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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ab6 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of T=3 Penaeus vannamei nodavirus | ||||||
要素 | Capsid proteinカプシド | ||||||
キーワード | VIRUS LIKE PARTICLE (ウイルス様粒子) / Nodaviridae / shrimp nodavirus | ||||||
機能・相同性 | Icosahedral viral capsid protein, S domain / Viral coat protein (S domain) / T=3 icosahedral viral capsid / Viral coat protein subunit / structural molecule activity / カプシド 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Penaeus vannamei nodavirus (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, N.C. / Miyazaki, N. / Yoshimura, M. / Guan, H.H. / Lin, C.C. / Iwasaki, K. / Chen, C.J. | ||||||
資金援助 | 台湾, 1件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2019 タイトル: The atomic structures of shrimp nodaviruses reveal new dimeric spike structures and particle polymorphism. 著者: Nai-Chi Chen / Masato Yoshimura / Naoyuki Miyazaki / Hong-Hsiang Guan / Phimonphan Chuankhayan / Chien-Chih Lin / Shao-Kang Chen / Pei-Ju Lin / Yen-Chieh Huang / Kenji Iwasaki / Atsushi ...著者: Nai-Chi Chen / Masato Yoshimura / Naoyuki Miyazaki / Hong-Hsiang Guan / Phimonphan Chuankhayan / Chien-Chih Lin / Shao-Kang Chen / Pei-Ju Lin / Yen-Chieh Huang / Kenji Iwasaki / Atsushi Nakagawa / Sunney I Chan / Chun-Jung Chen / 要旨: Shrimp nodaviruses, including (PvNV) and nodaviruses (MrNV), cause white-tail disease in shrimps, with high mortality. The viral capsid structure determines viral assembly and host specificity ...Shrimp nodaviruses, including (PvNV) and nodaviruses (MrNV), cause white-tail disease in shrimps, with high mortality. The viral capsid structure determines viral assembly and host specificity during infections. Here, we show cryo-EM structures of = 3 and = 1 PvNV-like particles (PvNV-LPs), crystal structures of the protrusion-domains (P-domains) of PvNV and MrNV, and the crystal structure of the ∆N-ARM-PvNV shell-domain (S-domain) in = 1 subviral particles. The capsid protein of PvNV reveals five domains: the P-domain with a new jelly-roll structure forming cuboid-like spikes; the jelly-roll S-domain with two calcium ions; the linker between the S- and P-domains exhibiting new cross and parallel conformations; the N-arm interacting with nucleotides organized along icosahedral two-fold axes; and a disordered region comprising the basic -terminal arginine-rich motif (N-ARM) interacting with RNA. The N-ARM controls = 3 and = 1 assemblies. Increasing the /-termini flexibility leads to particle polymorphism. Linker flexibility may influence the dimeric-spike arrangement. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ab6.cif.gz | 174.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ab6.ent.gz | 137.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ab6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/6ab6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/6ab6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 9576MC 6999C 5ykuC 5ykvC 5ykxC 5ykzC 5yl0C 5yl1C 6ab5C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
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| x 5
4 |
| x 6
5 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40262.168 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Penaeus vannamei nodavirus (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5H7Q8 #2: 化合物 | ChemComp-CA / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Penaeus vannamei nodavirus / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: Penaeus vannamei nodavirus (ウイルス) | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||||||||
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE | |||||||||||||||
天然宿主 | 生物種: Litopenaeus vannamei | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: MOLYBDENUM / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 59000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2750 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1250 nm / Cs: 0.01 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2806 |
画像スキャン | 横: 4096 / 縦: 4096 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 42751 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 8596 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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