs: 76071 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 32.72 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 21.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.986→2.06 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.379 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 6527 / CC1/2: 0.888 / % possible all: 92 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2BR9 解像度: 1.986→31.288 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 25.81
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 135.83 Å2 / Biso mean: 46.5178 Å2 / Biso min: 17.43 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.986→31.288 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 27
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