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- PDB-5xon: RNA Polymerase II elongation complex bound with Spt4/5 and TFIIS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xon
タイトルRNA Polymerase II elongation complex bound with Spt4/5 and TFIIS
要素
  • (DNA (48-MER)) x 2
  • (DNA-directed RNA polymerase ...ポリメラーゼ) x 3
  • (RNA polymerase II ...RNAポリメラーゼII) x 4
  • (RNA polymerase subunit ...RNAポリメラーゼ) x 4
  • General transcription elongation factor TFIIS
  • Protein that forms a complex with Spt4p
  • RNA (30-MER)
  • RNA polymerase subunit, found in RNA polymerase complexes I, II, and IIIRNAポリメラーゼ
  • Transcription elongation factor SPT4
キーワードTRANSCRIPTION/RNA / transcription (転写 (生物学)) / complex / TRANSCRIPTION-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / regulation of septum digestion after cytokinesis / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / DSIF complex / nuclear DNA-directed RNA polymerase complex / transcription elongation factor activity / RPB4-RPB7 complex / RNA polymerase III activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / transcription elongation-coupled chromatin remodeling ...: / regulation of septum digestion after cytokinesis / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / DSIF complex / nuclear DNA-directed RNA polymerase complex / transcription elongation factor activity / RPB4-RPB7 complex / RNA polymerase III activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / : / termination of RNA polymerase II transcription / termination of RNA polymerase III transcription / RNA polymerase I activity / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / tRNA transcription by RNA polymerase III / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription elongation by RNA polymerase I / positive regulation of translational initiation / RNA polymerase II activity / chromosome, centromeric region / RNA polymerase I complex / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II, core complex / pericentric heterochromatin / translation initiation factor binding / translation elongation factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription elongation by RNA polymerase II / P-body / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / single-stranded DNA binding / transcription by RNA polymerase II / single-stranded RNA binding / nucleic acid binding / protein dimerization activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / 核小体 / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Herpes Virus-1 - #210 / NusG, N-terminal domain / Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / Transcription elongation factor, TFIIS / Transcription elongation factor, IIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS), central domain / Domain in the central regions of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / Transcription elongation factor S-II, central domain / Transcription elongation factor S-II, central domain superfamily / TFIIS central domain profile. ...Herpes Virus-1 - #210 / NusG, N-terminal domain / Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / Transcription elongation factor, TFIIS / Transcription elongation factor, IIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS), central domain / Domain in the central regions of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / Transcription elongation factor S-II, central domain / Transcription elongation factor S-II, central domain superfamily / TFIIS central domain profile. / RNA Polymerase II, Rpb4 subunit / Transcription elongation factor, TFIIS/CRSP70, N-terminal, sub-type / Domain in the N-terminus of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / Transcription initiation Spt4 / Spt4 superfamily / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / TFIIS helical bundle-like domain / Transcription factor IIS, N-terminal / TFIIS N-terminal domain profile. / Transcription elongation factor Spt5, eukaryote / Spt5 transcription elongation factor, N-terminal / Spt5, KOW domain repeat 2 / Spt5, KOW domain repeat 3 / Spt5, KOW domain repeat 5 / Spt5 transcription elongation factor, acidic N-terminal / NGN domain, eukaryotic / Spt5, KOW domain repeat 1 / Spt5, KOW domain repeat 4 / NGN domain / Transcription elongation factor SPT5 / Early transcription elongation factor of RNA pol II, NGN section / Dna-directed Rna Polymerases I, Ii, And Iii 27 Kd Polypeptide; Chain: A; domain 1 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal domain / RNA polymerase ii, chain L / RPB5-like RNA polymerase subunit / TFIIS/LEDGF domain superfamily / N-terminal domain of TfIIb - #10 / NusG, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / Growth Hormone; Chain: A; / N-terminal domain of TfIIb / Rubrerythrin, domain 2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / S1 domain profile. / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / Rpb4/RPC9 superfamily / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Gyrase A; domain 2 / Herpes Virus-1 / HRDC-like superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA polymerase subunit, found in RNA polymerase complexes I, II, and III / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III / Transcription elongation factor SPT4 / RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III ...デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA polymerase subunit, found in RNA polymerase complexes I, II, and III / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III / Transcription elongation factor SPT4 / RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / General transcription elongation factor TFIIS / RNA polymerase II subunit B32 / Transcription elongation factor SPT5 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / RNA polymerase II subunit B12.5 / DNA-directed RNA polymerase subunit / RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core / DNA-directed RNA polymerase subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Komagataella phaffii (菌類)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.83 Å
データ登録者Ehara, H. / Yokoyama, T. / Shigematsu, H. / Shirouzu, M. / Sekine, S.
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: Structure of the complete elongation complex of RNA polymerase II with basal factors.
著者: Haruhiko Ehara / Takeshi Yokoyama / Hideki Shigematsu / Shigeyuki Yokoyama / Mikako Shirouzu / Shun-Ichi Sekine /
要旨: In the early stage of transcription, eukaryotic RNA polymerase II (Pol II) exchanges initiation factors with elongation factors to form an elongation complex for processive transcription. Here we ...In the early stage of transcription, eukaryotic RNA polymerase II (Pol II) exchanges initiation factors with elongation factors to form an elongation complex for processive transcription. Here we report the structure of the Pol II elongation complex bound with the basal elongation factors Spt4/5, Elf1, and TFIIS. Spt4/5 (the Spt4/Spt5 complex) and Elf1 modify a wide area of the Pol II surface. Elf1 bridges the Pol II central cleft, completing a "DNA entry tunnel" for downstream DNA. Spt4 and the Spt5 NGN and KOW1 domains encircle the upstream DNA, constituting a "DNA exit tunnel." The Spt5 KOW4 and KOW5 domains augment the "RNA exit tunnel," directing the exiting nascent RNA. Thus, the elongation complex establishes a completely different transcription and regulation platform from that of the initiation complexes.
履歴
登録2017年5月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Other / カテゴリ: cell / em_software / Item: _cell.Z_PDB / _em_software.name
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6747
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit
B: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
C: RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core
D: RNA polymerase II subunit B32
E: RNA polymerase subunit ABC27, common to RNA polymerases I, II, and III
F: RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III
G: RNA polymerase II subunit
H: RNA polymerase subunit ABC14.5, common to RNA polymerases I, II, and III
I: DNA-directed RNA polymerase subunit
J: RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III
K: RNA polymerase II subunit B12.5
L: RNA polymerase subunit, found in RNA polymerase complexes I, II, and III
P: RNA (30-MER)
T: DNA (48-MER)
N: DNA (48-MER)
U: General transcription elongation factor TFIIS
V: Transcription elongation factor SPT4
W: Protein that forms a complex with Spt4p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)652,13829
ポリマ－651,46018
非ポリマー67811
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area85560 Å2
ΔGint-497 kcal/mol
Surface area220860 Å2

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要素

-
DNA-directed RNA polymerase ... , 3種, 3分子 ABI

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit / ポリメラーゼ / RNA polymerase II subunit Rpb1


分子量: 194107.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R4Y0, ポリメラーゼ
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / ポリメラーゼ / RNA polymerase II subunit Rpb2


分子量: 139746.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4QZQ7, ポリメラーゼ
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit / ポリメラーゼ / RNA polymerase II subunit Rpb9


分子量: 13612.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4QY79

-
RNA polymerase II ... , 4種, 4分子 CDGK

#3: タンパク質 RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core / RNA polymerase II subunit Rpb3


分子量: 34216.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R7L2
#4: タンパク質 RNA polymerase II subunit B32 / RNAポリメラーゼII / RNA polymerase II subunit Rpb4


分子量: 20622.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R2U9
#7: タンパク質 RNA polymerase II subunit / RNAポリメラーゼII / RNA polymerase II subunit Rpb7


分子量: 18802.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R9A1
#11: タンパク質 RNA polymerase II subunit B12.5 / RNAポリメラーゼII / RNA polymerase II subunit Rpb11


分子量: 13832.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R3Z5

-
RNA polymerase subunit ... , 4種, 4分子 EFHJ

#5: タンパク質 RNA polymerase subunit ABC27, common to RNA polymerases I, II, and III / RNAポリメラーゼ / RNA polymerase II subunit Rpb5


分子量: 24962.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R3P8
#6: タンパク質 RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III / RNAポリメラーゼ / RNA polymerase II subunit Rpb6


分子量: 17803.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R1V1
#8: タンパク質 RNA polymerase subunit ABC14.5, common to RNA polymerases I, II, and III / RNAポリメラーゼ / RNA polymerase II subunit Rpb8


分子量: 16249.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R273
#10: タンパク質 RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III / RNAポリメラーゼ / RNA polymerase II subunit Rpb10


分子量: 8554.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R009

-
タンパク質 , 4種, 4分子 LUVW

#12: タンパク質 RNA polymerase subunit, found in RNA polymerase complexes I, II, and III / RNAポリメラーゼ / RNA polymerase II subunit Rpb12


分子量: 7862.048 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4QWA8
#16: タンパク質 General transcription elongation factor TFIIS


分子量: 21694.734 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 99-285 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 遺伝子: PAS_chr2-2_0135 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4R2R6
#17: タンパク質 Transcription elongation factor SPT4


分子量: 12039.614 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 8-114 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 遺伝子: PAS_chr2-1_0350 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4R0E6
#18: タンパク質 Protein that forms a complex with Spt4p / Spt5


分子量: 68283.984 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 206-815 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 遺伝子: PAS_chr3_1136 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4R370

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 P

#13: RNA鎖 RNA (30-MER)


分子量: 9492.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 TN

#14: DNA鎖 DNA (48-MER)


分子量: 14659.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#15: DNA鎖 DNA (48-MER)


分子量: 14917.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 2種, 11分子

#19: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#20: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

配列の詳細FOR ENTITY 9 AND 12, THE SEQUENCE REFERENCE IN UNIPROT (C4QY79 AND C4QWA8) CONTAIN ERRORS. AND ...FOR ENTITY 9 AND 12, THE SEQUENCE REFERENCE IN UNIPROT (C4QY79 AND C4QWA8) CONTAIN ERRORS. AND AUTHOR CONFIRMED THE SEQUENCES IN THIS ENTRY ARE CORRECT.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1RNA polymerase II elongation complex bound with Spt4/5 and TFIISCOMPLEX#1-#180MULTIPLE SOURCES
2RNA polymerase IIRNAポリメラーゼIICOMPLEX#1-#121NATURAL
3Spt4/5 and TFIISCOMPLEX#16-#181RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Komagataella pastoris (菌類)4922
31Komagataella pastoris (菌類)4922
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 3607

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Gautomatch粒子像選択
2SerialEM画像取得
4GctfCTF補正
7Chimeraモデルフィッティング
8Cootモデルフィッティング
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
12RELION分類
13RELION2.0.2３次元再構成
20PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 682749 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築詳細: Model fitting was done with Chimera and Coot. Well-ordered regions were also refined with phenix.real_space_refine.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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