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万見
- PDB-5yi5: human ferritin mutant - E-helix deletion -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yi5
タイトルhuman ferritin mutant - E-helix deletion
要素Ferritin heavy chainフェリチン
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / ferritin (フェリチン) / cage / drug delivery (ドラッグデリバリーシステム)
機能・相同性
機能・相同性情報


iron ion sequestering activity / Scavenging by Class A Receptors / intracellular ferritin complex / オートファゴソーム / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding ...iron ion sequestering activity / Scavenging by Class A Receptors / intracellular ferritin complex / オートファゴソーム / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding / ferrous iron binding / Iron uptake and transport / tertiary granule lumen / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / ficolin-1-rich granule lumen / 免疫応答 / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / フェリチン / フェリチン / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain ...Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / フェリチン / フェリチン / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ferritin heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Lee, S.G. / Yoon, H.R. / Ahn, B.J. / Jeong, H. / Hyun, J. / Jung, Y. / Kim, H.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
韓国
引用ジャーナル: Angew Chem Int Ed Engl / 年: 2018
タイトル: Four-fold Channel-Nicked Human Ferritin Nanocages for Active Drug Loading and pH-Responsive Drug Release.
著者: Byungjun Ahn / Seong-Gyu Lee / Hye Ryeon Yoon / Jeong Min Lee / Hyeok Jin Oh / Ho Min Kim / Yongwon Jung /
要旨: Human ferritins are emerging platforms for non-toxic protein-based drug delivery, owing to their intrinsic or acquirable targeting abilities to cancer cells and hollow cage structures for drug ...Human ferritins are emerging platforms for non-toxic protein-based drug delivery, owing to their intrinsic or acquirable targeting abilities to cancer cells and hollow cage structures for drug loading. However, reliable strategies for high-level drug encapsulation within ferritin cavities and prompt cellular drug release are still lacking. Ferritin nanocages were developed with partially opened hydrophobic channels, which provide stable routes for spontaneous and highly accumulated loading of Fe -conjugated drugs as well as pH-responsive rapid drug release at endoplasmic pH. Multiple cancer-related compounds, such as doxorubicin, curcumin, and quercetin, were actively and heavily loaded onto the prepared nicked ferritin. Drugs on these minimally modified ferritins were effectively delivered inside cancer cells with high toxicity.
履歴
登録2017年10月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Other / カテゴリ: cell / Item: _cell.Z_PDB
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6830
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin heavy chain
B: Ferritin heavy chain
C: Ferritin heavy chain
D: Ferritin heavy chain
E: Ferritin heavy chain
F: Ferritin heavy chain
G: Ferritin heavy chain
H: Ferritin heavy chain
I: Ferritin heavy chain
J: Ferritin heavy chain
K: Ferritin heavy chain
L: Ferritin heavy chain
M: Ferritin heavy chain
N: Ferritin heavy chain
O: Ferritin heavy chain
P: Ferritin heavy chain
Q: Ferritin heavy chain
R: Ferritin heavy chain
S: Ferritin heavy chain
T: Ferritin heavy chain
U: Ferritin heavy chain
V: Ferritin heavy chain
W: Ferritin heavy chain
X: Ferritin heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)494,59524
ポリマ－494,59524
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area88190 Å2
ΔGint-337 kcal/mol
Surface area162770 Å2

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要素

#1: タンパク質 ...
Ferritin heavy chain / フェリチン / Ferritin H subunit / Cell proliferation-inducing gene 15 protein


分子量: 20608.105 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTH1, FTH, FTHL6, OK/SW-cl.84, PIG15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02794, ferroxidase

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: human ferritin E-helix deletion mutant / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.42 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.2 / 詳細: buffers were titrated with HCl to pH7.2
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
250 mMtris(hydroxymethyl)aminomethaneTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタン1
試料濃度: 0.05 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: this sample was monodisperse
試料支持詳細: the grid was coated with graphene oxide prior to use
グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 276 K / 詳細: blot for 9 seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 47000 X / Cs: 0.002 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.8 sec. / 電子線照射量: 2 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 30 / 利用したフレーム数/画像: 2-29

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2RELION2画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7UCSF Chimera1.10.2モデルフィッティング
9RELION2初期オイラー角割当
10RELION2最終オイラー角割当
11RELION2分類
12RELION2３次元再構成
13PHENIX1.10.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 623510
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 429135 / 詳細: relion2.0 program was used for the reconstruction / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 29.56 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 4Y08

4y08


PDB chain-ID: A / Accession code: 4Y08 / Pdb chain residue range: 5-160 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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