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- PDB-5xy3: Large subunit of Trichomonas vaginalis ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xy3
タイトルLarge subunit of Trichomonas vaginalis ribosome
要素
  • (60S ribosomal protein ...) x 11
  • (Ribosomal protein ...) x 23
  • (Ribosomal protein, ...) x 2
  • (Uncharacterized ...) x 3
  • 25S ribosomal RNAリボソームRNA
  • 5.8S ribosomal RNA5.8SリボソームRNA
  • 5S ribosomal RNA5SリボソームRNA
  • Ubiquitin, putativeユビキチン
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / Trichomonas vaginalis ribosome / rRNA (リボソームRNA) / rprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-RNA complex assembly / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / assembly of large subunit precursor of preribosome / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / リボソーム生合成 ...protein-RNA complex assembly / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / assembly of large subunit precursor of preribosome / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / リボソーム生合成 / cytoplasmic translation / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / rRNA binding / protein ubiquitination / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / RNA binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Ribosomal protein L29e / Ribosomal protein L10e / Ribosomal L29e protein family / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily ...: / : / : / Ribosomal protein L29e / Ribosomal protein L10e / Ribosomal L29e protein family / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal protein L14e domain / 60S ribosomal protein L6E / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L35A / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L35A superfamily / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Ribosomal protein L7A/L8 / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal protein L14, KOW motif / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal protein L14 / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein L35Ae / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L31e domain superfamily / Ribosomal_L31e / Ribosomal protein L21e / Ribosomal protein L21e, conserved site / Ribosomal protein L21 superfamily / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein L30e signature 2. / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L4/L1e, eukaryotic/archaeal, conserved site / Ribosomal protein L37e, conserved site / Ribosomal protein L37e / Ribosomal protein L21e / Ribosomal_L15e / Ribosomal protein L15e / Ribosomal protein L15e core domain superfamily / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L37ae/L37e / Ribosomal protein L24e-related / Ribosomal protein L22/L17, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L24e/L24 superfamily / Ribosomal protein L39e / Ribosomal protein L26/L24, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L39e domain superfamily / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L19e / Ribosomal protein L18e / Ribosomal L39 protein / Ribosomal protein L37e / Ribosomal protein L24e / Ribosomal L15 / Ribosomal protein L7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L7/L30 / Ribosomal proteins L26 eukaryotic, L24P archaeal / Ribosomal protein L5 eukaryotic/L18 archaeal / Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18 / Ribosomal protein L32e / Ribosomal protein L32e superfamily / Ribosomal_L32e / Ribosomal protein L32 / Ribosomal protein L1e signature. / Ribosomal protein L21e signature. / Ribosomal protein L37e signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 60S ribosomal protein L18, putative / 60S ribosomal protein L19-3, putative / 60S ribosomal protein L39, putative ...: / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 60S ribosomal protein L18, putative / 60S ribosomal protein L19-3, putative / 60S ribosomal protein L39, putative / Ribosomal protein L31e, putative / 60S ribosomal protein L44, putative / Uncharacterized protein / Ribosomal protein L6, putative / Uncharacterized protein / ユビキチン / Ribosomal_L18e/L15P domain-containing protein / Ribosomal protein L24e, putative / Ribosomal protein L24, putative / 60S ribosomal protein L29 / Ribosomal protein L22, putative / Ribosomal protein L27e, putative / Ribosomal protein L5 / 60S ribosomal protein L22-1, putative / 60S ribosomal protein L23, putative / Ribosomal protein L35Ae, putative / Ribosomal protein L23, putative / Ribosomal protein L13, putative / Ribosomal protein L14, putative / Ribosomal protein, putative / Ribosomal protein L29, putative / Ribosomal protein L8, putative / 60S ribosomal protein L30, putative / 60S ribosomal protein L11, putative / Ribosomal protein L15 / 60S ribosomal protein L18a / 60S ribosomal protein L7a / Ribosomal protein L36e, putative / Ribosomal protein L32, putative / Ribosomal protein L21e, putative / Ribosomal protein L30p/L7e, putative / Ribosomal protein L37 / Ribosomal protein L38e, putative / Ribosomal protein, putative / Ribosomal protein L34e, putative / 60S ribosomal protein L6, putative / Ribosomal protein L13e, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Li, Z. / Guo, Q. / Zheng, L. / Ji, Y. / Xie, Y. / Lai, D. / Lun, Z. / Suo, X. / Gao, N.
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2017
タイトル: Cryo-EM structures of the 80S ribosomes from human parasites Trichomonas vaginalis and Toxoplasma gondii.
著者: Zhifei Li / Qiang Guo / Lvqin Zheng / Yongsheng Ji / Yi-Ting Xie / De-Hua Lai / Zhao-Rong Lun / Xun Suo / Ning Gao /
要旨: As an indispensable molecular machine universal in all living organisms, the ribosome has been selected by evolution to be the natural target of many antibiotics and small-molecule inhibitors. High- ...As an indispensable molecular machine universal in all living organisms, the ribosome has been selected by evolution to be the natural target of many antibiotics and small-molecule inhibitors. High-resolution structures of pathogen ribosomes are crucial for understanding the general and unique aspects of translation control in disease-causing microbes. With cryo-electron microscopy technique, we have determined structures of the cytosolic ribosomes from two human parasites, Trichomonas vaginalis and Toxoplasma gondii, at resolution of 3.2-3.4 Å. Although the ribosomal proteins from both pathogens are typical members of eukaryotic families, with a co-evolution pattern between certain species-specific insertions/extensions and neighboring ribosomal RNA (rRNA) expansion segments, the sizes of their rRNAs are sharply different. Very interestingly, rRNAs of T. vaginalis are in size comparable to prokaryotic counterparts, with nearly all the eukaryote-specific rRNA expansion segments missing. These structures facilitate the dissection of evolution path for ribosomal proteins and RNAs, and may aid in design of novel translation inhibitors.
履歴
登録2017年7月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Structure summary / カテゴリ: entity / Item: _entity.pdbx_description
改定 1.22017年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月18日Group: Advisory / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6784
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: 25S ribosomal RNA
3: 5S ribosomal RNA
4: 5.8S ribosomal RNA
A: Ribosomal protein L8, putative
B: Uncharacterized protein
C: Ribosomal protein, putative
D: Ribosomal protein L5
E: 60S ribosomal protein L6, putative
F: Ribosomal protein L30p/L7e, putative
G: Ribosomal protein L7Ae, putative
H: Ribosomal protein L6, putative
I: Ribosomal protein, putative
J: 60S ribosomal protein L11, putative
L: Ribosomal protein L13e, putative
M: Ribosomal protein L14, putative
N: Ribosomal protein L15
O: Ribosomal protein L13, putative
P: Ribosomal protein L22, putative
Q: 60S ribosomal protein L18, putative
R: 60S ribosomal protein L19-3, putative
S: 60S ribosomal protein L18a
T: Ribosomal protein L21e, putative
U: 60S ribosomal protein L22-1, putative
V: 60S ribosomal protein L23, putative
W: Ribosomal protein L24e, putative
X: Ribosomal protein L23, putative
Y: Ribosomal protein L24, putative
Z: Ribosomal protein L27e, putative
a: Uncharacterized protein
b: 60S ribosomal protein L29
c: 60S ribosomal protein L30, putative
d: Ribosomal protein L31e, putative
e: Ribosomal protein L32, putative
f: Ribosomal protein L35Ae, putative
g: Ribosomal protein L34e, putative
h: Ribosomal protein L29, putative
i: Ribosomal protein L36e, putative
j: Ribosomal protein L37
k: Ribosomal protein L38e, putative
l: 60S ribosomal protein L39, putative
m: Ubiquitin, putative
o: 60S ribosomal protein L44, putative
p: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,713,54043
ポリマ－1,713,54043
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area308510 Å2
ΔGint-2751 kcal/mol
Surface area556640 Å2

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 134

#1: RNA鎖 25S ribosomal RNA / リボソームRNA


分子量: 892223.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: GenBank: 7243609
#2: RNA鎖 5S ribosomal RNA / 5SリボソームRNA


分子量: 37963.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: GenBank: 68235680
#3: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA / 5.8SリボソームRNA


分子量: 52173.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: GenBank: 461415

+
Ribosomal protein ... , 23種, 23分子 ADFGHLMNOPTWXYZdefghijk

#4: タンパク質 Ribosomal protein L8, putative / リボソーム / uL2


分子量: 26949.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2E6Z8
#7: タンパク質 Ribosomal protein L5 / 60S ribosomal protein L5 / uL18


分子量: 34932.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2DNM5
#9: タンパク質 Ribosomal protein L30p/L7e, putative / リボソーム / uL30


分子量: 26842.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2F592
#10: タンパク質 Ribosomal protein L7Ae, putative / リボソーム / eL8


分子量: 27602.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2ET60
#11: タンパク質 Ribosomal protein L6, putative / リボソーム / uL6


分子量: 22930.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2DDT1
#14: タンパク質 Ribosomal protein L13e, putative / リボソーム / eL13


分子量: 21865.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2G4E1
#15: タンパク質 Ribosomal protein L14, putative / リボソーム / eL14


分子量: 14726.112 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2DZ49
#16: タンパク質 Ribosomal protein L15 / / eL15


分子量: 24323.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2ECR7
#17: タンパク質 Ribosomal protein L13, putative / リボソーム / uL13


分子量: 22569.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2DZ26
#18: タンパク質 Ribosomal protein L22, putative / リボソーム / uL22


分子量: 18530.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2DM53
#22: タンパク質 Ribosomal protein L21e, putative / リボソーム / eL21


分子量: 17910.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2F2S5
#25: タンパク質 Ribosomal protein L24e, putative / リボソーム / eL24


分子量: 13282.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2DJQ1
#26: タンパク質 Ribosomal protein L23, putative / リボソーム / uL23


分子量: 15582.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2DUV8
#27: タンパク質 Ribosomal protein L24, putative / リボソーム / uL24


分子量: 15782.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2DKF2
#28: タンパク質 Ribosomal protein L27e, putative / リボソーム / eL27


分子量: 15946.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2DNC1
#32: タンパク質 Ribosomal protein L31e, putative / リボソーム / eL31


分子量: 12446.528 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2D9N8
#33: タンパク質 Ribosomal protein L32, putative / リボソーム / eL32


分子量: 15249.669 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2F2J0
#34: タンパク質 Ribosomal protein L35Ae, putative / リボソーム / eL33


分子量: 11668.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2DSF3
#35: タンパク質 Ribosomal protein L34e, putative / リボソーム / eL34


分子量: 13346.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2FWA1
#36: タンパク質 Ribosomal protein L29, putative / リボソーム / uL29


分子量: 14300.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2E6R2
#37: タンパク質 Ribosomal protein L36e, putative / リボソーム / eL36


分子量: 10941.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2EXW7
#38: タンパク質 Ribosomal protein L37 / / eL37


分子量: 9355.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2F8Y8
#39: タンパク質 Ribosomal protein L38e, putative / リボソーム / eL38


分子量: 8468.960 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2FFH9

-
Uncharacterized ... , 3種, 3分子 Bap

#5: タンパク質 Uncharacterized protein / uL3


分子量: 46904.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2DD62
#29: タンパク質 Uncharacterized protein / uL15


分子量: 17006.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2DHU7
#43: タンパク質 Uncharacterized protein / eL43


分子量: 10051.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2DEM7

-
Ribosomal protein, ... , 2種, 2分子 CI

#6: タンパク質 Ribosomal protein, putative / リボソーム / uL4


分子量: 40320.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2E4D0
#12: タンパク質 Ribosomal protein, putative / リボソーム / uL16


分子量: 23800.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2FVZ6

-
60S ribosomal protein ... , 11種, 11分子 EJQRSUVbclo

#8: タンパク質 60S ribosomal protein L6, putative / リボソーム / eL6


分子量: 16045.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2FXW1
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L11, putative / リボソーム / uL5


分子量: 19373.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2E7L8
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L18, putative / リボソーム / eL18


分子量: 21122.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2D7Q5
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L19-3, putative / リボソーム / eL19


分子量: 21056.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2D8G1
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L18a / / eL20


分子量: 19853.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2EP03
#23: タンパク質 60S ribosomal protein L22-1, putative / リボソーム / eL22


分子量: 12237.054 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2DNV5
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L23, putative / リボソーム / uL14


分子量: 14840.554 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2DP51
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L29 / / eL29


分子量: 6823.724 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2DM33
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L30, putative / リボソーム / eL30


分子量: 12316.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2E6Z9
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L39, putative / リボソーム / eL39


分子量: 6297.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2D9N4
#42: タンパク質 60S ribosomal protein L44, putative / リボソーム / eL41


分子量: 12471.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2DAI6

-
タンパク質 , 1種, 1分子 m

#41: タンパク質 Ubiquitin, putative / ユビキチン / eL40


分子量: 15101.515 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 35-166 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2DGL5

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Large subunit of Trichomonas vaginalis ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 2 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 57162 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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