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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5wsq | |||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of C-Hg-T pair containing DNA duplex | |||||||||||||||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA (デオキシリボ核酸) / DNA duplex / C-Hg-T pair | 機能・相同性 | : / 1,3-PROPANDIOL / デオキシリボ核酸 | 機能・相同性情報 生物種 | unidentified (未定義) | 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.05 Å | データ登録者 | Gan, J.H. / Liu, H.H. | 資金援助 | 中国, 2件 |
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017 | タイトル: Flexibility and stabilization of HgII-mediated C:T and T:T base pairs in DNA duplex 著者: Liu, H.H. / Cai, C. / Haruehanroengra, P. / Yao, Q.Q. / Chen, Y.Q. / Yang, C. / Luo, Q. / Wu, B.X. / Li, J.X. / Ma, J.B. / Sheng, J. / Gan, J.H. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5wsq.cif.gz | 29.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5wsq.ent.gz | 20.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5wsq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/5wsq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/5wsq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2403.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義) #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PDO / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.41 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 10% v/v MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.05→30 Å / Num. obs: 19098 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 2 % / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 24 |
反射 シェル | 解像度: 1.05→1.09 Å / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.653 / % possible all: 96.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.05→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.026 / ESU R Free: 0.027 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.289 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.05→30 Å
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拘束条件 |
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