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- PDB-5wib: Structure of Acinetobacter baumannii carbapenemase OXA-239 K82D b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wib
タイトルStructure of Acinetobacter baumannii carbapenemase OXA-239 K82D bound to imipenem
要素OXA-239
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / beta-lactamase (Β-ラクタマーゼ) / antibiotic resistance (抗微生物薬耐性)
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding
類似検索 - 分子機能
Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Β-ラクタマーゼ / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Imipenem / OXA-239
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter sp. enrichment culture clone 8407 (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Harper, T.M. / June, C.M. / Powers, R.A. / Leonard, D.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R15AI082416 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R15AI094489 米国
引用ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2018
タイトル: Multiple substitutions lead to increased loop flexibility and expanded specificity in Acinetobacter baumannii carbapenemase OXA-239.
著者: Harper, T.M. / June, C.M. / Taracila, M.A. / Bonomo, R.A. / Powers, R.A. / Leonard, D.A.
履歴
登録2017年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OXA-239
B: OXA-239
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1754
ポリマ－57,5722
非ポリマー6032
水4,071226
1
A: OXA-239
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0882
ポリマ－28,7861
非ポリマー3011
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: OXA-239
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0882
ポリマ－28,7861
非ポリマー3011
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.398, 144.744, 43.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 OXA-239


分子量: 28786.166 Da / 分子数: 2 / 変異: K82D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter sp. enrichment culture clone 8407 (環境試料)
遺伝子: OXA-239 / Variant: K82D / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: I6YCI1, barbiturase
#2: 化合物 ChemComp-ID1 / Imipenem / Imipenem


分子量: 301.362 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N3O4S / コメント: 抗生剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.75 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 100 mM NaH2PO4, 100 mM citric acid, 200 mM NaCl, 20% PEG 8000, pH 4.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.868→81.38 Å / Num. obs: 53055 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 1.868→1.875 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.866 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 504 / CC1/2: 0.781 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4K0X

4k0x


解像度: 1.87→81.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 7.32 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.123 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22843 2613 4.9 %RANDOM
Rwork0.18582 ---
obs0.18792 50364 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 47.631 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.88 Å20 Å20 Å2
2--0.32 Å20 Å2
3----1.2 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.87→81.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3743 0 35 226 4004
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0193875
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.023569
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2311.9595256
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.66438280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8375484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.8125.795176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.62915673
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.6231514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2597
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.020.024317
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02745
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0172.5631933
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0172.5631932
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.0593.8262415
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.0583.8262416
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7932.8311942
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.7942.8281940
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.3794.1262841
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.61431.4444499
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.5431.0514459
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.868→1.917 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 198 -
Rwork0.331 3686 -
obs--99.64 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9505-0.2566-0.16121.5439-0.39241.7503-0.04630.36960.126-0.22930.09680.1444-0.0515-0.1469-0.05060.0813-0.0564-0.03130.20510.0130.02388.28734.90844.021
21.32290.7772-0.41816.0077-0.69231.58950.0338-0.0883-0.14670.3429-0.2039-0.0130.04990.07840.17010.0625-0.01560.03770.1992-0.0270.057723.8052.78954.354
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A31 - 273
2X-RAY DIFFRACTION2B30 - 273

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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