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- PDB-6a5r: RNA polymerase II elongation complex stalled at SHL(-2) of the nu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a5r
タイトルRNA polymerase II elongation complex stalled at SHL(-2) of the nucleosome
要素
  • (DNA (198-MER)) x 2
  • (DNA-directed RNA polymerase ...ポリメラーゼ) x 3
  • (RNA polymerase II ...RNAポリメラーゼII) x 4
  • (RNA polymerase subunit ...RNAポリメラーゼ) x 4
  • DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3RNAポリメラーゼ
  • Histone H2A type 1-B/E
  • Histone H2B type 1-J
  • Histone H3.3H3F3A
  • Histone H4ヒストンH4
  • RNA (5'-R(P*UP*CP*UP*CP*GP*UP*GP*CP*CP*UP*G)-3')
キーワードTRANSCRIPTION/RNA/DNA / nucleosome (ヌクレオソーム) / chromatin (クロマチン) / RNA polymerase (RNAポリメラーゼ) / TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / TRANSCRIPTION-RNA-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of septum digestion after cytokinesis / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / nuclear DNA-directed RNA polymerase complex / RPB4-RPB7 complex / RNA polymerase III activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / nucleosomal DNA binding / : / termination of RNA polymerase II transcription / termination of RNA polymerase III transcription ...regulation of septum digestion after cytokinesis / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / nuclear DNA-directed RNA polymerase complex / RPB4-RPB7 complex / RNA polymerase III activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / nucleosomal DNA binding / : / termination of RNA polymerase II transcription / termination of RNA polymerase III transcription / RNA polymerase I activity / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / tRNA transcription by RNA polymerase III / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase II activity / positive regulation of translational initiation / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I complex / transcription by RNA polymerase I / negative regulation of megakaryocyte differentiation / RNA polymerase III complex / transcription by RNA polymerase III / protein localization to CENP-A containing chromatin / RNA polymerase II, core complex / pericentric heterochromatin / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / translation initiation factor binding / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Inhibition of DNA recombination at telomere / Meiotic synapsis / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening / SUMOylation of chromatin organization proteins / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / DNAメチル化 / DNA-directed RNA polymerase complex / Condensation of Prophase Chromosomes / HCMV Late Events / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / innate immune response in mucosa / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / transcription elongation by RNA polymerase II / P-body / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / lipopolysaccharide binding / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / G2/M DNA damage checkpoint / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / HDMs demethylate histones / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / ribonucleoside binding / Metalloprotease DUBs / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / 遺伝的組換え / Pre-NOTCH Transcription and Translation / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / nucleosome assembly / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / UCH proteinases / ヌクレオソーム / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / single-stranded DNA binding / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / chromatin organization / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Processing of DNA double-strand break ends / HATs acetylate histones / antibacterial humoral response / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / positive regulation of cell growth / Oxidative Stress Induced Senescence / killing of cells of another organism / Estrogen-dependent gene expression / defense response to Gram-negative bacterium
類似検索 - 分子機能
DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily ...DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / S1 domain profile. / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / Rpb4/RPC9 superfamily / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / HRDC-like superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / S1 RNA binding domain / S1 domain / Histone H2B signature. / ヒストンH2B / ヒストンH2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / ヒストンH2A / Histone 2A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / ヒストンH4 / ヒストンH4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / Histone H3 signature 1. / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA (> 100) / リボ核酸 / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III / RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / RNA polymerase II subunit B32 ...デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA (> 100) / リボ核酸 / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III / RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / RNA polymerase II subunit B32 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / RNA polymerase II subunit B12.5 / DNA-directed RNA polymerase subunit / RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core / DNA-directed RNA polymerase subunit / RNA polymerase subunit ABC10-alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit / Histone H2A type 1-B/E / Histone H2B type 1-J / ヒストンH4 / Histone H3.3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Komagataella phaffii (菌類)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.7 Å
データ登録者Kujirai, T. / Ehara, H. / Fujino, Y. / Shirouzu, M. / Sekine, S. / Kurumizaka, H.
資金援助 日本, 6件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of ScienceJP25116002 日本
Japan Society for the Promotion of ScienceJP15H04344 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP18am0101076 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP18am0101082 日本
Japan Science and TechnologyJPMJCR16G1 日本
RIKEN Dynamic Structural Biology project 日本
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Structural basis of the nucleosome transition during RNA polymerase II passage.
著者: Tomoya Kujirai / Haruhiko Ehara / Yuka Fujino / Mikako Shirouzu / Shun-Ichi Sekine / Hitoshi Kurumizaka /
要旨: Genomic DNA forms chromatin, in which the nucleosome is the repeating unit. The mechanism by which RNA polymerase II (RNAPII) transcribes the nucleosomal DNA remains unclear. Here we report the cryo- ...Genomic DNA forms chromatin, in which the nucleosome is the repeating unit. The mechanism by which RNA polymerase II (RNAPII) transcribes the nucleosomal DNA remains unclear. Here we report the cryo-electron microscopy structures of RNAPII-nucleosome complexes in which RNAPII pauses at the superhelical locations SHL(-6), SHL(-5), SHL(-2), and SHL(-1) of the nucleosome. RNAPII pauses at the major histone-DNA contact sites, and the nucleosome interactions with the RNAPII subunits stabilize the pause. These structures reveal snapshots of nucleosomal transcription, in which RNAPII gradually tears DNA from the histone surface while preserving the histone octamer. The nucleosomes in the SHL(-1) complexes are bound to a "foreign" DNA segment, which might explain the histone transfer mechanism. These results provide the foundations for understanding chromatin transcription and epigenetic regulation.
履歴
登録2018年6月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22018年11月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年11月6日Group: Data collection / Other / カテゴリ: cell / Item: _cell.Z_PDB
改定 1.42024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

ムービー
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  • マップデータ: EMDB-6983
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit
B: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
C: RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core
D: RNA polymerase II subunit B32
E: RNA polymerase subunit ABC27, common to RNA polymerases I, II, and III
F: RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III
G: RNA polymerase II subunit
H: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
I: DNA-directed RNA polymerase subunit
J: RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III
K: RNA polymerase II subunit B12.5
L: RNA polymerase subunit ABC10-alpha
P: RNA (5'-R(P*UP*CP*UP*CP*GP*UP*GP*CP*CP*UP*G)-3')
T: DNA (198-MER)
N: DNA (198-MER)
a: Histone H3.3
b: Histone H4
c: Histone H2A type 1-B/E
d: Histone H2B type 1-J
e: Histone H3.3
f: Histone H4
g: Histone H2A type 1-B/E
h: Histone H2B type 1-J
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)748,60332
ポリマ－748,05623
非ポリマー5489
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area119700 Å2
ΔGint-836 kcal/mol
Surface area231280 Å2

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要素

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DNA-directed RNA polymerase ... , 3種, 3分子 ABI

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit / ポリメラーゼ / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpb1


分子量: 194107.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R4Y0, ポリメラーゼ
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / ポリメラーゼ / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpb2


分子量: 139746.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4QZQ7, ポリメラーゼ
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit / ポリメラーゼ


分子量: 13612.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: F2QPE6

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RNA polymerase II ... , 4種, 4分子 CDGK

#3: タンパク質 RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core / RNA polymerase II third largest subunit Rpb3


分子量: 34216.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R7L2
#4: タンパク質 RNA polymerase II subunit B32 / RNAポリメラーゼII


分子量: 20622.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R2U9
#7: タンパク質 RNA polymerase II subunit / RNAポリメラーゼII / RNA polymerase II subunit Rpb7


分子量: 18802.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R9A1
#11: タンパク質 RNA polymerase II subunit B12.5 / RNAポリメラーゼII


分子量: 13832.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R3Z5

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RNA polymerase subunit ... , 4種, 4分子 EFJL

#5: タンパク質 RNA polymerase subunit ABC27, common to RNA polymerases I, II, and III / RNAポリメラーゼ


分子量: 24962.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R3P8
#6: タンパク質 RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III / RNAポリメラーゼ


分子量: 17803.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R1V1
#10: タンパク質 RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III / RNAポリメラーゼ


分子量: 8554.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R009
#12: タンパク質 RNA polymerase subunit ABC10-alpha / RNAポリメラーゼ


分子量: 7862.048 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: F2QMI1

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タンパク質 , 5種, 9分子 Haebfcgdh

#8: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / RNAポリメラーゼ / RNA polymerase subunit ABC14.5 / common to RNA polymerases I / II / and III


分子量: 16249.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R273
#16: タンパク質 Histone H3.3 / H3F3A


分子量: 15643.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: H3F3A, H3.3A, H3F3, PP781, H3F3B, H3.3B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84243
#17: タンパク質 Histone H4 / ヒストンH4


分子量: 11676.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: HIST1H4A, H4/A, H4FA, HIST1H4B, H4/I, H4FI, HIST1H4C, H4/G, H4FG, HIST1H4D, H4/B, H4FB, HIST1H4E, H4/J, H4FJ, HIST1H4F, H4/C, H4FC, HIST1H4H, H4/H, H4FH, HIST1H4I, H4/M, H4FM, HIST1H4J, ...遺伝子: HIST1H4A, H4/A, H4FA, HIST1H4B, H4/I, H4FI, HIST1H4C, H4/G, H4FG, HIST1H4D, H4/B, H4FB, HIST1H4E, H4/J, H4FJ, HIST1H4F, H4/C, H4FC, HIST1H4H, H4/H, H4FH, HIST1H4I, H4/M, H4FM, HIST1H4J, H4/E, H4FE, HIST1H4K, H4/D, H4FD, HIST1H4L, H4/K, H4FK, HIST2H4A, H4/N, H4F2, H4FN, HIST2H4, HIST2H4B, H4/O, H4FO, HIST4H4
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62805
#18: タンパク質 Histone H2A type 1-B/E / Histone H2A / Histone H2A.2 / Histone H2A/a / Histone H2A/m


分子量: 14447.825 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIST1H2AB, H2AFM, HIST1H2AE, H2AFA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04908
#19: タンパク質 Histone H2B type 1-J / Histone H2B / Histone H2B.1 / Histone H2B.r / H2B/r


分子量: 14217.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIST1H2BJ, H2BFR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06899

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RNA鎖 , 1種, 1分子 P

#13: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*CP*UP*CP*GP*UP*GP*CP*CP*UP*G)-3')


分子量: 3436.050 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 TN

#14: DNA鎖 DNA (198-MER)


分子量: 60869.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#15: DNA鎖 DNA (198-MER)


分子量: 61406.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 2種, 9分子

#20: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#21: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: RNA polymerase II elongation complex stalled at SHL(-2) of the nucleosome
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#19 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1Gautomatch0.56粒子像選択
2SerialEM画像取得
4Gctf1.06CTF補正per-particle CTF
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10Cootモデル精密化
11RELION2.1初期オイラー角割当
12RELION2.1最終オイラー角割当
13RELION2.1分類
14RELION2.1３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 8.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 8798 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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