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- PDB-5xy3: Large subunit of Trichomonas vaginalis ribosome -

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基本情報

エントリ情報
データベース: PDB / ID: 5xy3
タイトルLarge subunit of Trichomonas vaginalis ribosome
記述子Uncharacterized protein
Ribosomal protein
Ubiquitin
putative/RNA Complex
(Ribosomal protein ...) x 23
(60S ribosomal protein ...) x 11
キーワードRIBOSOME / Trichomonas vaginalis ribosome / rRNA / rprotein
試料の由来Trichomonas vaginalis / 真核生物 / ちつほねまくむし, 膣トリコモナス
手法電子顕微鏡 (3.2 Å 分解能 / Particle / 単粒子解析)
データ登録者Li, Z. / Guo, Q. / Zheng, L. / Ji, Y. / Xie, Y. / Lai, D. / Lun, Z. / Suo, X. / Gao, N.
引用Cell Res., 2017, 27, 1275-1288

Cell Res., 2017, 27, 1275-1288 万見文献
Cryo-EM structures of the 80S ribosomes from human parasites Trichomonas vaginalis and Toxoplasma gondii.
Zhifei Li / Qiang Guo / Lvqin Zheng / Yongsheng Ji / Yi-Ting Xie / De-Hua Lai / Zhao-Rong Lun / Xun Suo / Ning Gao

構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2017年7月6日 / 公開: 2017年8月30日
改定日付Data content typeGroupCategoryItemProviderタイプ
1.02017年8月30日Structure modelrepositoryInitial release
1.12017年9月6日Structure modelStructure summaryentity_entity.pdbx_description
1.22017年10月18日Structure modelDatabase referencescitation_citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6784
  • UCSF CHIMERAによる作画
  • ダウンロード
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方向 Rotation
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-
集合体

登録構造単位
1: 25S ribosomal RNA
3: 5S ribosomal RNA
4: 5.8S ribosomal RNA
A: Ribosomal protein L8, putative
B: Uncharacterized protein
C: Ribosomal protein, putative
D: Ribosomal protein L5
E: 60S ribosomal protein L6, putative
F: Ribosomal protein L30p/L7e, putative
G: Ribosomal protein L7Ae, putative
H: Ribosomal protein L6, putative
I: Ribosomal protein, putative
J: 60S ribosomal protein L11, putative
L: Ribosomal protein L13e, putative
M: Ribosomal protein L14, putative
N: Ribosomal protein L15
O: Ribosomal protein L13, putative
P: Ribosomal protein L22, putative
Q: 60S ribosomal protein L18, putative
R: 60S ribosomal protein L19-3, putative
S: 60S ribosomal protein L18a
T: Ribosomal protein L21e, putative
U: 60S ribosomal protein L22-1, putative
V: 60S ribosomal protein L23, putative
W: Ribosomal protein L24e, putative
X: Ribosomal protein L23, putative
Y: Ribosomal protein L24, putative
Z: Ribosomal protein L27e, putative
a: Uncharacterized protein
b: 60S ribosomal protein L29
c: 60S ribosomal protein L30, putative
d: Ribosomal protein L31e, putative
e: Ribosomal protein L32, putative
f: Ribosomal protein L35Ae, putative
g: Ribosomal protein L34e, putative
h: Ribosomal protein L29, putative
i: Ribosomal protein L36e, putative
j: Ribosomal protein L37
k: Ribosomal protein L38e, putative
l: 60S ribosomal protein L39, putative
m: Ubiquitin, putative
o: 60S ribosomal protein L44, putative
p: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,713,54043
ポリマ-1,713,54043
非ポリマ-00
0
#1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_5551
Buried area (Å2)308510
ΔGint (kcal/M)-2751
Surface area (Å2)556640

-
構成要素

+
RNA鎖 , 3種, 3分子 134

#1: RNA鎖25S ribosomal RNA


分子量: 892223.312 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: GenBank: 7243609
#2: RNA鎖5S ribosomal RNA


分子量: 37963.594 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: GenBank: 68235680
#3: RNA鎖5.8S ribosomal RNA


分子量: 52173.945 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: GenBank: 461415

+
Ribosomal protein ... , 23種, 23分子 ADFGHLMNOP...

#4: L型ポリペプチドRibosomal protein L8, putative / uL2


分子量: 26949.082 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2E6Z8

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#7: L型ポリペプチドRibosomal protein L5 / uL18


分子量: 34932.766 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2DNM5

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#9: L型ポリペプチドRibosomal protein L30p/L7e, putative / uL30


分子量: 26842.281 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2F592

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • cytoplasmic translation (GO: 0002181)
  • maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) (GO: 0000463)
#10: L型ポリペプチドRibosomal protein L7Ae, putative / eL8


分子量: 27602.273 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2ET60

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#11: L型ポリペプチドRibosomal protein L6, putative / uL6


分子量: 22930.506 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2DDT1

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#14: L型ポリペプチドRibosomal protein L13e, putative / eL13


分子量: 21865.705 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2G4E1

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#15: L型ポリペプチドRibosomal protein L14, putative / eL14


分子量: 14726.112 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2DZ49

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#16: L型ポリペプチドRibosomal protein L15 / eL15


分子量: 24323.465 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2ECR7

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#17: L型ポリペプチドRibosomal protein L13, putative / uL13


分子量: 22569.111 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2DZ26

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#18: L型ポリペプチドRibosomal protein L22, putative / uL22


分子量: 18530.490 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2DM53

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#22: L型ポリペプチドRibosomal protein L21e, putative / eL21


分子量: 17910.867 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2F2S5

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#25: L型ポリペプチドRibosomal protein L24e, putative / eL24


分子量: 13282.475 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2DJQ1

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#26: L型ポリペプチドRibosomal protein L23, putative / uL23


分子量: 15582.249 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2DUV8

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#27: L型ポリペプチドRibosomal protein L24, putative / uL24


分子量: 15782.617 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2DKF2

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#28: L型ポリペプチドRibosomal protein L27e, putative / eL27


分子量: 15946.061 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2DNC1

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#32: L型ポリペプチドRibosomal protein L31e, putative / eL31


分子量: 12446.528 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2D9N8

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#33: L型ポリペプチドRibosomal protein L32, putative / eL32


分子量: 15249.669 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2F2J0

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#34: L型ポリペプチドRibosomal protein L35Ae, putative / eL33


分子量: 11668.678 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2DSF3

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#35: L型ポリペプチドRibosomal protein L34e, putative / eL34


分子量: 13346.646 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2FWA1

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#36: L型ポリペプチドRibosomal protein L29, putative / uL29


分子量: 14300.049 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2E6R2

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) (GO: 0000463)
  • translation (GO: 0006412)
#37: L型ポリペプチドRibosomal protein L36e, putative / eL36


分子量: 10941.717 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2EXW7

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#38: L型ポリペプチドRibosomal protein L37 / eL37


分子量: 9355.945 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2F8Y8

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#39: L型ポリペプチドRibosomal protein L38e, putative / eL38


分子量: 8468.960 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2FFH9

細胞要素

分子機能

生物学的過程

+
Uncharacterized ... , 3種, 3分子 Bap

#5: L型ポリペプチドUncharacterized protein / uL3


分子量: 46904.270 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2DD62

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#29: L型ポリペプチドUncharacterized protein / uL15


分子量: 17006.787 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2DHU7

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#43: L型ポリペプチドUncharacterized protein / eL43


分子量: 10051.994 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2DEM7

細胞要素

分子機能

生物学的過程

+
Ribosomal protein, ... , 2種, 2分子 CI

#6: L型ポリペプチドRibosomal protein, putative / uL4


分子量: 40320.738 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2E4D0

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#12: L型ポリペプチドRibosomal protein, putative / uL16


分子量: 23800.781 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2FVZ6

細胞要素

分子機能

生物学的過程

+
60S ribosomal protein ... , 11種, 11分子 EJQRSUVbclo

#8: L型ポリペプチド60S ribosomal protein L6, putative / eL6


分子量: 16045.772 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2FXW1

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#13: L型ポリペプチド60S ribosomal protein L11, putative / uL5


分子量: 19373.488 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2E7L8

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#19: L型ポリペプチド60S ribosomal protein L18, putative / eL18


分子量: 21122.545 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2D7Q5

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#20: L型ポリペプチド60S ribosomal protein L19-3, putative / eL19


分子量: 21056.785 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2D8G1

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#21: L型ポリペプチド60S ribosomal protein L18a / eL20


分子量: 19853.973 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2EP03

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#23: L型ポリペプチド60S ribosomal protein L22-1, putative / eL22


分子量: 12237.054 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2DNV5

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#24: L型ポリペプチド60S ribosomal protein L23, putative / uL14


分子量: 14840.554 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2DP51

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#30: L型ポリペプチド60S ribosomal protein L29 / eL29


分子量: 6823.724 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2DM33

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#31: L型ポリペプチド60S ribosomal protein L30, putative / eL30


分子量: 12316.229 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2E6Z9

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#40: L型ポリペプチド60S ribosomal protein L39, putative / eL39


分子量: 6297.775 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2D9N4

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#42: L型ポリペプチド60S ribosomal protein L44, putative / eL41


分子量: 12471.015 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2DAI6

細胞要素

分子機能

生物学的過程

+
L型ポリペプチド , 1種, 1分子 m

#41: L型ポリペプチドUbiquitin, putative / eL40


分子量: 15101.515 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 35-166 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2DGL5

細胞要素

分子機能

生物学的過程

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実験情報

-
実験

実験手法: ELECTRON MICROSCOPY
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: SINGLE PARTICLE

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試料調製

構成要素名称: Large subunit of Trichomonas vaginalis ribosome / タイプ: RIBOSOME
Entity ID: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43
由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 2 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成分解能: 3.2 Å / 分解能の評価方法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 57162 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

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お知らせ

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2017年10月4日: この分野の3人の先駆者が、ノーベル化学賞を受賞しました

この分野の3人の先駆者が、ノーベル化学賞を受賞しました

  • Jacques Dubochet (University of Lausanne, Switzerland)は、電子顕微鏡試料の氷包埋法(いわゆるクライオ電顕法)を開発しました。EMDBやPDBにある電子顕微鏡のエントリの大多数がこの方法を利用しています。
  • Joachim Frank (Columbia University, New York, USA)は、単粒子解析法を開拓しました。EMDBとPDBの電子顕微鏡エントリの大多数がこの解析法によるものです。また、広く利用されている画像解析ソフトェア「Spider」の開発者でもあります。EM Navigatorでもマップデータの画像作成などにSpiderを利用しています。
  • Richard Henderson (MRC Laboratory of Molecular Biology, Cambridge, UK)は電子顕微鏡による生体分子の立体構造解析の始祖です。電子顕微鏡による最初のPDBエントリであるPDB-1brdは、彼によるものです。

外部リンク: The 2017 Nobel Prize in Chemistry - Press Release

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi) / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • 旧バージョンのすべての機能をこちらに移植する予定です
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: 万見 (旧版) / EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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