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- PDB-6agb: Cryo-EM structure of yeast Ribonuclease P -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6agb
タイトルCryo-EM structure of yeast Ribonuclease P
要素
  • (Ribonuclease P ...リボヌクレアーゼP) x 2
  • (Ribonuclease P/MRP protein subunit ...) x 2
  • (Ribonucleases P/MRP protein subunit ...) x 5
  • RNases MRP/P 32.9 kDa subunit
キーワードHYDROLASE/RNA / Ribonuclease P (リボヌクレアーゼP) / RNA-protein complex / HYDROLASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease MRP activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, RNase MRP-dependent / intronic box C/D snoRNA processing / nucleolar ribonuclease P complex / ribonuclease MRP complex / ribonuclease P RNA binding / ribonuclease P complex / リボヌクレアーゼP / rRNA primary transcript binding / ribonuclease P activity ...ribonuclease MRP activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, RNase MRP-dependent / intronic box C/D snoRNA processing / nucleolar ribonuclease P complex / ribonuclease MRP complex / ribonuclease P RNA binding / ribonuclease P complex / リボヌクレアーゼP / rRNA primary transcript binding / ribonuclease P activity / telomerase holoenzyme complex / tRNA 5'-leader removal / tRNA processing / maturation of 5.8S rRNA / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / rRNA processing / RNA binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
RNase P, subunit Pop3 / RNase P subunit Pop3 / Ribonucleases P/MRP protein subunit Pop8 / : / Ribonucleases P/MRP protein subunit Pop8 / Ribonuclease P/MRP subunit Pop7, fungi / Pop1, N-terminal / POPLD domain / Ribonuclease P/MRP protein subunit Pop5 / Ribonucleases P/MRP protein subunit Pop1 ...RNase P, subunit Pop3 / RNase P subunit Pop3 / Ribonucleases P/MRP protein subunit Pop8 / : / Ribonucleases P/MRP protein subunit Pop8 / Ribonuclease P/MRP subunit Pop7, fungi / Pop1, N-terminal / POPLD domain / Ribonuclease P/MRP protein subunit Pop5 / Ribonucleases P/MRP protein subunit Pop1 / Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1, N-terminal / POPLD (NUC188) domain / Ribonucleases P/MRP protein subunit Rpp20/Pop7 / Rpp20 subunit of nuclear RNase MRP and P / RNase P subunit Pop5/Rpp14/Rnp2-like / Ribonuclease P/MRP subunit Rpp29 / RNase P subunit Pop5/Rpp14/Rnp2-like domain superfamily / Rpp14/Pop5 family / RNase P subunit p30 / Ribonuclease P subunit, Rpr2/Snm1/Rpp21 / RNase P subunit p30 / RNAse P Rpr2/Rpp21/SNM1 subunit domain / Alba-like domain / Ribonuclease P protein subunit Rpp29/RNP1 / Ribonuclease P/MRP subunit Rpp29 superfamily / Ribonuclease P/MRP, subunit p29 / A domain found in a protein subunit of human RNase MRP and RNase P ribonucleoprotein complexes and archaeal proteins. / Rof/RNase P-like / DNA/RNA-binding protein Alba-like / オールバニ / Alba-like domain superfamily / Polymerase/histidinol phosphatase-like / Translation Initiation Factor IF3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5 / Ribonucleases P/MRP protein subunit POP8 / Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7 / RNases MRP/P 32.9 kDa subunit / Ribonuclease P/MRP protein subunit RPP1 / Ribonuclease P protein subunit RPR2 ...: / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5 / Ribonucleases P/MRP protein subunit POP8 / Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7 / RNases MRP/P 32.9 kDa subunit / Ribonuclease P/MRP protein subunit RPP1 / Ribonuclease P protein subunit RPR2 / Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1 / Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6 / Ribonucleases P/MRP protein subunit POP3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.48 Å
データ登録者Lan, P. / Tan, M. / Wu, J. / Lei, M.
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Structural insight into precursor tRNA processing by yeast ribonuclease P.
著者: Pengfei Lan / Ming Tan / Yuebin Zhang / Shuangshuang Niu / Juan Chen / Shaohua Shi / Shuwan Qiu / Xuejuan Wang / Xiangda Peng / Gang Cai / Hong Cheng / Jian Wu / Guohui Li / Ming Lei /
要旨: Ribonuclease P (RNase P) is a universal ribozyme responsible for processing the 5'-leader of pre-transfer RNA (pre-tRNA). Here, we report the 3.5-angstrom cryo-electron microscopy structures of ...Ribonuclease P (RNase P) is a universal ribozyme responsible for processing the 5'-leader of pre-transfer RNA (pre-tRNA). Here, we report the 3.5-angstrom cryo-electron microscopy structures of RNase P alone and in complex with pre-tRNA The protein components form a hook-shaped architecture that wraps around the RNA and stabilizes RNase P into a "measuring device" with two fixed anchors that recognize the L-shaped pre-tRNA. A universally conserved uridine nucleobase and phosphate backbone in the catalytic center together with the scissile phosphate and the O3' leaving group of pre-tRNA jointly coordinate two catalytic magnesium ions. Binding of pre-tRNA induces a conformational change in the catalytic center that is required for catalysis. Moreover, simulation analysis suggests a two-metal-ion S2 reaction pathway of pre-tRNA cleavage. These results not only reveal the architecture of yeast RNase P but also provide a molecular basis of how the 5'-leader of pre-tRNA is processed by eukaryotic RNase P.
履歴
登録2018年8月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22019年2月20日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: entity / Item: _entity.pdbx_description
改定 1.32019年11月6日Group: Data collection / Other / カテゴリ: cell / Item: _cell.Z_PDB
改定 1.42024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9616
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease P RNA
B: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1
C: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP3
D: RNases MRP/P 32.9 kDa subunit
E: Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5
F: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6
G: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7
H: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP8
I: Ribonuclease P/MRP protein subunit RPP1
J: Ribonuclease P/MRP protein subunit RPP1
K: Ribonuclease P protein subunit RPR2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)425,18612
ポリマ－425,12111
非ポリマー651
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area61190 Å2
ΔGint-356 kcal/mol
Surface area160010 Å2

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要素

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Ribonuclease P ... , 2種, 2分子 AK

#1: RNA鎖 Ribonuclease P RNA


分子量: 118857.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: GenBank: 1163001456
#10: タンパク質 Ribonuclease P protein subunit RPR2 / リボヌクレアーゼP / RNA-processing protein RPR2 / RNase P 16.4 kDa subunit


分子量: 16375.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40571, リボヌクレアーゼP

-
Ribonucleases P/MRP protein subunit ... , 5種, 5分子 BCFGH

#2: タンパク質 Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1 / RNA-processing protein POP1 / RNases P/MRP 100.4 kDa subunit


分子量: 100559.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P41812, リボヌクレアーゼP
#3: タンパク質 Ribonucleases P/MRP protein subunit POP3 / RNA-processing protein POP3 / RNases MRP/P 22.6 kDa subunit


分子量: 22643.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53833
#6: タンパク質 Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6 / RNA-processing protein POP6 / RNases P/MRP 18.2 kDa subunit


分子量: 18234.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53218, リボヌクレアーゼP
#7: タンパク質 Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7 / RNA-processing protein POP7 / RNases P/MRP 15.8 kDa subunit


分子量: 15844.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38291, リボヌクレアーゼP
#8: タンパク質 Ribonucleases P/MRP protein subunit POP8 / RNA-processing protein POP8 / RNases P/MRP 15.5 kDa subunit


分子量: 15530.351 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38208, リボヌクレアーゼP

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Ribonuclease P/MRP protein subunit ... , 2種, 3分子 EIJ

#5: タンパク質 Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5 / RNA-processing protein POP5 / RNase P/MRP 19.6 kDa subunit


分子量: 19601.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P28005, リボヌクレアーゼP
#9: タンパク質 Ribonuclease P/MRP protein subunit RPP1 / RNA-processing protein RPP1 / RNaseP/MRP 32.2 kDa subunit


分子量: 32270.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38786, リボヌクレアーゼP

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 2分子 D

#11: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: タンパク質 RNases MRP/P 32.9 kDa subunit / RNA-processing protein POP4


分子量: 32933.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38336

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: RNase PリボヌクレアーゼP / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#10 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION回折
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.48 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 164765 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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