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- PDB-5xxu: Small subunit of Toxoplasma gondii ribosome -

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基本情報

エントリ情報
データベース: PDB / ID: 5xxu
タイトルSmall subunit of Toxoplasma gondii ribosome
構成要素
  • (Ribosomal protein ...) x 33
  • 18S RNA
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / Toxoplasma gondii ribosome / rRNA (リボソームRNA) / rprotein
機能・相同性Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S7p/S5e / Ribosomal protein S19e domain superfamily / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S21e superfamily / S27a-like superfamily / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S12/S23 ...Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S7p/S5e / Ribosomal protein S19e domain superfamily / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S21e superfamily / S27a-like superfamily / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / RNA-binding S4 domain superfamily / Ribosomal protein S19 / Ubiquitin family / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal protein S15 / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S17 / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S11 superfamily / Ribosomal protein S8 / 50S ribosomal protein L30e-like / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S7 domain / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S2, eukaryotic / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S28e conserved site / Ubiquitin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 signature 1. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal protein S8 superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S7 domain superfamily / Ribosomal protein S9/S16 / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S15P / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / RS4NT (NUC023) domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S11 signature. / Ribosomal protein S12 signature. / Ribosomal protein S17 signature. / Ribosomal protein S9 signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein S24e signature. / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S13 signature. / Ribosomal protein S17e signature. / KH domain / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / KOW motif / Ribosomal S17 / Ribosomal family S4e / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S26e / S4 domain / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27 / S25 ribosomal protein / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S19, superfamily / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal protein S13 / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S26e
機能・相同性情報
試料の由来Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
実験手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 3.35 Å 分解能
データ登録者LI, Z. / Guo, Q. / Zheng, L. / Ji, Y. / Xie, Y. / Lai, D. / Lun, Z. / Suo, X. / Gao, N.
引用ジャーナル: Cell Res. / : 2017
タイトル: Cryo-EM structures of the 80S ribosomes from human parasites Trichomonas vaginalis and Toxoplasma gondii.
著者: Zhifei Li / Qiang Guo / Lvqin Zheng / Yongsheng Ji / Yi-Ting Xie / De-Hua Lai / Zhao-Rong Lun / Xun Suo / Ning Gao
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2017年7月5日 / 公開: 2017年8月30日
改定日付Data content typeGroupCategoryItemProviderタイプ
1.02017年8月30日Structure modelrepositoryInitial release
1.12017年10月18日Structure modelDatabase referencescitation_citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
1.22018年10月24日Structure modelData collection / Refinement descriptionrefine_refine.pdbx_refine_id

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構造の表示

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  • 登録構造単位
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6780
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
2: 18S RNA
A: Ribosomal protein uS2
B: Ribosomal protein eS1
C: Ribosomal protein uS5
D: Ribosomal protein uS3
E: Ribosomal protein eS4
F: Ribosomal protein uS7
G: Ribosomal protein eS6
H: Ribosomal protein eS7
I: Ribosomal protein eS8
J: Ribosomal protein uS4
K: Ribosomal protein eS10
L: Ribosomal protein uS17
M: Ribosomal protein eS12
N: Ribosomal protein uS15
O: Ribosomal protein uS11
P: Ribosomal protein uS19
Q: Ribosomal protein uS9
R: Ribosomal protein eS17
S: Ribosomal protein uS13
T: Ribosomal protein eS19
U: Ribosomal protein uS10
V: Ribosomal protein eS21
W: Ribosomal protein uS8
X: Ribosomal protein uS12
Y: Ribosomal protein eS24
Z: Ribosomal protein eS25
a: Ribosomal protein eS26
b: Ribosomal protein eS27
c: Ribosomal protein eS28
d: Ribosomal protein uS14
e: Ribosomal protein eS30
f: Ribosomal protein eS31
m: Ribosomal protein eL41


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,177,11334
ポリマ-1,177,11334
非ポリマ-00
0
1


タイプ名称対称操作
identity operation1_5551
Buried area (Å2)181100
ΔGint (kcal/M)-1347
Surface area (Å2)381840

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構成要素

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 2

#1: RNA鎖 18S RNA


分子量: 576630.812 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

+
Ribosomal protein ... , 33種, 33分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZabcd...

#2: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein uS2 /


分子量: 31546.902 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: Q8MPF7*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eS1 /


分子量: 29425.625 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: B9PGG2*PLUS
#4: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein uS5 /


分子量: 29385.004 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: B9PZF2*PLUS
#5: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein uS3 /


分子量: 26117.539 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A0F7UXI8*PLUS
#6: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eS4 /


分子量: 30204.713 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: Q1JSZ0*PLUS
#7: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein uS7 /


分子量: 21650.238 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: B9PPE8*PLUS
#8: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eS6 /


分子量: 29027.504 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: B9PVR5*PLUS
#9: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eS7 /


分子量: 22631.727 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: B9PNL1*PLUS
#10: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eS8 /


分子量: 23615.604 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: B6KGK3*PLUS
#11: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein uS4 /


分子量: 21731.396 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: B9PQU8*PLUS
#12: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eS10 /


分子量: 17428.098 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: B9PX63*PLUS
#13: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein uS17 /


分子量: 18715.984 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: B9PMU7*PLUS
#14: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eS12 /


分子量: 15419.675 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: B9Q056*PLUS
#15: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein uS15 /


分子量: 17211.363 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A125YSG6*PLUS
#16: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein uS11 /


分子量: 16330.598 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A125YXW4*PLUS
#17: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein uS19 /


分子量: 17190.223 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: B9PSN8*PLUS
#18: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein uS9 /


分子量: 16587.488 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: B6KC70*PLUS
#19: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eS17 /


分子量: 15256.675 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: B9PXH2*PLUS
#20: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein uS13 /


分子量: 17761.662 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: B9PMB3*PLUS
#21: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eS19 /


分子量: 18414.312 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A125YMR9*PLUS
#22: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein uS10 /


分子量: 25943.293 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: B6KQG9*PLUS
#23: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eS21 /


分子量: 9049.265 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A125YS47*PLUS
#24: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein uS8 /


分子量: 14973.676 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A125YJX3*PLUS
#25: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein uS12 /


分子量: 15837.605 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: B9PHL8*PLUS
#26: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eS24 /


分子量: 15230.910 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A125YKH1*PLUS
#27: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eS25 /


分子量: 18707.014 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S7V273*PLUS
#28: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eS26 /


分子量: 12753.630 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: B9PP49*PLUS
#29: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eS27 /


分子量: 9105.850 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A125YVX8*PLUS
#30: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eS28 /


分子量: 7601.858 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A125YJ29*PLUS
#31: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein uS14 /


分子量: 6533.824 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A0F7UYM7*PLUS
#32: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eS30 /


分子量: 6619.800 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: B9PTA0*PLUS
#33: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eS31 /


分子量: 17353.152 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: B9PQ37*PLUS
#34: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eL41 /


分子量: 5120.324 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: F0JB24*PLUS

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詳細

配列の詳細Sequences used in this study were derived from Toxoplasma gondii RH strain, which were not ...Sequences used in this study were derived from Toxoplasma gondii RH strain, which were not available at UNIPROT at the time of data processing.

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実験情報

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実験

実験実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Small subunit of Toxoplasma gondii ribosome / タイプ: RIBOSOME
Entity ID: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34
由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 2 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成分解能: 3.35 Å / 分解能の評価方法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 108162 / 対称性のタイプ: POINT
最小二乗法精密化のプロセス最高分解能: 3.35 Å

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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