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万見
- PDB-5zni: Plasmodium falciparum purine nucleoside phosphorylase in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zni
タイトルPlasmodium falciparum purine nucleoside phosphorylase in complex with mefloquine
要素Purine nucleoside phosphorylase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / nucleoside phosphorylase
機能・相同性
機能・相同性情報


S-methyl-5'-thioinosine phosphorylase / guanosine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine ribonucleoside salvage
類似検索 - 分子機能
Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リン酸塩 / メフロキン / Purine nucleoside phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Chen, D. / Nordlund, P. / Dziekan, J.M.
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2019
タイトル: Identifying purine nucleoside phosphorylase as the target of quinine using cellular thermal shift assay.
著者: Dziekan, J.M. / Yu, H. / Chen, D. / Dai, L. / Wirjanata, G. / Larsson, A. / Prabhu, N. / Sobota, R.M. / Bozdech, Z. / Nordlund, P.
履歴
登録2018年4月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3643
ポリマ－26,8911
非ポリマー4732
水1,47782
1
A: Purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,18718
ポリマ－161,3476
非ポリマー2,84012
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
crystal symmetry operation10_455y-1/3,x+1/3,-z+1/31
crystal symmetry operation11_565x-y+2/3,-y+4/3,-z+1/31
crystal symmetry operation12_555-x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/31
Buried area21990 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area46220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.591, 95.591, 136.571
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Purine nucleoside phosphorylase /


分子量: 26891.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: PNP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8T9Z7, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-YMZ / Mefloquine / (+)-メフロキン / メフロキン


分子量: 378.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H16F6N2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M magnesium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→25.94 Å / Num. obs: 10842 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 21.6 / Num. measured all: 59291 / Scaling rejects: 330
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.3-2.385.60.09594910650.9970.0420.110.5100
8.91-25.9440.0256921740.9980.0140.02929.583.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
Aimless0.5.32データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SQ6

1sq6


解像度: 2.3→25.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 7.093 / SU ML: 0.172 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.349 / ESU R Free: 0.247
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2459 534 4.9 %RANDOM
Rwork0.1793 ---
obs0.1827 10274 99.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 97.26 Å2 / Biso mean: 27.76 Å2 / Biso min: 6.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.3 Å2-1.15 Å20 Å2
2---2.3 Å20 Å2
3---7.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→25.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1754 0 31 82 1867
Biso mean--66.67 28.4 -
残基数----231
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0191825
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021737
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7461.9942473
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.03834032
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5795231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.87524.58372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.63315319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.563159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2285
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022001
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02341
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 37 -
Rwork0.231 739 -
all-776 -
obs--97.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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