PDB-5z75: Artificial L-threonine 3-dehydrogenase designed by ancestral sequ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5z75

タイトル

Artificial L-threonine 3-dehydrogenase designed by ancestral sequence reconstruction.

要素

Artificial L-threonine 3-dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

ancestral sequence reconstruction /

L-threonine 3-dehydrogenase (L-トレオニン-3-デヒドロゲナーゼ)

機能・相同性

NAD(P)-binding Rossmann-like Domain /

ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE /

リン酸塩

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Nakano, S. / Motoyama, T. / Miyashita, Y. / Ishizuka, Y. / Matsuo, N. / Tokiwa, H. / Shinoda, S. / Asano, Y. / Ito, S.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Benchmark Analysis of Native and Artificial NAD+-Dependent Enzymes Generated by a Sequence-Based Design Method with or without Phylogenetic Data.
著者: Nakano, S. / Motoyama, T. / Miyashita, Y. / Ishizuka, Y. / Matsuo, N. / Tokiwa, H. / Shinoda, S. / Asano, Y. / Ito, S.

履歴

登録	2018年1月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年8月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5z75.cif.gz	269.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5z75.ent.gz	216.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5z75.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/5z75 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/5z75	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5z76C 3wmxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3wmx-2 2yy7-d 3a4v-d 6f6b-1 4hr5-1 6z5h-2 5vg6-3 3ly9-1 4p1n-d 2q5t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Artificial L-threonine 3-dehydrogenase

B: Artificial L-threonine 3-dehydrogenase

C: Artificial L-threonine 3-dehydrogenase

D: Artificial L-threonine 3-dehydrogenase

ヘテロ分子

152 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Artificial L-threonine 3-dehydrogenase

B: Artificial L-threonine 3-dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
76.1 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Artificial L-threonine 3-dehydrogenase

D: Artificial L-threonine 3-dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.556, 112.694, 92.896
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.67, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 0

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	1 - 303	22 - 324
2	1	B	B	1 - 303	22 - 324
1	2	A	A	1 - 303	22 - 324
2	2	C	C	1 - 303	22 - 324
1	3	A	A	1 - 303	22 - 324
2	3	D	D	1 - 303	22 - 324
1	4	B	B	1 - 306	22 - 327
2	4	C	C	1 - 306	22 - 327
1	5	B	B	1 - 306	22 - 327
2	5	D	D	1 - 306	22 - 327
1	6	C	C	1 - 306	22 - 327
2	6	D	D	1 - 306	22 - 327

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Artificial L-threonine 3-dehydrogenase 分子量: 37009.844 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド分子量: 663.425 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 414.488 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₈O₁₀ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 522 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.37 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2M potassium phosphate monobasic

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→92.7 Å / Num. obs: 73459 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 32.5
反射シェル	解像度: 2.1→2.16 Å / R_merge(I) obs: 0.428 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Num. unique obs: 3652 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3WMX

3wmx

解像度: 2.1→92.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 5.52 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.254 / ESU R Free: 0.195 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23513	3612	4.9 %	RANDOM
R_work	0.19278	-	-	-
obs	0.19491	69820	99.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.065 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	-0 Å²	-0.01 Å²
2-	-	-0.01 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.1→92.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9750	0	251	522	10523

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	10240
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	9521
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.2	1.991	13888
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.055	3	22114
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.63	5	1220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.906	24.978	456
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.589	15	1749
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.416	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	1495
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.015	0.021	11205
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.011	0.02	2140
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.982	3.279	4892
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.982	3.279	4891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.559	4.9	6108
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.558	4.901	6109
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.079	3.798	5348
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.079	3.797	5320
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.312	5.472	7739
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.365	26.872	12135
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.365	26.868	12127
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	37046	0.11
1	2	B	37046	0.11
2	1	A	36592	0.11
2	2	C	36592	0.11
3	1	A	37330	0.1
3	2	D	37330	0.1
4	1	B	37546	0.11
4	2	C	37546	0.11
5	1	B	38878	0.09
5	2	D	38878	0.09
6	1	C	37596	0.11
6	2	D	37596	0.11

LS精密化シェル

解像度: 2.102→2.156 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.306	278	-
R_work	0.245	5045	-
obs	-	-	98.61 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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