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万見
- PDB-6b2z: Cryo-EM structure of the dimeric FO region of yeast mitochondrial... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b2z
タイトルCryo-EM structure of the dimeric FO region of yeast mitochondrial ATP synthase
要素
  • (ATP synthase subunit ...ATP合成酵素) x 9
  • ATP synthase protein 8ATP合成酵素
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Complex / Dimer / Mitochondrial inner membrane (ミトコンドリア内膜) / Proton translocation
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex assembly / mitochondrial proton-transporting ATP synthase, stator stalk / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex / proton motive force-driven ATP synthesis / proton transmembrane transporter activity / proton transmembrane transport / ミトコンドリア / protein-containing complex assembly / ミトコンドリア内膜 ...mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex assembly / mitochondrial proton-transporting ATP synthase, stator stalk / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex / proton motive force-driven ATP synthesis / proton transmembrane transporter activity / proton transmembrane transport / ミトコンドリア / protein-containing complex assembly / ミトコンドリア内膜 / lipid binding / ミトコンドリア / identical protein binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
ATP synthase subunit K / ATP synthase subunit K / ATP synthase, F0 complex, subunit J / ATP synthase protein 8, fungal type / ATP synthase, F0 complex, subunit F, mitochondria, fungi / ATP synthase j chain / Fungal ATP synthase protein 8 (A6L) / Mitochondrial F1-F0 ATP synthase subunit F of fungi / F1F0 ATP synthase subunit C / F1FO ATP Synthase ...ATP synthase subunit K / ATP synthase subunit K / ATP synthase, F0 complex, subunit J / ATP synthase protein 8, fungal type / ATP synthase, F0 complex, subunit F, mitochondria, fungi / ATP synthase j chain / Fungal ATP synthase protein 8 (A6L) / Mitochondrial F1-F0 ATP synthase subunit F of fungi / F1F0 ATP synthase subunit C / F1FO ATP Synthase / ATP synthase, F0 complex, subunit B/MI25 / ATP synthase, F0 complex, subunit B / Mitochondrial ATP synthase B chain precursor (ATP-synt_B) / ATP synthase, F0 complex, subunit D, mitochondrial / ATP synthase D chain, mitochondrial (ATP5H) / ATP synthase, F0 complex, subunit D superfamily, mitochondrial / ATP synthase, F0 complex, subunit A, bacterial/mitochondria / ATP synthase, F0 complex, subunit A / ATP synthase, F0 complex, subunit A, active site / ATP synthase, F0 complex, subunit A superfamily / ATP synthase A chain / ATP synthase a subunit signature. / ATP synthase, F0 complex, subunit C / F1F0 ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase, F0 complex, subunit C, DCCD-binding site / ATP synthase c subunit signature. / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP synthase subunit a / ATP synthase protein 8 / ATP synthase subunit 4, mitochondrial / ATP synthase subunit d, mitochondrial / ATP synthase subunit 9, mitochondrial / ATP synthase subunit J, mitochondrial / ATP synthase subunit K, mitochondrial / ATP synthase subunit f, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Guo, H. / Rubinstein, J.L.
資金援助 カナダ, 米国, 3件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP 81294 カナダ
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103310 米国
Simons Foundation349247 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: Atomic model for the dimeric F region of mitochondrial ATP synthase.
著者: Hui Guo / Stephanie A Bueler / John L Rubinstein /
要旨: Mitochondrial adenosine triphosphate (ATP) synthase produces the majority of ATP in eukaryotic cells, and its dimerization is necessary to create the inner membrane folds, or cristae, characteristic ...Mitochondrial adenosine triphosphate (ATP) synthase produces the majority of ATP in eukaryotic cells, and its dimerization is necessary to create the inner membrane folds, or cristae, characteristic of mitochondria. Proton translocation through the membrane-embedded F region turns the rotor that drives ATP synthesis in the soluble F region. Although crystal structures of the F region have illustrated how this rotation leads to ATP synthesis, understanding how proton translocation produces the rotation has been impeded by the lack of an experimental atomic model for the F region. Using cryo-electron microscopy, we determined the structure of the dimeric F complex from at a resolution of 3.6 angstroms. The structure clarifies how the protons travel through the complex, how the complex dimerizes, and how the dimers bend the membrane to produce cristae.
履歴
登録2017年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月18日Group: Author supporting evidence / Other / カテゴリ: atom_sites / pdbx_audit_support
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-7036
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: ATP synthase subunit c, mitochondrial
2: ATP synthase subunit c, mitochondrial
3: ATP synthase subunit c, mitochondrial
4: ATP synthase subunit c, mitochondrial
5: ATP synthase subunit c, mitochondrial
6: ATP synthase subunit c, mitochondrial
7: ATP synthase subunit c, mitochondrial
8: ATP synthase subunit c, mitochondrial
9: ATP synthase subunit c, mitochondrial
0: ATP synthase subunit c, mitochondrial
A: ATP synthase protein 8
a: ATP synthase subunit a
b: ATP synthase subunit b
d: ATP synthase subunit d, mitochondrial
e: ATP synthase subunit e, mitochondrial
f: ATP synthase subunit f, mitochondrial
g: ATP synthase subunit g
i: ATP synthase subunit j, mitochondrial
k: ATP synthase subunit k, mitochondrial
C: ATP synthase subunit c, mitochondrial
D: ATP synthase subunit c, mitochondrial
E: ATP synthase subunit c, mitochondrial
F: ATP synthase subunit c, mitochondrial
G: ATP synthase subunit c, mitochondrial
H: ATP synthase subunit c, mitochondrial
I: ATP synthase subunit c, mitochondrial
J: ATP synthase subunit c, mitochondrial
K: ATP synthase subunit c, mitochondrial
B: ATP synthase subunit c, mitochondrial
L: ATP synthase protein 8
M: ATP synthase subunit a
N: ATP synthase subunit b
O: ATP synthase subunit d, mitochondrial
P: ATP synthase subunit e, mitochondrial
Q: ATP synthase subunit f, mitochondrial
R: ATP synthase subunit g
S: ATP synthase subunit j, mitochondrial
T: ATP synthase subunit k, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)384,61738
ポリマ－384,61738
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area114410 Å2
ΔGint-1309 kcal/mol
Surface area117730 Å2

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要素

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ATP synthase subunit ... , 9種, 36分子 1234567890CDEFGHIJKBaMbNdOePfQ...

#1: タンパク質
ATP synthase subunit c, mitochondrial / ATP合成酵素 / Lipid-binding protein / Oligomycin resistance protein 1 / ATP synthase subunit 9 / mitochondrial


分子量: 7762.375 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P61829
#3: タンパク質 ATP synthase subunit a / ATP合成酵素 / F-ATPase protein 6


分子量: 27900.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P00854
#4: タンパク質 ATP synthase subunit b / ATP合成酵素


分子量: 23194.498 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: W303-1A / 参照: UniProt: P05626
#5: タンパク質 ATP synthase subunit d, mitochondrial / ATP合成酵素


分子量: 19709.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P30902
#6: タンパク質・ペプチド ATP synthase subunit e, mitochondrial / ATP合成酵素 / ATPase subunit e / Translocase of the inner membrane protein 11


分子量: 4188.154 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
#7: タンパク質 ATP synthase subunit f, mitochondrial / ATP合成酵素


分子量: 10584.166 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06405
#8: タンパク質 ATP synthase subunit g / ATP合成酵素


分子量: 9039.134 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: W303-1A
#9: タンパク質 ATP synthase subunit j, mitochondrial / ATP合成酵素 / ATPase synthase I subunit


分子量: 6696.771 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P81450
#10: タンパク質 ATP synthase subunit k, mitochondrial / ATP合成酵素


分子量: 7546.778 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P81451

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タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 AL

#2: タンパク質・ペプチド ATP synthase protein 8 / ATP合成酵素 / A6L / ATP-associated protein 1 / F-ATPase subunit 8


分子量: 5825.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P00856

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Yeast mitochondrial ATP synthase FO complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 0.4 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: W303-1A / 細胞内の位置: Inner membrane of mitochondria / Organelle: Mitochondria
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのタイプ: Homemade
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: blot for 26 seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 130000 X / 倍率（補正後）: 47170 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Calibrated defocus min: 500 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 71 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 3023
電子光学装置エネルギーフィルター 上限: 20 eV / エネルギーフィルター 下限: 0 eV
画像スキャン横: 3710 / 縦: 3838 / 動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 1-50

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION1.4粒子像選択
2Leginon画像取得
4CTFFIND4CTF補正
9cryoSPARC0.4.1モデル精密化
11cryoSPARC最終オイラー角割当
13cryoSPARC0.4.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 446259
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 238848 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00721828
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.07429650
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.16912690
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0543682
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0083646

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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