[日本語] English
万見
- PDB-6az1: Cryo-EM structure of the small subunit of Leishmania ribosome bou... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6az1
タイトルCryo-EM structure of the small subunit of Leishmania ribosome bound to paromomycin
要素
  • (ribosomal protein ...) x 32
  • E-site tRNA
  • LACK1
  • P-site tRNA
  • mRNA伝令RNA
  • ribosomal RNA 18S
  • tRNA-Phe
キーワードRIBOSOME/ANTIBIOTIC / Leishmania donovani / ribosome (リボソーム) / aminoglycoside (アミノグリコシド系抗生物質) / paromomycin (パロモマイシン) / RIBOSOME-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


translation regulator activity / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / ribosome binding / small ribosomal subunit / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex ...translation regulator activity / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / ribosome binding / small ribosomal subunit / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S26 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #1000 / Ribosomal protein S4, central domain / Ribosomal protein S21 / Alpha-Beta Plaits - #3370 / Hypothetical Cytosolic Protein; Chain: A; / Ribosomal protein S27 / first zn-finger domain of poly(adp-ribose) polymerase-1 / Diphtheria Toxin Repressor; domain 2 ...Ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S26 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #1000 / Ribosomal protein S4, central domain / Ribosomal protein S21 / Alpha-Beta Plaits - #3370 / Hypothetical Cytosolic Protein; Chain: A; / Ribosomal protein S27 / first zn-finger domain of poly(adp-ribose) polymerase-1 / Diphtheria Toxin Repressor; domain 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal Protein S14/S29 / 30s Ribosomal Protein S14; Chain N / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #30 / RNA-binding S4 domain / Ribosomal Protein S7 / Ribosomal protein S7/S5 / Ribosomal protein S3 C-terminal domain / Dna Ligase; domain 1 - #10 / Ribosomal protein S11/S14 / Ribosomal protein S10 / Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A / S15/NS1, RNA-binding / SH3 type barrels. - #30 / K homology (KH) domain / Ribosomal protein L30/S12 / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / N-terminal domain of TfIIb / Ribosomal protein S12e / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / S27a-like superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S25 / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Double Stranded RNA Binding Domain / Ribosomal protein S8e, conserved site / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein S7e / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S28e / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal_S17 N-terminal / Plectin/S10, N-terminal / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S7e / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein S27
類似検索 - ドメイン・相同性
パロモマイシン / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein S5 / 40S ribosomal protein SA ...パロモマイシン / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein S5 / 40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein S7 / 40S ribosomal protein S21, putative / 40S ribosomal protein S15A, putative / 40S ribosomal protein S12 / 40S ribosomal protein S4 / 40S ribosomal protein S23, putative / 40S ribosomal protein S15, putative / 40S ribosomal protein S8 / 40S ribosomal protein S25 / 40S ribosomal protein S16, putative / 40S ribosomal protein S33, putative / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S29, putative / 40S ribosomal protein S17, putative / 40S ribosomal protein S26 / 40S ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S14 / 40S ribosomal protein S2 / 40S ribosomal protein S13, putative / 40S ribosomal protein S3, putative / 40S ribosomal protein S19 protein, putative / 40S ribosomal protein S3a / 60S ribosomal protein L40 / 40S ribosomal protein S18, putative / 40S ribosomal protein S10, putative / 40S ribosomal protein S9, putative / 40S ribosomal protein S24 / 40S ribosomal protein S27-1, putative / 40S ribosomal protein S6 / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein / 40S ribosomal protein S11, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Shalev-Benami, M. / Zhang, Y. / Rozenberg, H. / Matzov, D. / Zimmerman, E. / Bashan, A. / Jaffe, C.L. / Yonath, A. / Skiniotis, G.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Atomic resolution snapshot of Leishmania ribosome inhibition by the aminoglycoside paromomycin.
著者: Moran Shalev-Benami / Yan Zhang / Haim Rozenberg / Yuko Nobe / Masato Taoka / Donna Matzov / Ella Zimmerman / Anat Bashan / Toshiaki Isobe / Charles L Jaffe / Ada Yonath / Georgios Skiniotis /
要旨: Leishmania is a single-celled eukaryotic parasite afflicting millions of humans worldwide, with current therapies limited to a poor selection of drugs that mostly target elements in the parasite's ...Leishmania is a single-celled eukaryotic parasite afflicting millions of humans worldwide, with current therapies limited to a poor selection of drugs that mostly target elements in the parasite's cell envelope. Here we determined the atomic resolution electron cryo-microscopy (cryo-EM) structure of the Leishmania ribosome in complex with paromomycin (PAR), a highly potent compound recently approved for treatment of the fatal visceral leishmaniasis (VL). The structure reveals the mechanism by which the drug induces its deleterious effects on the parasite. We further show that PAR interferes with several aspects of cytosolic translation, thus highlighting the cytosolic rather than the mitochondrial ribosome as the primary drug target. The results also highlight unique as well as conserved elements in the PAR-binding pocket that can serve as hotspots for the development of novel therapeutics.
履歴
登録2017年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.02019年7月3日Group: Data collection / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-7024
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-7024
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ribosomal protein s1e
B: ribosomal protein S2
C: ribosomal protein S3
D: ribosomal protein S4
E: ribosomal protein S4e
F: ribosomal protein S5
G: ribosomal protein S6e
H: ribosomal protein S7
I: ribosomal protein S7e
J: ribosomal protein S8
K: ribosomal protein S8e
L: ribosomal protein S9
M: ribosomal protein S10
N: ribosomal protein S10e
O: ribosomal protein S11
P: ribosomal protein S12
Q: ribosomal protein S12e
R: ribosomal protein S13
S: ribosomal protein S14
T: ribosomal protein S15
U: ribosomal protein S17
V: ribosomal protein S17e
W: ribosomal protein S19
X: ribosomal protein S19e
Y: ribosomal protein S21e
Z: ribosomal protein S24e
a: ribosomal protein S25e
b: ribosomal protein S26e
c: ribosomal protein S27e
d: ribosomal protein S28e
e: ribosomal protein S30e
f: ribosomal protein S31e
g: LACK1
1: ribosomal RNA 18S
2: tRNA-Phe
3: P-site tRNA
4: E-site tRNA
5: mRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,416,65868
ポリマ－1,412,38138
非ポリマー4,27730
水4,720262
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area233520 Å2
ΔGint-1705 kcal/mol
Surface area417100 Å2

-
要素

+
Ribosomal protein ... , 32種, 32分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZabcdef

#1: タンパク質 Ribosomal protein s1e / リボソーム


分子量: 30092.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BRS2
#2: タンパク質 ribosomal protein S2 /


分子量: 27564.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: A4IDS4*PLUS
#3: タンパク質 ribosomal protein S3 /


分子量: 24511.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BQ25
#4: タンパク質 ribosomal protein S4 /


分子量: 22184.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BTJ0
#5: タンパク質 ribosomal protein S4e / リボソーム


分子量: 30711.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BBI6
#6: タンパク質 ribosomal protein S5 /


分子量: 28803.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BNF0
#7: タンパク質 ribosomal protein S6e / リボソーム


分子量: 28341.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: O44012*PLUS
#8: タンパク質 ribosomal protein S7 /


分子量: 21311.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: A0A381MCG8*PLUS
#9: タンパク質 ribosomal protein S7e / リボソーム


分子量: 23867.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9B7A8
#10: タンパク質 ribosomal protein S8 /


分子量: 14719.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BAV6
#11: タンパク質 ribosomal protein S8e / リボソーム


分子量: 25038.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BH78
#12: タンパク質 ribosomal protein S9 /


分子量: 16718.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BI96
#13: タンパク質 ribosomal protein S10 /


分子量: 13049.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BJI2*PLUS
#14: タンパク質 ribosomal protein S10e / リボソーム


分子量: 17432.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BTG4
#15: タンパク質 ribosomal protein S11 /


分子量: 15609.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BMA8
#16: タンパク質 ribosomal protein S12 /


分子量: 15952.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BFB6
#17: タンパク質 ribosomal protein S12e / リボソーム


分子量: 15611.837 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BBC0
#18: タンパク質 ribosomal protein S13 /


分子量: 17443.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BTF9
#19: タンパク質 ribosomal protein S14 /


分子量: 6696.929 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BJV7
#20: タンパク質 ribosomal protein S15 /


分子量: 17455.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BPR7
#21: タンパク質 ribosomal protein S17 /


分子量: 19985.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: Q9TXA6*PLUS
#22: タンパク質 ribosomal protein S17e / リボソーム


分子量: 16521.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BJZ5
#23: タンパク質 ribosomal protein S19 / 40S ribosomal protein S19


分子量: 17528.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BFQ0*PLUS
#24: タンパク質 ribosomal protein S19e / リボソーム


分子量: 20188.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BR60
#25: タンパク質 ribosomal protein S21e / リボソーム


分子量: 16669.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BAR6*PLUS
#26: タンパク質 ribosomal protein S24e / リボソーム


分子量: 15808.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BU11
#27: タンパク質 ribosomal protein S25e / リボソーム


分子量: 13071.399 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BHM6
#28: タンパク質 ribosomal protein S26e / リボソーム


分子量: 12794.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BK95
#29: タンパク質 ribosomal protein S27e / リボソーム


分子量: 9819.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BUA2
#30: タンパク質 ribosomal protein S28e / リボソーム


分子量: 9763.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BIH3
#31: タンパク質 ribosomal protein S30e / リボソーム


分子量: 7394.894 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BLG3
#32: タンパク質 ribosomal protein S31e / リボソーム


分子量: 17015.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BTC5

-
タンパク質 , 1種, 1分子 g

#33: タンパク質 LACK1


分子量: 34459.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: Q9BIJ5

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 12345

#34: RNA鎖 ribosomal RNA 18S


分子量: 710287.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: GenBank: 322500086
#35: RNA鎖 tRNA-Phe


分子量: 24599.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1229082179
#36: RNA鎖 P-site tRNA


分子量: 24786.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 817573384
#37: RNA鎖 E-site tRNA


分子量: 24485.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1229082179
#38: RNA鎖 mRNA / 伝令RNA


分子量: 4085.501 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)

-
非ポリマー , 3種, 292分子

#39: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#40: 化合物
ChemComp-PAR / PAROMOMYCIN / PAROMOMYCIN I, AMMINOSIDIN, CATENULIN, CRESTOMYCIN, MONOMYCIN A, NEOMYCIN E / パロモマイシン / パロモマイシン


分子量: 615.628 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H45N5O14 / コメント: 抗菌剤, 薬剤*YM
#41: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Leishmania donovani 91S ribosome SSU / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#38 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 1 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev-2686_1692: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 141028 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0186381
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.166126481
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d18.20947125
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.06115904
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0088580

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る