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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5x0m | |||||||||
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タイトル | Structure of a eukaryotic voltage-gated sodium channel at near atomic resolution | |||||||||
要素 | Sodium channel proteinナトリウムチャネル | |||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / ion channel (イオンチャネル) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Periplaneta americana (ワモンゴキブリ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Shen, H. / Zhou, Q. / Pan, X. / Li, Z. / Wu, J. / Yan, N. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2017 タイトル: Structure of a eukaryotic voltage-gated sodium channel at near-atomic resolution. 著者: Huaizong Shen / Qiang Zhou / Xiaojing Pan / Zhangqiang Li / Jianping Wu / Nieng Yan / 要旨: Voltage-gated sodium (Na) channels are responsible for the initiation and propagation of action potentials. They are associated with a variety of channelopathies and are targeted by multiple ...Voltage-gated sodium (Na) channels are responsible for the initiation and propagation of action potentials. They are associated with a variety of channelopathies and are targeted by multiple pharmaceutical drugs and natural toxins. Here, we report the cryogenic electron microscopy structure of a putative Na channel from American cockroach (designated NaPaS) at 3.8 angstrom resolution. The voltage-sensing domains (VSDs) of the four repeats exhibit distinct conformations. The entrance to the asymmetric selectivity filter vestibule is guarded by heavily glycosylated and disulfide bond-stabilized extracellular loops. On the cytoplasmic side, a conserved amino-terminal domain is placed below VSD, and a carboxy-terminal domain binds to the III-IV linker. The structure of NaPaS establishes an important foundation for understanding function and disease mechanism of Na and related voltage-gated calcium channels. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5x0m.cif.gz | 287.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5x0m.ent.gz | 224.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5x0m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/5x0m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/5x0m | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 183875.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Periplaneta americana (ワモンゴキブリ) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: D0E0C2 | ||||
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#2: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||||
#3: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #5: 糖 | ChemComp-NAG / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: voltage-gated sodium channelナトリウムチャネル タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Periplaneta americana (ワモンゴキブリ) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.4 詳細: 25 mM Tris-HCl, pH 7.4, 50mM NaCl, 0.1% digitonin, 2.5 mM D-Desthiobiotin and protease inhibitor cocktail |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K 詳細: Grids were blotted for 3.5 s and flash-frozen in liquid ethane cooled by liquid nitrogen. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 22500 X / Calibrated defocus min: 1700 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2600 nm / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 平均露光時間: 0.25 sec. / 電子線照射量: 1.5625 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 32 / 利用したフレーム数/画像: 1-32 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 4739175 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1373581 / 対称性のタイプ: POINT |