PDB-5z09: ST0452(Y97N)-UTP binding form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5z09

タイトル

ST0452(Y97N)-UTP binding form

要素

Dual sugar-1-phosphate nucleotidylyltransferase

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / UTP binding

機能・相同性

機能・相同性情報

galactosamine-1-phosphate N-acetyltransferase /

UDP-N-acetylgalactosamine diphosphorylase /

UDP-N-acetylgalactosamine diphosphorylase activity /

UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UTP:glucose-1-phosphate uridylyltransferase activity /

glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase /

glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase activity /

glucose-1-phosphate thymidylyltransferase /

glucose-1-phosphate thymidylyltransferase activity /

UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfolobus tokodaii (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.91 Å

データ登録者

Honda, Y. / Nakano, S. / Ito, S. / Dadashipour, M. / Zhang, Z. / Kawarabayasi, Y.

引用

ジャーナル: Appl. Environ. Microbiol. / 年: 2018
タイトル: Improvement of ST0452N-Acetylglucosamine-1-Phosphate Uridyltransferase Activity by the Cooperative Effect of Two Single Mutations Identified through Structure-Based Protein Engineering
著者: Honda, Y. / Nakano, S. / Ito, S. / Dadashipour, M. / Zhang, Z. / Kawarabayasi, Y.

履歴

登録	2017年12月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年10月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年12月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5z09.cif.gz	458.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5z09.ent.gz	373.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5z09.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/5z09 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/5z09	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5z0aC 2ggoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5z0a-2 2ggq-2 5z0a-1 2ggo-2 6spa-d 3gtt-d 6sph-d 4ja4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (2) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (3) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (3) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#254 - 2021年2月
セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase)
類似性 (2)
#165 - 2013年9月
人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages)
類似性 (3)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (3)
#49 - 2004年1月
炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase)
類似性 (3)
#156 - 2012年12月
ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Dual sugar-1-phosphate nucleotidylyltransferase

B: Dual sugar-1-phosphate nucleotidylyltransferase

C: Dual sugar-1-phosphate nucleotidylyltransferase

D: Dual sugar-1-phosphate nucleotidylyltransferase

E: Dual sugar-1-phosphate nucleotidylyltransferase

F: Dual sugar-1-phosphate nucleotidylyltransferase

ヘテロ分子

276 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dual sugar-1-phosphate nucleotidylyltransferase

ヘテロ分子

F: Dual sugar-1-phosphate nucleotidylyltransferase

B: Dual sugar-1-phosphate nucleotidylyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
138 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Dual sugar-1-phosphate nucleotidylyltransferase

ヘテロ分子

E: Dual sugar-1-phosphate nucleotidylyltransferase

D: Dual sugar-1-phosphate nucleotidylyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
138 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	210.662, 88.417, 179.339
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 121.59, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 1 - 401 / Label seq-ID: 1 - 401

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Dual sugar-1-phosphate nucleotidylyltransferase 分子量: 45595.430 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfolobus tokodaii (strain DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7) (古細菌) 株: DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7 / 遺伝子: ST0452, STK_04520 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q975F9, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-UTP / URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / UTP / ウリジン三リン酸分子量: 484.141 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₅N₂O₁₅P₃ / コメント: UTP*YM

#1: タンパク質

Dual sugar-1-phosphate nucleotidylyltransferase

分子量: 45595.430 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Sulfolobus tokodaii (strain DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7) (古細菌)
株: DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7 / 遺伝子: ST0452, STK_04520 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q975F9,

転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの

#2: 化合物

ChemComp-UTP / URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / UTP /

ウリジン三リン酸

分子量: 484.141 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₅N₂O₁₅P₃ / コメント: UTP*YM

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.7 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20%(w/v) PEG3350, 0.2M potassium citrate tribasic monohydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→153 Å / Num. obs: 61139 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 16.6
反射シェル	解像度: 2.9→2.98 Å / R_merge(I) obs: 0.513 / Num. unique obs: 3018

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2GGO

2ggo

解像度: 2.91→152.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.899 / SU B: 19.996 / SU ML: 0.365 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.445 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26662	3064	5 %	RANDOM
R_work	0.20884	-	-	-
obs	0.21176	58075	98.47 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 83.069 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	-0 Å²	0.04 Å²
2-	-	-0.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.91→152.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18198	0	116	0	18314

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.019	18632
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	18503
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.036	1.981	25173
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.841	3	42693
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	11.3	5	2326
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.771	25.229	765
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.473	15	3439
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.127	15	77
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	2876
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	20621
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	3878
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	9.642	7.926	9337
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	9.638	7.925	9336
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	13.73	11.876	11652
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	13.731	11.877	11653
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	10.004	8.616	9293
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	9.977	8.612	9281
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	14.801	12.643	13500
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	18.039	62.417	20236
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	18.019	62.4	20230
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	53858	0.05
1	2	B	53858	0.05
2	1	A	54322	0.04
2	2	C	54322	0.04
3	1	A	54162	0.05
3	2	D	54162	0.05
4	1	A	47602	0.08
4	2	E	47602	0.08
5	1	A	46694	0.08
5	2	F	46694	0.08
6	1	B	54206	0.04
6	2	C	54206	0.04
7	1	B	53848	0.05
7	2	D	53848	0.05
8	1	B	47754	0.07
8	2	E	47754	0.07
9	1	B	46624	0.08
9	2	F	46624	0.08
10	1	C	54312	0.05
10	2	D	54312	0.05
11	1	C	47844	0.07
11	2	E	47844	0.07
12	1	C	46806	0.08
12	2	F	46806	0.08
13	1	D	47952	0.07
13	2	E	47952	0.07
14	1	D	46994	0.08
14	2	F	46994	0.08
15	1	E	46108	0.09
15	2	F	46108	0.09

LS精密化シェル

解像度: 2.908→2.984 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.35	199	-
R_work	0.32	3960	-
obs	-	-	91.27 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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