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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ak5 | ||||||
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タイトル | Binary Complex of Human DNA Polymerase Mu with MnGTP | ||||||
要素 | DNA-directed DNA/RNA polymerase mu | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / DNA Polymerase Mu / DNA break repair / Transferase-rNTP complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA recombination / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Chang, Y.K. / Wu, W.J. / Tsai, M.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019 タイトル: Human DNA Polymerase mu Can Use a Noncanonical Mechanism for Multiple Mn2+-Mediated Functions. 著者: Chang, Y.K. / Huang, Y.P. / Liu, X.X. / Ko, T.P. / Bessho, Y. / Kawano, Y. / Maestre-Reyna, M. / Wu, W.J. / Tsai, M.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ak5.cif.gz | 156.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ak5.ent.gz | 120.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ak5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/6ak5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/6ak5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5zlcC 6aecC 6aehC 6ak6C 6ak8C 6ak9C 6akhC 6ipdC 6ipeC 6ipfC 6ipgC 6iphC 6ipiC 6ipjC 6ipkC 6iplC 6ipmC 6ipnC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40054.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: deletions 398-410 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLM, polmu / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NP87, DNAポリメラーゼ | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GTP / | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.08 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 1.5 M Li2SO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 44337 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13.9 % / Rpim(I) all: 0.017 / Net I/σ(I): 45.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 12.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 4360 / Rpim(I) all: 0.243 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 4.63 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.245 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.7→30 Å
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拘束条件 |
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