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- PDB-6am0: Crystal structure of K. lactis Edc1-Dcp1-Dcp2-Edc3 decapping comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6am0
タイトルCrystal structure of K. lactis Edc1-Dcp1-Dcp2-Edc3 decapping complex with synthetic cap substrate analog
要素
  • KLLA0A01474p
  • KLLA0A11308p
  • KLLA0E01827p
  • KLLA0F23980p
キーワードTRANSLATION (翻訳 (生物学)) / mRNA decay / decapping / Nudix / nucleotide analog
機能・相同性
機能・相同性情報


5'-(N(7)-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase activity / intracellular organelle / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / enzyme activator activity / P-body / manganese ion binding / RNA binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
FDF domain / DFDF domain / DFDF domain profile. / FDF / mRNA-decapping enzyme subunit 1 / Dcp1-like decapping family / YjeF N-terminal domain superfamily / YjeF-related protein N-terminus / YjeF N-terminal domain / YjeF N-terminal domain profile. ...FDF domain / DFDF domain / DFDF domain profile. / FDF / mRNA-decapping enzyme subunit 1 / Dcp1-like decapping family / YjeF N-terminal domain superfamily / YjeF-related protein N-terminus / YjeF N-terminal domain / YjeF N-terminal domain profile. / mRNA decapping protein 2, Box A domain / mRNA decapping protein 2, Box A domain superfamily / mRNA decapping enzyme 2 , NUDIX hydrolase domain / Dcp2, box A domain / Dcp2, box A domain / : / Sm domain profile. / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / NUDIX domain / PH-domain like / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6VQ / KLLA0F23980p / KLLA0E01827p / Enhancer of mRNA-decapping protein 3 / KLLA0A01474p
類似検索 - 構成要素
生物種Kluyveromyces lactis (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Mugridge, J.S. / Gross, J.D.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM078360 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM105313 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structure of the activated Edc1-Dcp1-Dcp2-Edc3 mRNA decapping complex with substrate analog poised for catalysis.
著者: Mugridge, J.S. / Tibble, R.W. / Ziemniak, M. / Jemielity, J. / Gross, J.D.
履歴
登録2017年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KLLA0F23980p
B: KLLA0E01827p
C: KLLA0A01474p
D: KLLA0A11308p
E: KLLA0F23980p
F: KLLA0E01827p
G: KLLA0A01474p
H: KLLA0A11308p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,81711
ポリマ－127,9318
非ポリマー1,8853
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17640 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area53130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)174.260, 83.250, 104.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.62, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 3種, 6分子 AEBFDH

#1: タンパク質 KLLA0F23980p


分子量: 31804.855 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 1-275 / 変異: E152Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
株: ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37
遺伝子: KLLA0_F23980g / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21*DE3 / 参照: UniProt: Q6CIU1
#2: タンパク質 KLLA0E01827p


分子量: 22073.959 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 1-188 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
株: ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37
遺伝子: KLLA0_E01827g / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6CPV9
#4: タンパク質 KLLA0A11308p


分子量: 7331.633 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 1-66 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
株: ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37
遺伝子: KLLA0_A11308g / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21*DE3 / 参照: UniProt: Q6CX48

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タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CG

#3: タンパク質・ペプチド KLLA0A01474p


分子量: 2755.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CYC5

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非ポリマー , 2種, 3分子

#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-6VQ / [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-7-methyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-7-ium-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-sulfanyl-phosphoryl] [[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-7-methyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-7-ium-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-sulfanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl] hydrogen phosphate


分子量: 930.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H34N10O19P4S2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 % / 解説: rhombohedral blocks, ~40-80 microns.
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein solution: 4mg/mL Kl Dcp1/Dcp2/Edc3, 1mM Edc1 peptide, 6mM substrate analog, 10mM magnsium chloride. Well solution: 0.22M magnesium chloride, 0.03M EDTA, 8% PEG 8000. Procedure: 250nL ...詳細: Protein solution: 4mg/mL Kl Dcp1/Dcp2/Edc3, 1mM Edc1 peptide, 6mM substrate analog, 10mM magnsium chloride. Well solution: 0.22M magnesium chloride, 0.03M EDTA, 8% PEG 8000. Procedure: 250nL protein solution + 250nL well solution + 50nL 1:10000 seed stock. Set up at RT, grow crystals at 4C.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11583 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月18日
放射モノクロメーター: Water-cooled flat double Si(111) Khozu monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11583 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.84→50 Å / Num. obs: 68126 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 9.82
反射 シェル解像度: 2.84→3 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
Blu-Iceデータ収集
XDSNov 1, 2016データ削減
XSCALENov 1, 2016データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
Coot0.8.2モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LOP

5lop


解像度: 2.84→45.96 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 1998 5.66 %Random
Rwork0.225 ---
obs0.227 35286 99.7 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.84→45.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8484 0 115 0 8599
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038796
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72111927
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.8395297
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441338
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051484
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.84-2.9110.42691370.36832339X-RAY DIFFRACTION100
2.911-2.98970.36081510.33132373X-RAY DIFFRACTION100
2.9897-3.07770.34761370.31112388X-RAY DIFFRACTION100
3.0777-3.1770.32741400.30682368X-RAY DIFFRACTION100
3.177-3.29050.36721400.2952336X-RAY DIFFRACTION100
3.2905-3.42220.29551450.27552382X-RAY DIFFRACTION100
3.4222-3.57790.34731380.26692401X-RAY DIFFRACTION100
3.5779-3.76640.29211430.2522338X-RAY DIFFRACTION100
3.7664-4.00230.25631450.23732396X-RAY DIFFRACTION100
4.0023-4.31110.26971430.20872389X-RAY DIFFRACTION100
4.3111-4.74460.20561450.19652356X-RAY DIFFRACTION99
4.7446-5.43020.2381430.19672388X-RAY DIFFRACTION100
5.4302-6.83780.22851450.23382386X-RAY DIFFRACTION99
6.8378-45.96150.18371460.18782448X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1137-0.22580.14910.7305-0.7842.6311-0.3755-1.2619-0.41391.75630.9689-0.0359-0.4281-0.65361.22454.49640.4789-0.78591.88020.32231.4752-27.889534.866933.3957
25.29371.99780.57753.494.57627.8882-1.2378-0.4172-0.9922-1.378-0.10980.0657-3.6479-1.9144-0.45082.70490.0227-0.12410.87450.21971.1398-16.224829.340344.8682
31.37761.1931.01971.14821.13211.2106-1.17320.549-0.53552.06191.3048-0.5194-1.02292.1326-0.04374.2141-0.5285-0.79620.91190.46261.6611-20.188137.214238.5442
42.0317-0.0822-0.72410.0203-0.04350.2812-0.40590.7770.64590.01780.4094-1.1455-1.8041-0.181-0.00093.33680.17050.23341.13820.11981.7626-15.703137.941341.2083
52.6215-0.34272.15870.044-0.29741.781-1.98211.03181.70532.87861.3513.0776-2.49092.3944-0.10781.82510.36620.91381.0003-0.31413.0916-10.761935.625436.8067
63.74170.74072.23576.58367.57139.2755-1.9420.144-0.41260.4455-0.0687-1.2521-0.6448-1.8913-2.57623.1476-0.04490.7450.40370.80081.0806-17.468725.28239.9337
75.7785-1.86493.08510.8779-0.80621.7914-0.24120.78560.3250.5059-0.4024-0.2202-0.0884-0.741-4.17582.92571.28850.12232.29251.01080.2939-31.470733.479742.5326
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'H' AND (RESID 2 THROUGH 7 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'H' AND (RESID 8 THROUGH 18 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'H' AND (RESID 19 THROUGH 26 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'H' AND (RESID 27 THROUGH 45 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'H' AND (RESID 46 THROUGH 53 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'H' AND (RESID 54 THROUGH 59 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'H' AND (RESID 60 THROUGH 64 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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