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- PDB-5yb7: L-Amino acid oxidase/monooxygenase from Pseudomonas sp. AIU 813 -... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yb7
タイトルL-Amino acid oxidase/monooxygenase from Pseudomonas sp. AIU 813 - L-ornithine complex
要素L-amino acid oxidase/monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / L-amino acid oxidase/monooxygenase / flavin-containing monoamine oxidase family / flavin monooxygenases / L-ornithine (オルニチン)
機能・相同性
機能・相同性情報


トリプトファン-2-モノオキシゲナーゼ / monooxygenase activity
類似検索 - 分子機能
Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 - #40 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 - #10 / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily ...Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 - #40 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 - #10 / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
フラビンアデニンジヌクレオチド / オルニチン / トリプトファン-2-モノオキシゲナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas sp. AIU 813 (シュードモナス属)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Im, D. / Matsui, D. / Arakawa, T. / Isobe, K. / Asano, Y. / Fushinobu, S.
引用ジャーナル: FEBS Open Bio / 年: 2018
タイトル: Ligand complex structures of l-amino acid oxidase/monooxygenase from
著者: Im, D. / Matsui, D. / Arakawa, T. / Isobe, K. / Asano, Y. / Fushinobu, S.
履歴
登録2017年9月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-amino acid oxidase/monooxygenase
B: L-amino acid oxidase/monooxygenase
C: L-amino acid oxidase/monooxygenase
D: L-amino acid oxidase/monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)262,26716
ポリマ－258,0674
非ポリマー4,19912
水14,268792
1
A: L-amino acid oxidase/monooxygenase
C: L-amino acid oxidase/monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,1338
ポリマ－129,0342
非ポリマー2,1006
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7570 Å2
ΔGint-27.5 kcal/mol
Surface area37100 Å2
手法PISA
2
B: L-amino acid oxidase/monooxygenase
D: L-amino acid oxidase/monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,1338
ポリマ－129,0342
非ポリマー2,1006
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7590 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area37000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.600, 132.900, 101.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.500, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112A1 - 600
2112B1 - 600
3112C1 - 600
4112D1 - 600

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.47269, 0.00365, -0.881222), (0.00359, -0.999991, -0.002216), (-0.881222, -0.002116, -0.472698)28.41823, -8.42104, 47.502399
3given(-0.688317, 0.505702, 0.520082), (0.497168, -0.193219, 0.845867), (0.528247, 0.840792, -0.118423)16.64119, -32.232811, 20.887239
4given(-0.782447, -0.508546, 0.359385), (-0.510341, 0.192973, -0.838041), (0.356831, -0.839132, -0.410523)17.48921, 23.76466, 23.15801

-
要素

#1: タンパク質
L-amino acid oxidase/monooxygenase


分子量: 64516.871 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas sp. AIU 813 (シュードモナス属)
遺伝子: laao, mog / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W6JQJ6
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-ORN / L-ornithine / オルニチン / オルニチン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 132.161 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12N2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 792 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.15 M DL-Malic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月29日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→94.81 Å / Num. obs: 156339 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.779 % / Biso Wilson estimate: 37.122 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rrim(I) all: 0.063 / Χ2: 0.951 / Net I/σ(I): 16.01
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2-2.153.7460.4073.7300600.9170.47498
2.15-2.323.8130.2545.8256440.9650.29699
2.32-2.553.8150.1548.87246960.9860.1899.1
2.55-2.923.8070.08913.89252430.9940.10499.3
2.92-3.683.7830.04325.08253090.9980.05199.5
3.68-103.7240.02640.55241240.9990.03199.3
10-153.6740.01848.949180.9990.02198.4
15-94.813.3880.02145.363450.9990.02584.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSdata processing
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WE0

3we0


解像度: 2→94.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 5.285 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.175
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2398 2015 1.4 %RANDOM
Rwork0.1979 ---
obs0.1985 144806 93.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 124.65 Å2 / Biso mean: 36.414 Å2 / Biso min: 14.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20.01 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→94.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17220 0 275 792 18287
Biso mean--31.9 35.3 -
残基数----2197
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.01918021
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0216641
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7691.95624519
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.988338289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.47952194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.10423.459821
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.104152785
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.69415116
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.22581
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02120385
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.024283
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A5186MEDIUM POSITIONAL0.040.5
2B5186MEDIUM POSITIONAL0.040.5
3C5186MEDIUM POSITIONAL0.040.5
4D5186MEDIUM POSITIONAL0.040.5
1A3205TIGHT THERMAL70.5
2B3205TIGHT THERMAL6.890.5
3C3205TIGHT THERMAL6.380.5
4D3205TIGHT THERMAL7.690.5
1A5186MEDIUM THERMAL7.322
2B5186MEDIUM THERMAL7.22
3C5186MEDIUM THERMAL6.752
4D5186MEDIUM THERMAL8.092
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 135 -
Rwork0.291 9482 -
all-9617 -
obs--82.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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