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- PDB-5xzc: Cryo-EM structure of p300-p53 protein complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xzc
タイトルCryo-EM structure of p300-p53 protein complex
要素
  • Cellular tumor antigen p53P53遺伝子
  • Histone acetyltransferase p300
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / transcription factor (転写因子) / autoacetylation / allosteric interaction / catalytically active form
機能・相同性
機能・相同性情報


behavioral defense response / protein propionyltransferase activity / peptidyl-lysine propionylation / histone lactyltransferase activity / peptidyl-lysine crotonylation / peptidyl-lysine butyrylation / histone butyryltransferase activity / histone H3K122 acetyltransferase activity / 水泳 / peptide butyryltransferase activity ...behavioral defense response / protein propionyltransferase activity / peptidyl-lysine propionylation / histone lactyltransferase activity / peptidyl-lysine crotonylation / peptidyl-lysine butyrylation / histone butyryltransferase activity / histone H3K122 acetyltransferase activity / 水泳 / peptide butyryltransferase activity / histone H2B acetyltransferase activity / 走性 / peptide 2-hydroxyisobutyryltransferase activity / histone crotonyltransferase activity / NOTCH2 intracellular domain regulates transcription / lysine N-acetyltransferase activity, acting on acetyl phosphate as donor / peptidyl-lysine acetylation / histone H3 acetyltransferase activity / histone H4 acetyltransferase activity / cellular response to L-leucine / internal peptidyl-lysine acetylation / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / peptide N-acetyltransferase activity / acetylation-dependent protein binding / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / NGF-stimulated transcription / histone H3K27 acetyltransferase activity / histone H3K18 acetyltransferase activity / Polo-like kinase mediated events / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / regulation of androgen receptor signaling pathway / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / positive regulation by host of viral transcription / Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / : / : / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / negative regulation of pentose-phosphate shunt / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity / negative regulation of helicase activity / regulation of cell cycle G2/M phase transition / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hypoxia / regulation of fibroblast apoptotic process / regulation of mitochondrion organization / oxidative stress-induced premature senescence / oligodendrocyte apoptotic process / negative regulation of miRNA processing / positive regulation of thymocyte apoptotic process / glucose catabolic process to lactate via pyruvate / regulation of tissue remodeling / face morphogenesis / positive regulation of mitochondrial membrane permeability / negative regulation of mitophagy / positive regulation of programmed necrotic cell death / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / 転写 (生物学) / bone marrow development / RUNX3 regulates NOTCH signaling / circadian behavior / histone deacetylase regulator activity / T cell proliferation involved in immune response / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / germ cell nucleus / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / Nuclear events mediated by NFE2L2 / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / Regulation of NFE2L2 gene expression / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / regulation of glycolytic process / TRAF6 mediated IRF7 activation / negative regulation of neuroblast proliferation / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / platelet formation / megakaryocyte development / peptide-lysine-N-acetyltransferase activity / nuclear androgen receptor binding / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / regulation of tubulin deacetylation / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of glial cell proliferation / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / FOXO-mediated transcription of cell death genes / NFE2L2 regulating tumorigenic genes
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain ...Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / p53-like transcription factor, DNA-binding / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / ブロモドメイン / Bromodomain profile. / bromo domain / ブロモドメイン / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
P53遺伝子 / Histone acetyltransferase p300
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.7 Å
データ登録者Ghosh, R. / Roy, S. / Sengupta, J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Tumor Suppressor p53-Mediated Structural Reorganization of the Transcriptional Coactivator p300.
著者: Raka Ghosh / Stephanie Kaypee / Manidip Shasmal / Tapas K Kundu / Siddhartha Roy / Jayati Sengupta /
要旨: Transcriptional coactivator p300, a critical player in eukaryotic gene regulation, primarily functions as a histone acetyltransferase (HAT). It is also an important player in acetylation of a number ...Transcriptional coactivator p300, a critical player in eukaryotic gene regulation, primarily functions as a histone acetyltransferase (HAT). It is also an important player in acetylation of a number of nonhistone proteins, p53 being the most prominent one. Recruitment of p300 to p53 is pivotal in the regulation of p53-dependent genes. Emerging evidence suggests that p300 adopts an active conformation upon binding to the tetrameric p53, resulting in its enhanced acetylation activity. As a modular protein, p300 consists of multiple well-defined domains, where the structured domains are interlinked with unstructured linker regions. A crystal structure of the central domain of p300 encompassing Bromo, RING, PHD, and HAT domains demonstrates a compact module, where the HAT active site stays occluded by the RING domain. However, although p300 has a significant role in mediating the transcriptional activity of p53, only a few structural details on the complex of these two full-length proteins are available. Here, we present a cryo-electron microscopy (cryo-EM) study on the p300-p53 complex. The three-dimensional cryo-EM density map of the p300-p53 complex, when compared to the cryo-EM map of free p300, revealed that substantial change in the relative arrangement of Bromo and HAT domains occurs upon complex formation, which is likely required for exposing HAT active site and subsequent acetyltransferase activity. Our observation correlates well with previous studies showing that the presence of Bromodomain is obligatory for effective acetyltransferase activity of HAT. Thus, our result sheds new light on the mechanism whereby p300, following binding with p53, gets activated.
履歴
登録2017年7月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone acetyltransferase p300
B: Cellular tumor antigen p53
C: Cellular tumor antigen p53
D: Cellular tumor antigen p53
E: Cellular tumor antigen p53


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,6965
ポリマ－191,6965
非ポリマー00
水0
1
A: Histone acetyltransferase p300


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,1001
ポリマ－72,1001
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
2
B: Cellular tumor antigen p53
C: Cellular tumor antigen p53
D: Cellular tumor antigen p53
E: Cellular tumor antigen p53


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,5964
ポリマ－119,5964
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
詳細One molecule of p300 interacts with four molecules of p53 (i.e, p300 monomer interacts with p53 tetramer)

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要素

#1: タンパク質 Histone acetyltransferase p300 / p300 HAT / E1A-associated protein p300 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 72100.062 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1046-1664 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EP300, P300
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q09472, ヒストンアセチルトランスフェラーゼ
#2: タンパク質
Cellular tumor antigen p53 / P53遺伝子 / Antigen NY-CO-13 / Phosphoprotein p53 / Tumor suppressor p53 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 29898.908 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TP53, P53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04637

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: p300-p53 complex / タイプ: COMPLEX
詳細: Proteins were purified separately and then complex was made for cryo-EM.
Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMTris-Cl1
2150 mMNacl塩化ナトリウム1
35 mMMgCl21
420 microMZnCl21
52 mMPMSFフッ化フェニルメチルスルホニル1
61 mMDTT1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 279 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 59000 X / 倍率（補正後）: 78894 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1700 nm / Calibrated defocus min: 1700 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 4500 nm / Cs: 2 mm / C2レンズ絞り径: 150 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: GATAN 910 MULTI-SPECIMEN SINGLE TILT CRYO TRANSFER HOLDER
撮影平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 15 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細Fitting-ID
1EMAN22.12粒子像選択particles picked semiautomatically: using both e2boxer.py and manually.
2SPIDER粒子像選択particles picked in EMAN2 and exported to SPIDER and also particles were picked separately in SPIDER
3TIA4.7画像取得
5EMAN22.12CTF補正
6SPIDERCTF補正
9UCSF Chimera1.11モデルフィッティングCrystal structure 4BHW fitted using Chimera. The bromodomain matches remarkably well with the central spout. RING and PHD domains are fitted manually at the weak densities beside the bromodomain.1
12PyMOLモデルフィッティングp53 dimers (pdb: 3KMD) fitted manually in both the side-lobes of p53 density.2
14EMAN22.12初期オイラー角割当
15SPIDER最終オイラー角割当
16SPIDER分類
17SPIDER３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 10.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 10088 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
ID
1
2
原子モデル構築

Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDPdb chain residue range
14BHW

4bhw

A14BHW11046-1664
23KMD

3kmd

23KMD292-291
31C26

1c26

21C263325-356
精密化最高解像度: 10.7 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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