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- PDB-5zet: M. smegmatis P/P state 50S ribosomal subunit -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zet
タイトルM. smegmatis P/P state 50S ribosomal subunit
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 31
  • 23S rRNA23SリボソームRNA
  • P-tRNAfMet
  • Uncharacterized protein bL37
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / translating-state / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex ...large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L10, N-terminal RNA-binding domain / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain / Ribosomal protein L33 / Helix Hairpins - #3980 / Ribosomal protein L17 / 50s Ribosomal Protein L17; Chain: A, / Ribosomal protein L11/L12, C-terminal domain / Ribosomal protein L30/L7 / Nucleotidyltransferase; domain 5 - #100 ...Ribosomal protein L10, N-terminal RNA-binding domain / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain / Ribosomal protein L33 / Helix Hairpins - #3980 / Ribosomal protein L17 / 50s Ribosomal Protein L17; Chain: A, / Ribosomal protein L11/L12, C-terminal domain / Ribosomal protein L30/L7 / Nucleotidyltransferase; domain 5 - #100 / Ribosomal protein L16/L10 / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal Protein L14 / Ribosomal protein L14/L23 / Ribosomal Protein L22; Chain A / Ribosomal Protein L30; Chain: A, / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 / Rubrerythrin, domain 2 / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein L10 / : / RRM (RNA recognition motif) domain / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Single Sheet / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33
類似検索 - ドメイン・相同性
: / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL33A / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 ...: / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL33A / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL25
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Mishra, S. / Ahmed, T. / Tyagi, A. / Shi, J. / Bhushan, S.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education (Singapore) シンガポール
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Structures of Mycobacterium smegmatis 70S ribosomes in complex with HPF, tmRNA, and P-tRNA.
著者: Satabdi Mishra / Tofayel Ahmed / Anu Tyagi / Jian Shi / Shashi Bhushan /
要旨: Ribosomes are the dynamic protein synthesis machineries of the cell. They may exist in different functional states in the cell. Therefore, it is essential to have structural information on these ...Ribosomes are the dynamic protein synthesis machineries of the cell. They may exist in different functional states in the cell. Therefore, it is essential to have structural information on these different functional states of ribosomes to understand their mechanism of action. Here, we present single particle cryo-EM reconstructions of the Mycobacterium smegmatis 70S ribosomes in the hibernating state (with HPF), trans-translating state (with tmRNA), and the P/P state (with P-tRNA) resolved to 4.1, 12.5, and 3.4 Å, respectively. A comparison of the P/P state with the hibernating state provides possible functional insights about the Mycobacteria-specific helix H54a rRNA segment. Interestingly, densities for all the four OB domains of bS1 protein is visible in the hibernating 70S ribosome displaying the molecular details of bS1-70S interactions. Our structural data shows a Mycobacteria-specific H54a-bS1 interaction which seems to prevent subunit dissociation and degradation during hibernation without the formation of 100S dimer. This indicates a new role of bS1 protein in 70S protection during hibernation in Mycobacteria in addition to its conserved function during translation initiation.
履歴
登録2018年2月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6922
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 50S ribosomal protein L2
D: 50S ribosomal protein L3
E: 50S ribosomal protein L4
F: 50S ribosomal protein L5
G: 50S ribosomal protein L6
H: 50S ribosomal protein L9
I: 50S ribosomal protein L10
J: 50S ribosomal protein L11
K: 50S ribosomal protein L13
L: 50S ribosomal protein L14
M: 50S ribosomal protein L15
N: 50S ribosomal protein L16
O: 50S ribosomal protein L17
P: 50S ribosomal protein L18
Q: 50S ribosomal protein L19
R: 50S ribosomal protein L20
S: 50S ribosomal protein L21
T: 50S ribosomal protein L22
U: 50S ribosomal protein L23
V: 50S ribosomal protein L24
W: 50S ribosomal protein L25
X: 50S ribosomal protein L27
Y: 50S ribosomal protein L28
Z: 50S ribosomal protein L29
B: P-tRNAfMet
A: 23S rRNA
1: 50S ribosomal protein L30
2: 50S ribosomal protein L31
3: 50S ribosomal protein L32
4: 50S ribosomal protein L33 1
5: 50S ribosomal protein L34
6: 50S ribosomal protein L35
7: 50S ribosomal protein L36
8: Uncharacterized protein bL37


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,485,56134
ポリマ－1,485,56134
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area168240 Å2
ΔGint-1402 kcal/mol
Surface area528070 Å2

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要素

+
50S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 CDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ1234567

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L2 / / uL2


分子量: 30425.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSD4
#2: タンパク質 50S ribosomal protein L3 / / uL3


分子量: 23011.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSD1
#3: タンパク質 50S ribosomal protein L4 / / uL4


分子量: 22920.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSD2
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L5 / / uL5


分子量: 21152.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSG1
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L6 / / uL6


分子量: 19483.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSG4
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L9 / / bL9


分子量: 15949.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0R7F6
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L10 / / uL10


分子量: 18035.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QS62
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L11 / / uL11


分子量: 15023.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QS45
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L13 / / uL13


分子量: 16146.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSP8
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L14 / / uL14


分子量: 13400.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSF9
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L15 / / uL15


分子量: 15602.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSG8
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L16 / / uL16


分子量: 15774.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSD8
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L17 / / bL17


分子量: 21892.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSL9
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L18 / / uL18


分子量: 13711.728 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: I7FGD9, UniProt: A0QSG5*PLUS
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L19 / / bL19


分子量: 12892.806 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QV42
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L20 / / bL20


分子量: 14494.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QYU6
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L21 / / bL21


分子量: 11055.894 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0R151
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L22 / / uL22


分子量: 16353.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSD6
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L23 / / uL23


分子量: 11047.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSD3
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L24 / / uL24


分子量: 11228.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSG0
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / / bL25 / General stress protein CTC


分子量: 22571.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: I7GFB2, UniProt: A0R3D2*PLUS
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L27 / / bL27


分子量: 9249.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0R150
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L28 / / bL28


分子量: 6891.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: I7FJ52, UniProt: A0QV03*PLUS
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L29 / / uL29


分子量: 8790.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSD9
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L30 / / uL30


分子量: 7022.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSG7
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L31 / / bL31


分子量: 8312.485 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0R215
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L32 / / bL32


分子量: 6467.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0R3I9
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L33 1 / リボソーム / bL33


分子量: 6468.501 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QS39
#31: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34 / / bL34


分子量: 5522.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0R7K0
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L35 / / bL35


分子量: 7298.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QYU7
#33: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 / / bL36


分子量: 4341.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSL4

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 BA

#25: RNA鎖 P-tRNAfMet


分子量: 38038.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: GenBank: 118168627
#26: RNA鎖 23S rRNA / 23SリボソームRNA


分子量: 1012140.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: GenBank: 118168627

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 8

#34: タンパク質・ペプチド Uncharacterized protein bL37


分子量: 2841.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QTP4

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Translating-state 50S ribosome structure from M.smegmatis
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
細胞内の位置: cytoplasm
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 1.5 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 391837 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.2 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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