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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6a6r | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the modified fructosyl peptide oxidase from Aspergillus nidulans, Seleno-methionine Derivative | ||||||
要素 | Fructosyl amine: oxygen oxidoreductase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / fructosyl peptide / Aspergillus nidulans (アスペルギルス・ニデュランス) / FAD-binding protein | ||||||
機能・相同性 | D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / (4S,5S)-1,2-DITHIANE-4,5-DIOL / フラビンアデニンジヌクレオチド 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Aspergillus nidulans (アスペルギルス・ニデュランス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.609 Å | ||||||
データ登録者 | Ogawa, N. / Maruyama, Y. / Itoh, T. / Hashimoto, W. / Murata, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019 タイトル: Creation of haemoglobin A1c direct oxidase from fructosyl peptide oxidase by combined structure-based site specific mutagenesis and random mutagenesis. 著者: Ogawa, N. / Kimura, T. / Umehara, F. / Katayama, Y. / Nagai, G. / Suzuki, K. / Aisaka, K. / Maruyama, Y. / Itoh, T. / Hashimoto, W. / Murata, K. / Ichimura, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6a6r.cif.gz | 180.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6a6r.ent.gz | 149.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6a6r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/6a6r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/6a6r | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49143.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aspergillus nidulans (アスペルギルス・ニデュランス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-FAD / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.84 % 解説: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10.4 詳細: 1.75 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium sulfate, 0.08 M CAPS (N-cyclohexyl-3-aminopropanesulfonic acid) buffer (pH 10.4) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 0.9798 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9798 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 15887 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 44.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.41 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.609→41.152 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.41 詳細: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.609→41.152 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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