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- PDB-5xy3: Large subunit of Trichomonas vaginalis ribosome -

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基本情報

エントリ情報
データベース: PDB / ID: 5xy3
タイトルLarge subunit of Trichomonas vaginalis ribosome
構成要素
  • (60S ribosomal protein ...) x 11
  • (Ribosomal protein ...) x 23
  • (Ribosomal protein, ...) x 2
  • (Uncharacterized ...) x 3
  • 25S ribosomal RNAリボソームRNA
  • 5.8S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • Ubiquitin, putativeユビキチン
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / Trichomonas vaginalis ribosome / rRNA (リボソームRNA) / rprotein
機能・相同性Ribosomal protein L6, alpha-beta domain superfamily / Ribosomal protein L10e/L16 superfamily / Ribosomal protein L29/L35 superfamily / Ribosomal L18e/L15P superfamily / Ribosomal protein L32e superfamily / Ribosomal protein L22/L17 superfamily / Ribosomal protein L14 superfamily / Ribosomal protein L13 superfamily / Ribosomal protein L30, ferredoxin-like fold domain superfamily / Ribosomal protein L21 superfamily ...Ribosomal protein L6, alpha-beta domain superfamily / Ribosomal protein L10e/L16 superfamily / Ribosomal protein L29/L35 superfamily / Ribosomal L18e/L15P superfamily / Ribosomal protein L32e superfamily / Ribosomal protein L22/L17 superfamily / Ribosomal protein L14 superfamily / Ribosomal protein L13 superfamily / Ribosomal protein L30, ferredoxin-like fold domain superfamily / Ribosomal protein L21 superfamily / Ribosomal protein L7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal protein L7A/L8 superfamily / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal protein L34Ae superfamily / Ribosomal protein L40e superfamily / Ribosomal protein L24e/L24 superfamily / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L35A superfamily / Ribosomal protein L31e domain superfamily / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain / Ribosomal protein L2, C-terminal / Ribosomal protein L5 domain superfamily / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L30, central domain, archaeal type / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein L4 domain superfamily / Ribosomal protein L39e domain superfamily / Ribosomal protein L5, N-terminal / Ribosomal protein L15e core domain superfamily / Ribosomal protein L5 eukaryotic/L18 archaeal, C-terminal / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / 50S ribosomal protein L30e-like / Ubiquitin-like domain superfamily / Ribosomal protein L15 / Ribosomal protein L5, C-terminal / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain / Ribosomal protein L18e/L15P / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L35Ae / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / Ribosomal protein L19e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L32 / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L34e / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L37e / Ribosomal protein L14 / Ribosomal Proteins L2, C-terminal domain / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L24e / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L22p/L17e / Ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L14p/L23e / Ubiquitin family / Ribosomal protein L16p/L10e / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L3 / Ribosomal protein L30p/L7e / Ribosomal protein L4/L1 family / Ribosomal protein L36e / ribosomal L5P family C-terminus / Ribosomal L15 / Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A / Ribosomal L29 protein / Ribosomal L39 protein / Ribosomal protein L44 / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein L21e / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein L14P, conserved site / Ribosomal proteins L26 eukaryotic, L24P archaeal / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L3 / Ubiquitin domain / Ribosomal protein L6 / 60S ribosomal protein L6E / Ribosomal protein L24e-related / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L15e / Ribosomal protein L21e / Ribosomal protein L15, conserved site / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L32e / Ribosomal protein L37e / Ribosomal protein L35A / Ribosomal protein L36e
機能・相同性情報
試料の由来Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
実験手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 3.2 Å 分解能
データ登録者Li, Z. / Guo, Q. / Zheng, L. / Ji, Y. / Xie, Y. / Lai, D. / Lun, Z. / Suo, X. / Gao, N.
引用ジャーナル: Cell Res. / : 2017
タイトル: Cryo-EM structures of the 80S ribosomes from human parasites Trichomonas vaginalis and Toxoplasma gondii.
著者: Zhifei Li / Qiang Guo / Lvqin Zheng / Yongsheng Ji / Yi-Ting Xie / De-Hua Lai / Zhao-Rong Lun / Xun Suo / Ning Gao
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2017年7月6日 / 公開: 2017年8月30日
改定日付Data content typeGroupCategoryItemProviderタイプ
1.02017年8月30日Structure modelrepositoryInitial release
1.12017年9月6日Structure modelStructure summaryentity_entity.pdbx_description
1.22017年10月18日Structure modelDatabase referencescitation_citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6784
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: 25S ribosomal RNA
3: 5S ribosomal RNA
4: 5.8S ribosomal RNA
A: Ribosomal protein L8, putative
B: Uncharacterized protein
C: Ribosomal protein, putative
D: Ribosomal protein L5
E: 60S ribosomal protein L6, putative
F: Ribosomal protein L30p/L7e, putative
G: Ribosomal protein L7Ae, putative
H: Ribosomal protein L6, putative
I: Ribosomal protein, putative
J: 60S ribosomal protein L11, putative
L: Ribosomal protein L13e, putative
M: Ribosomal protein L14, putative
N: Ribosomal protein L15
O: Ribosomal protein L13, putative
P: Ribosomal protein L22, putative
Q: 60S ribosomal protein L18, putative
R: 60S ribosomal protein L19-3, putative
S: 60S ribosomal protein L18a
T: Ribosomal protein L21e, putative
U: 60S ribosomal protein L22-1, putative
V: 60S ribosomal protein L23, putative
W: Ribosomal protein L24e, putative
X: Ribosomal protein L23, putative
Y: Ribosomal protein L24, putative
Z: Ribosomal protein L27e, putative
a: Uncharacterized protein
b: 60S ribosomal protein L29
c: 60S ribosomal protein L30, putative
d: Ribosomal protein L31e, putative
e: Ribosomal protein L32, putative
f: Ribosomal protein L35Ae, putative
g: Ribosomal protein L34e, putative
h: Ribosomal protein L29, putative
i: Ribosomal protein L36e, putative
j: Ribosomal protein L37
k: Ribosomal protein L38e, putative
l: 60S ribosomal protein L39, putative
m: Ubiquitin, putative
o: 60S ribosomal protein L44, putative
p: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,713,54043
ポリマ-1,713,54043
非ポリマ-00
0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作
identity operation1_5551
Buried area (Å2)308510
ΔGint (kcal/M)-2751
Surface area (Å2)556640

-
構成要素

+
RNA鎖 , 3種, 3分子 134

#1: RNA鎖 25S ribosomal RNA / リボソームRNA


分子量: 892223.312 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: GenBank: 7243609
#2: RNA鎖 5S ribosomal RNA /


分子量: 37963.594 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: GenBank: 68235680
#3: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA /


分子量: 52173.945 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: GenBank: 461415

+
Ribosomal protein ... , 23種, 23分子 ADFGHLMNOPTWXYZdefghijk

#4: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein L8, putative / リボソーム / uL2


分子量: 26949.082 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2E6Z8
#7: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein L5 / 60S ribosomal protein L5 / uL18


分子量: 34932.766 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2DNM5
#9: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein L30p/L7e, putative / リボソーム / uL30


分子量: 26842.281 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2F592
#10: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein L7Ae, putative / リボソーム / eL8


分子量: 27602.273 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2ET60
#11: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein L6, putative / リボソーム / uL6


分子量: 22930.506 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2DDT1
#14: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein L13e, putative / リボソーム / eL13


分子量: 21865.705 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2G4E1
#15: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein L14, putative / リボソーム / eL14


分子量: 14726.112 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2DZ49
#16: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein L15 / / eL15


分子量: 24323.465 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2ECR7
#17: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein L13, putative / リボソーム / uL13


分子量: 22569.111 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2DZ26
#18: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein L22, putative / リボソーム / uL22


分子量: 18530.490 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2DM53
#22: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein L21e, putative / リボソーム / eL21


分子量: 17910.867 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2F2S5
#25: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein L24e, putative / リボソーム / eL24


分子量: 13282.475 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2DJQ1
#26: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein L23, putative / リボソーム / uL23


分子量: 15582.249 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2DUV8
#27: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein L24, putative / リボソーム / uL24


分子量: 15782.617 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2DKF2
#28: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein L27e, putative / リボソーム / eL27


分子量: 15946.061 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2DNC1
#32: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein L31e, putative / リボソーム / eL31


分子量: 12446.528 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2D9N8
#33: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein L32, putative / リボソーム / eL32


分子量: 15249.669 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2F2J0
#34: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein L35Ae, putative / リボソーム / eL33


分子量: 11668.678 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2DSF3
#35: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein L34e, putative / リボソーム / eL34


分子量: 13346.646 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2FWA1
#36: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein L29, putative / リボソーム / uL29


分子量: 14300.049 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2E6R2
#37: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein L36e, putative / リボソーム / eL36


分子量: 10941.717 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2EXW7
#38: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein L37 / / eL37


分子量: 9355.945 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2F8Y8
#39: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein L38e, putative / リボソーム / eL38


分子量: 8468.960 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2FFH9

+
Uncharacterized ... , 3種, 3分子 Bap

#5: タンパク質・ペプチド Uncharacterized protein / uL3


分子量: 46904.270 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2DD62
#29: タンパク質・ペプチド Uncharacterized protein / uL15


分子量: 17006.787 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2DHU7
#43: タンパク質・ペプチド Uncharacterized protein / eL43


分子量: 10051.994 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2DEM7

+
Ribosomal protein, ... , 2種, 2分子 CI

#6: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein, putative / リボソーム / uL4


分子量: 40320.738 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2E4D0
#12: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein, putative / リボソーム / uL16


分子量: 23800.781 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2FVZ6

+
60S ribosomal protein ... , 11種, 11分子 EJQRSUVbclo

#8: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L6, putative / リボソーム / eL6


分子量: 16045.772 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2FXW1
#13: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L11, putative / リボソーム / uL5


分子量: 19373.488 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2E7L8
#19: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L18, putative / リボソーム / eL18


分子量: 21122.545 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2D7Q5
#20: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L19-3, putative / リボソーム / eL19


分子量: 21056.785 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2D8G1
#21: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L18a / / eL20


分子量: 19853.973 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2EP03
#23: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L22-1, putative / リボソーム / eL22


分子量: 12237.054 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2DNV5
#24: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L23, putative / リボソーム / uL14


分子量: 14840.554 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2DP51
#30: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L29 / / eL29


分子量: 6823.724 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2DM33
#31: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L30, putative / リボソーム / eL30


分子量: 12316.229 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2E6Z9
#40: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L39, putative / リボソーム / eL39


分子量: 6297.775 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2D9N4
#42: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L44, putative / リボソーム / eL41


分子量: 12471.015 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2DAI6

+
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 m

#41: タンパク質・ペプチド Ubiquitin, putative / ユビキチン / eL40


分子量: 15101.515 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 35-166
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2DGL5

-
実験情報

-
実験

実験実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Large subunit of Trichomonas vaginalis ribosome / タイプ: RIBOSOME
Entity ID: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43
由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 2 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成分解能: 3.2 Å / 分解能の評価方法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 57162 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

-
お知らせ

-
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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2016年4月13日: Omokage検索が速くなりました

Omokage検索が速くなりました

  • データアクセスプロセスを見直し、計算時間をこれまでの半分程度に短縮しました。
  • これまで以上に、生体分子の「カタチの類似性」をお楽しみください!

関連情報: Omokage検索

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-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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