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万見
- PDB-6ahu: Cryo-EM structure of human Ribonuclease P with mature tRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ahu
タイトルCryo-EM structure of human Ribonuclease P with mature tRNA
要素
  • (Ribonuclease P protein subunit ...リボヌクレアーゼP) x 8
  • H1 RNA
  • Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5
  • Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1
  • tRNA転移RNA
キーワードHYDROLASE/RNA / Ribonuclease P (リボヌクレアーゼP) / RNA-protein complex / HYDROLASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


multimeric ribonuclease P complex / nucleolar ribonuclease P complex / ribonuclease MRP complex / ribonuclease P RNA binding / ribonuclease P complex / tRNA decay / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / tRNA processing in the nucleus / tRNA processing ...multimeric ribonuclease P complex / nucleolar ribonuclease P complex / ribonuclease MRP complex / ribonuclease P RNA binding / ribonuclease P complex / tRNA decay / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / tRNA processing in the nucleus / tRNA processing / centriolar satellite / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 核小体 / rRNA processing / response to xenobiotic stimulus / intracellular membrane-bounded organelle / 核小体 / extracellular space / RNA binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease P protein subunit Rpp38 / Ribonuclease P protein subunit Rpp40 / Ribonuclease P 40kDa (Rpp40) subunit / Pop1, N-terminal / POPLD domain / Ribonuclease P/MRP protein subunit Pop5 / Ribonucleases P/MRP protein subunit Pop1 / Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1, N-terminal / POPLD (NUC188) domain / Ribonucleases P/MRP protein subunit Rpp20/Pop7 ...Ribonuclease P protein subunit Rpp38 / Ribonuclease P protein subunit Rpp40 / Ribonuclease P 40kDa (Rpp40) subunit / Pop1, N-terminal / POPLD domain / Ribonuclease P/MRP protein subunit Pop5 / Ribonucleases P/MRP protein subunit Pop1 / Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1, N-terminal / POPLD (NUC188) domain / Ribonucleases P/MRP protein subunit Rpp20/Pop7 / Rpp20 subunit of nuclear RNase MRP and P / RNase P subunit Pop5/Rpp14/Rnp2-like / Ribonuclease P/MRP subunit Rpp29 / RNase P subunit Pop5/Rpp14/Rnp2-like domain superfamily / Rpp14/Pop5 family / RNase P subunit p30 / Ribonuclease P subunit, Rpr2/Snm1/Rpp21 / RNase P subunit p30 / RNAse P Rpr2/Rpp21/SNM1 subunit domain / Ribonuclease P protein subunit Rpp29/RNP1 / Ribonuclease P/MRP subunit Rpp29 superfamily / Ribonuclease P/MRP, subunit p29 / A domain found in a protein subunit of human RNase MRP and RNase P ribonucleoprotein complexes and archaeal proteins. / Rof/RNase P-like / DNA/RNA-binding protein Alba-like / オールバニ / Alba-like domain superfamily / Polymerase/histidinol phosphatase-like / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Ribonuclease P protein subunit p20 / Ribonuclease P protein subunit p40 / Ribonuclease P protein subunit p14 / Ribonuclease P protein subunit p29 / Ribonuclease P protein subunit p38 ...: / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Ribonuclease P protein subunit p20 / Ribonuclease P protein subunit p40 / Ribonuclease P protein subunit p14 / Ribonuclease P protein subunit p29 / Ribonuclease P protein subunit p38 / Ribonuclease P protein subunit p30 / Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5 / Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1 / Ribonuclease P protein subunit p25 / Ribonuclease P protein subunit p21
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.66 Å
データ登録者Wu, J. / Niu, S. / Tan, M. / Lan, P. / Lei, M.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: Cryo-EM Structure of the Human Ribonuclease P Holoenzyme.
著者: Jian Wu / Shuangshuang Niu / Ming Tan / Chenhui Huang / Mingyue Li / Yang Song / Qianmin Wang / Juan Chen / Shaohua Shi / Pengfei Lan / Ming Lei /
要旨: Ribonuclease (RNase) P is a ubiquitous ribozyme that cleaves the 5' leader from precursor tRNAs. Here, we report cryo-electron microscopy structures of the human nuclear RNase P alone and in ...Ribonuclease (RNase) P is a ubiquitous ribozyme that cleaves the 5' leader from precursor tRNAs. Here, we report cryo-electron microscopy structures of the human nuclear RNase P alone and in complex with tRNA. Human RNase P is a large ribonucleoprotein complex that contains 10 protein components and one catalytic RNA. The protein components form an interlocked clamp that stabilizes the RNA in a conformation optimal for substrate binding. Human RNase P recognizes the tRNA using a double-anchor mechanism through both protein-RNA and RNA-RNA interactions. Structural comparison of the apo and tRNA-bound human RNase P reveals that binding of tRNA induces a local conformational change in the catalytic center, transforming the ribozyme into an active state. Our results also provide an evolutionary model depicting how auxiliary RNA elements in bacterial RNase P, essential for substrate binding, and catalysis, were replaced by the much more complex and multifunctional protein components in higher organisms.
履歴
登録2018年8月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Other / カテゴリ: cell / Item: _cell.Z_PDB
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9627
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H1 RNA
B: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1
C: Ribonuclease P protein subunit p38
D: Ribonuclease P protein subunit p29
E: Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5
F: Ribonuclease P protein subunit p25
G: Ribonuclease P protein subunit p20
H: Ribonuclease P protein subunit p14
I: Ribonuclease P protein subunit p30
J: Ribonuclease P protein subunit p30
K: Ribonuclease P protein subunit p21
L: Ribonuclease P protein subunit p40
T: tRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)492,83414
ポリマ－492,76913
非ポリマー651
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area65880 Å2
ΔGint-428 kcal/mol
Surface area173340 Å2

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要素

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RNA鎖 , 2種, 2分子 AT

#1: RNA鎖 H1 RNA


分子量: 110244.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 31969
#12: RNA鎖 tRNA / 転移RNA


分子量: 23168.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: in vitro transcription / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGlms / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 3217024

-
タンパク質 , 2種, 2分子 BE

#2: タンパク質 Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1 / hPOP1


分子量: 114896.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99575, リボヌクレアーゼP
#5: タンパク質 Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5 / hPop5


分子量: 18844.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q969H6, リボヌクレアーゼP

-
Ribonuclease P protein subunit ... , 8種, 9分子 CDFGHIJKL

#3: タンパク質 Ribonuclease P protein subunit p38 / リボヌクレアーゼP / RNaseP protein p38


分子量: 31891.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P78345, リボヌクレアーゼP
#4: タンパク質 Ribonuclease P protein subunit p29 / リボヌクレアーゼP / hPOP4


分子量: 25474.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95707, リボヌクレアーゼP
#6: タンパク質 Ribonuclease P protein subunit p25 / リボヌクレアーゼP / RNase P protein subunit p25


分子量: 20659.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BUL9, リボヌクレアーゼP
#7: タンパク質 Ribonuclease P protein subunit p20 / リボヌクレアーゼP / RNaseP protein p20 / Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7 homolog / hPOP7


分子量: 15672.866 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75817, リボヌクレアーゼP
#8: タンパク質 Ribonuclease P protein subunit p14 / リボヌクレアーゼP


分子量: 13707.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95059, リボヌクレアーゼP
#9: タンパク質 Ribonuclease P protein subunit p30 / リボヌクレアーゼP / RNaseP protein p30 / RNase P subunit 2


分子量: 29364.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P78346, リボヌクレアーゼP
#10: タンパク質 Ribonuclease P protein subunit p21 / リボヌクレアーゼP / RNaseP protein p21 / Ribonuclease P/MRP 21 kDa subunit / Ribonucleoprotein V


分子量: 17596.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H633, リボヌクレアーゼP
#11: タンパク質 Ribonuclease P protein subunit p40 / リボヌクレアーゼP / RNaseP protein p40 / RNase P subunit 1


分子量: 41884.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75818, リボヌクレアーゼP

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非ポリマー , 1種, 1分子

#13: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1RNase P with tRNACOMPLEX#1-#120MULTIPLE SOURCES
2RNase PリボヌクレアーゼPCOMPLEX#1-#111NATURAL
3RNAリボ核酸COMPLEX#121RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Homo sapiens (ヒト)9606
23Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGlms
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 1.5625 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.66 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 287700 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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