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- PDB-5zfj: Crystal structure of a cyclase Filc from Fischerella sp. in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zfj
タイトルCrystal structure of a cyclase Filc from Fischerella sp. in complex with 4-(1H-Indol-3-yl)butan-2-one
要素acyclase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / prenyltransferase (プレニル基転移酵素)
機能・相同性4-(1~{H}-indol-3-yl)butan-2-one / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 12-epi-hapalindole U synthase
機能・相同性情報
生物種Mastigocladus laminosus UTEX LB 1931 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Hu, X.Y. / Liu, W.D. / Chen, C.C. / Guo, R.T.
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2018
タイトル: The Crystal Structure of a Class of Cyclases that Catalyze the Cope Rearrangement
著者: Chen, C.C. / Hu, X. / Tang, X. / Yang, Y. / Ko, T.P. / Gao, J. / Zheng, Y. / Huang, J.W. / Yu, Z. / Li, L. / Han, S. / Cai, N. / Zhang, Y. / Liu, W. / Guo, R.T.
履歴
登録2018年3月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月26日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: acyclase
B: acyclase
C: acyclase
D: acyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,33520
ポリマ－98,8234
非ポリマー1,51216
水13,926773
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6410 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area31970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.203, 255.055, 36.183
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
acyclase / FilC1


分子量: 24705.799 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mastigocladus laminosus UTEX LB 1931 (バクテリア)
株: UTEX LB 1931 / 遺伝子: filC1 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1P8VSI6

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非ポリマー , 6種, 789分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-9BF / 4-(1~{H}-indol-3-yl)butan-2-one / 4-(1H-インド-ル-3-イル)-2-ブタノン


分子量: 187.238 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H13NO
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 773 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細This sequence is from ncbi with protein id APZ79579.1.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.26 % / Mosaicity: 0.621 °
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1.0M sodium citrate, 0.1M Imidazole pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月4日
放射モノクロメーター: LN2 cooled Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→25 Å / Num. obs: 69836 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.085 / Χ2: 0.715 / Net I/σ(I): 6.8 / Num. measured all: 513137
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.86-1.956.30.47966050.8760.2080.5250.47299.2
1.95-2.036.80.36967230.9480.1550.4020.51499.8
2.03-2.127.20.30267100.9670.1230.3270.56599.9
2.12-2.237.60.25566970.9760.1010.2740.563100
2.23-2.3780.2267380.9870.0850.2360.596100
2.37-2.558.10.17167620.9920.0650.1840.669100
2.55-2.818.10.12468070.9950.0470.1330.73599.9
2.81-3.218.10.07467940.9980.0280.0790.84399.9
3.21-4.057.80.04869090.9990.0180.0511.01999.4
4.05-257.40.03271760.9990.0130.0351.06599.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0230精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YVK

5yvk


解像度: 1.86→24.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 3.65 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2005 3548 5.1 %RANDOM
Rwork0.16942 ---
obs0.17102 66159 99.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.201 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.09 Å20 Å2-0 Å2
2---2.19 Å20 Å2
3---0.1 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.86→24.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6132 0 93 773 6998
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0146420
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175631
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5081.6768684
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0231.65913159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8385792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.3424.359312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.27815940
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5281520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2827
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.027200
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021216
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6462.8513210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6362.8493203
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4934.2583968
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.4944.2583969
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9913.3193210
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.993.3193211
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.8874.8194717
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.54758.96432839
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.47358.57932094
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.86→1.908 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 235 -
Rwork0.303 4685 -
obs--95.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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